Pregled po projektu: Razvoj i primjene principa maksimalne proizvodnje entropije (MB: MZOS-177-1770495-0476)

1.

Juretić, Davor

Personal Impressions about Ante During almost 50 Years of Contacts with Him // Ante Graovac - Life and Works / Gutman, Ivan ; Pokrić, Biserka ; Vukičević, Damir (ur.).
Kragujevac: Univerzitet u Kragujevcu ; Prirodno-matematički fakultet Univerziteta u Kragujevcu, 2014. str. 139-140

2.

Dobovišek, Andrej; Županović, Paško; Brumen, Milan; Juretić, Davor

Maximum Entropy Production and Maximum Shannon Entropy as Germane Principles for the Evolution of Enzyme Kinetics // Beyond the Second Law: Entropy Production and Non- equilibrium Systems / Dewar, Roderick C ; Charles ; Lineweaver, Charles H ; Niven, Robert K ; Regenauer-Lieb, Klaus (ur.).
Berlin: Springer, 2014. str. 361-382

3.

Juretić, Davor; Tossi, Alessandro; Kamech, Nédia; Ilić, Nada; Bojović, Viktor; Novković, Mario; Simunić, Juraj; Petrov, Dražen; Lučić, Bono; Miljak, Marija et al.

From Data Collecting to Web servers for Automatic Design of Peptide Antibiotics // Bioinformatics and biological physics : proceedings of the scientific meeting / Paar, Vladimir (ur.).
Zagreb: Hrvatska akademija znanosti i umjetnosti (HAZU), 2013. str. 63-78

Pristup cjelovitom tekstu rada

1.

Simunić, Juraj; Petrov, Dražen; Bouceba, Tahar; Kamech, Nédia; Benincasa, Monica; Juretić, Davor

Trichoplaxin — A new membrane-active antimicrobial peptide from placozoan cDNA // Biochimica et biophysica acta. Biomembranes, 1838 (2014), 5; 1430-1438 doi:10.1016/j.bbamem.2014.02.003 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi www.sciencedirect.com

2.

Kuić, Domagoj

Quantum Mechanical Virial Theorem in Systems with Translational and Rotational Symmetry // International journal of theoretical physics, 52 (2013), 4; 1221-1239 doi:10.1007/s10773-012-1438-6 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi link.springer.com

3.

Ilić, Nada