Pregled po projektu: Povezanost fleksibilnosti, aktivnosti i strukture u porodici dipeptidil-peptidaza III (FlAcS) (MB: HRZZ-IP-2013-11-7235)
Pronađeno 39 radova
Prikaz po CROSBI kategorijama
-
1.Tomin, Marko; Tomić, SanjaOxidase or peptidase? A computational insight into a putative aflatoxin oxidase from Armillariella tabescens // Proteins, 87 (2019), 5; 390-400 doi:10.1002/prot.25661 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
2.Tomin, Marko; Tomić, Antonija; Kovačević, Borislav; Tomić, SanjaThe Mechanism of Peptide Hydrolysis Catalysed by Dipeptidyl Peptidase III from Bacteroides thetaiotaomicron // Croatica chemica acta, 91 (2018), 2; 187-193 doi:10.5562/cca3343 (recenziran, članak, znanstveni)
-
3.Kazazić, Saša; Karačić, Zrinka; Sabljić, Igor; Agić, Dejan; Tomin, Marko; Abramić, Marija; Dadlez, Michal; Tomić, Antonija; Tomić, SanjaConservation of the conformational dynamics and ligand binding within M49 enzyme family // RSC Advances, 8 (2018), 24; 13310-13322 doi:10.1039/c7ra13059g (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
4.Sabljić, Igor; Tomin, Marko; Matovina, Mihaela; Sučec, Iva; Tomašić Paić, Ana; Tomić, Antonija; Abramić, Marija; Tomić, SanjaThe first dipeptidyl peptidase III from a thermophile: Structural basis for thermal stability and reduced activity // PLoS One, 13 (2018), 2; e0192488, 25 doi:10.1371/journal.pone.0192488 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
5.Karačić, Zrinka; Ban, Željka; Macheroux, PeterA novel member of the dipeptidyl peptidase III family from Armillariella tabescens // Current Topics in Peptide & Protein Research, 18 (2017), 41-48 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
6.Hromić-Jahjefendić, Altijana; Jajčanin Jozić, Nina; Kazazić, Saša; Grabar Branilović, Marina; Karačić, Zrinka; Schrittwieser, Jörg H.; Das, Krishna Mohan Padmanabha; Tomin, Marko; Oberer, Monika; Gruber, Karl et al.A novel Porphyromonas gingivalis enzyme: An atypical dipeptidyl peptidase III with an ARM repeat domain // PLoS One, 12 (2017), 11; e0188915, 27 doi:10.1371/journal.pone.0188915 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
7.Tomin, Marko; Tomić, SanjaDynamic properties of dipeptidyl peptidase III from Bacteroides thetaiotaomicron and the structural basis for its substrate specificity – a computational study // Molecular biosystems, 13 (2017), 2407-2417 doi:10.1039/c7mb00310b (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
8.Matovina, Mihaela; Agić, Dejan; Abramić, Marija; Matić, Sara; Karačić, Zrinka; Tomić, SanjaNew findings about human dipeptidyl peptidase III based on mutations found in cancer // RSC Advances, 7 (2017), 58; 36326-36334 doi:10.1039/C7RA02642K (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
9.Karačić, Zrinka; Vukelić, Bojana; Ho, Gabrielle H.; Jozić, Iva; Sučec, Iva; Salopek-Sondi, Branka; Kozlović, Marija; Brenner, Steven E.; Ludwig-Müller, Jutta; Abramić, MarijaA novel plant enzyme with dual activity: an atypical Nudix hydrolase and a dipeptidyl peptidase III // Biological chemistry, 398 (2017), 1; 101-112 doi:10.1515/hsz-2016-0141 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
10.Agić, Dejan; Brkić, Hrvoje; Tomić, Sanja; Karačić, Zrinka; Špoljarević, Marija; Lisjak, Miroslav; Bešlo, Drago; Abramić, MarijaValidation of flavonoids as potential dipeptidyl peptidase III inhibitors: experimental and computational approach // Chemical biology & drug design, 89 (2017), 4; 619-627 doi:10.1111/cbdd.12887 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
11.Gundić, Mario; Tomić, Antonija; Wade, Rebecca C.; Matovina, Mihaela; Karačić, Zrinka; Kazazić, Saša; Tomić, SanjaHuman DPP III – Keap1 Interactions : A Combined Experimental And Computational study // Croatica chemica acta, 89 (2016), 2; 217-228 doi:10.5562/cca2916 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
12.Tomić, Antonija; Kovačević, Borislav; Tomić, SanjaConcerted nitrogen inversion and hydrogen bonding to Glu451 are responsible for protein-controlled suppression of the reverse reaction in the human DPP III // Physical Chemistry Chemical Physics, 18 (2016), 39; 27245-27256 doi:10.1039/C6CP04580D (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
13.Matić, Josipa; Šupljika, Filip; Tir, Nora; Piotrowski, Patryciusz; Schmuck, Carsten; Abramić, Marija; Piantanida, Ivo; Tomić, SanjaGuanidiniocarbonyl-pyrrole -aryl conjugates as inhibitors of human dipeptidyl peptidase III: combined experimental and computational study // RSC Advances, 6 (2016), 83044-83052 doi:10.1039/c6ra16966j (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
14.Tomić, Antonija; Berynskyy, Mykhaylo; Wade, Rebecca C.; Tomić, SanjaMolecular simulations reveal that the long range fluctuations of human DPP III change upon ligand binding // Molecular biosystems, 11 (2015), 3068-3080 doi:10.1039/c5mb00465a (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
1.Tomin, Marko; Tomić, SanjaDipeptidyl peptidase III from a mesophilic and thermophilic bacterium – similarities and differences // The 14th Greta Pifat Mrzljak International School of Biophysics, ABC of Physics of Life: Book of abstracts / Delač Marion, Ida ; Vuletić, Tomislav (ur.).
Zagreb: Institut Ruđer Bošković ; Hrvatsko biofizičko društvo, 2018. str. 122-122 (poster, domaća recenzija, sažetak, znanstveni) -
2.Tomić, Antonija; Ramek, Michael; Tomić, SanjaDevelopment of new parameters for the Zn2+ ion for the specific environment of the DPP III enzyme catalytic site // Computational Chemistry Day Book of abstracts
Zagreb: Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Zagrebu, 2018. str. 15-15 (poster, sažetak, znanstveni) -
3.Tomin, MarkoOxidase or peptidase? A putative DPP III from Armillariella tabescens // Computational Chemistry Day Book of abstracts
Zagreb: Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Zagrebu, 2018. str. 27-27 (poster, domaća recenzija, sažetak, znanstveni) -
4.Tomin, Marko; Tomić, SanjaMehanizam hidrolize peptidne veze na modelnom sustavu DPP III iz Bacteroides thetaiotaomicron // Simpozij studenata doktorskih studija PMF-a : knjiga sažetaka / Primožič, Ines (ur.).
Zagreb: Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Zagrebu, 2018. str. 36-36 (poster, domaća recenzija, sažetak, znanstveni) -
5.Matić, Sara; Karačić, Zrinka; Gruber, Karl; Tomić, SanjaCombination of SAXS and molecular modeling in structure-function characterization of the plant DPP III orthologue // 7th Visegrad Symposium on Structural Systems Biology : Program & Abstracts
Nové Hrady, 2017. str. P6-P6 (poster, podatak o recenziji nije dostupan, sažetak, znanstveni) -
6.Tomić, Sanja; Kovačević, Borislav; Tomić, Antonija; Matovina, Mihaela; Karačić, Zrinka; Matić, Sara; Abramić, Marija; Agić, DejanUnderstanding h.DPP III mechanism – an aid in rationalization of the mutants (in)activity // 19th IUPAB and 11th EBSA : Abstracts, European Biophysics Journal, Volume 46, Supplement 1
Edinburgh, Ujedinjeno Kraljevstvo: Springer, 2017. str. S179-S179 doi:10.1007/s00249-017-1222-x (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
7.Tomić, Sanja; Kazazić, Saša; Abramić, Marija; Tomin, Marko; Agić, Dejan; Karačić, Zrinka; Grabar-Branilović, MarinaH/D exchange and MD simulation study of dipeptidyl peptidase III intrinsic dynamics and ligand binding // 19th IUPAB and 11th EBSA : Abstracts, European Biophysics Journal, Volume 46, Supplement 1
Edinburgh, Ujedinjeno Kraljevstvo: Springer, 2017. str. S179-S179 doi:10.1007/s00249-017-1222-x (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
8.Tomin, Marko; Tomić, SanjaComputational study of dipeptidyl peptidase III from thermophile Caldithrix abyssi // Math/Chem/Comp 2017, 29th MC2 Conference : Book of Abstracts / Vančik, Hrvoj ; Cioslowski, Jerzy (ur.).
Dubrovnik, Hrvatska, 2017. str. 16-16 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
9.Tomić, Sanja; Tomić, Antonija; Gundić, MarioInfluence of ligands and protein binding to structure and flexybility of human dipeptidyl peptidase III // Conference proceedings of ICBMB 2016, International Conference on Biochemistry and Molecular Biology
Venecija, Italija, 2016. str. 9-9 (predavanje, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
10.Karačić, Zrinka; Jozić, Iva; Vukelić, Bojana; Kozlović, Marija; Salopek Sondi, Branka; Abramić, MarijaKarakterizacija biljnih dipeptidil-peptidaza III s potencijalnom dualnom aktivnošću // Simpozij studenata doktorskih studija PMF-a: knjiga sažetaka / Primožič, Ines ; Hranilović, Dubravka (ur.).
Zagreb: Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Zagrebu, 2016. str. 46-47 (poster, domaća recenzija, sažetak, znanstveni) -
11.Karačić, Zrinka; Vukelić, Bojana; Ho, Gabrielle H.; Jozić, Iva; Sučec, Iva; Salopek-Sondi, Branka; Kozlović, Marija; Brenner, Steven E.; Ludwig-Müller, Jutta; Abramić, MarijaA bifunctional plant enzyme: an isopentenyl diphosphate hydrolase fused to a dipeptidyl peptidase III // Novel enzymes 2016
Groningen, Nizozemska, 2016. str. 92-92 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
12.Tomin, Marko; Tomić, Sanja; Sabljić, IgorBacteroides thetaiotaomicron dipeptidyl peptidase III complexes with synthetic substrates // ECS3 Book of Abstracts / Jasminka Popović, Aleksandar Višnjevac (ur.).
Zagreb: Croatian Association of Crystallographers, Bijenička 54, HR - 10000 Zagreb, Croatia, VAT: HR47378791658, 2016. str. 14-14 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
13.Tomić, SanjaUnderstanding substrate recognition and function of human dipeptidyl peptidase III // Regional Biophysics Conference (RBC2016). Book of Abstracts
Trst, 2016. str. 9-9 (pozvano predavanje, međunarodna recenzija, sažetak, ostalo) -
14.Tomin, Marko; Tomić, SanjaConformational study of Bacteroides thetaiotaomicron dipeptidyl peptidase III // Conference proceedings, ICBMB 2016
Venecija, Italija, 2016. str. 23-23 (predavanje, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
15.Tomin, Marko; Tomić, Sanja; Sabljić, IgorConformational study of Bacteroides thetaiotaomicron dipeptidyl peptidase III // Simpozij studenata doktorskih studija PMF : Knjiga sažetaka / Primožič, Ines ; Hranilović, Dubravka (ur.).
Zagreb, 2016. str. 40-40 (poster, domaća recenzija, sažetak, znanstveni) -
16.Sabljić, Igor; Gruber, Karl; Macheroux, Peter; Luić, MarijaThe first X-ray structure of prokaryotic dipeptidyl peptidase III // Acta Crystallographica Section A Foundations and Advances
Rovinj, Hrvatska, 2015. str. s202-s203 doi:10.1107/S2053273315096965 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
17.Tomić, Sanja; Tomić, AntonijaLigand binding to the flexible metaloenzymes: protein dynamics and the active enzyme conformation // European Biophysics Journal 2015, Volume 44, Supplement 1
Dresden, Njemačka: Springer, 2015. str. 243-243 doi:10.1007/s00249-015-1045-6 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, ostalo) -
18.Karačić, Zrinka; Abramić, MarijaCharacterization of plant dipeptidyl-peptidases III from Physcomitrella patens and Arabidopsis thaliana // Book od Abstracts of the FEBS3+ Meeting "Molecules of Life" / Kos, Janko ; Pohlar Ulrih, Nataša (ur.).
Ljubljana: Slovenian Biochemical Society, 2015. str. 138-138 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
19.Tomin, Marko; Tomić, Sanja; Sabljić, IgorConformational study of Bacteroides thetaiotaomicron dipeptidyl peptidase III // 29th European Crystallographic Meeting, Book of Abstracts, Acta Crystallographica A, 71
Rovinj, Hrvatska, 2015. str. 209-209 doi:10.1107/S2053273315096850 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
1.Tomin, MarkoIstraživanje mehanizma hidrolize peptidne veze na modelnom sustavu DPP III // DPP III mikrosimpozij
Zagreb, Hrvatska, 2017. (predavanje, neobjavljeni rad, znanstveni) -
2.Tomin, Marko; Tomić, Sanja; Sabljić, IgorBacteroides thetaiotaomicron dipeptidyl peptidase III complexes with synthetic substrates // Thrid DPP III Minisymposium
Graz, Austrija, 2017. (poster, neobjavljeni rad, znanstveni) -
3.Bertoša, Branimir; Kazizić, Saša; Mikleušević, Goran; Štefanić, Zoran; Narczyk, Marta; Wielgus- Kutrowska, Beata; Hajnić, Matea; Leščić Ašler, Ivana; Tomić, Sanja; Tarnowski, Krzysztof et al.Role of subunit-subunit interactions in the catalysis conducted by hexameric purine nucleoside phosphorylase // 22nd International Conference on Analytical Ultracentrifugation
Melbourne, Australija, 2015. str. 1-1 (pozvano predavanje, sažetak, znanstveni) -
1.Karačić, ZrinkaBiokemijska karakterizacija hidrolaze s dvojnom enzimskom aktivnošću iz mahovine Physcomitrella patens, 2018., doktorska disertacija, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb
-
1.Sučec, IvaPrekomjerna ekspresija i biokemijska karakterizacija proteina dipeptidil-peptidaze III iz termofilne bakterije Caldithrix abyssi, 2018., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb
-
2.Čavka, IvanaRačunalne simulacije kompleksa ljudske dipeptidil-peptidaze III s angiotenzinom-(1-7) i njegovim stabilnim analogom, 2018., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb
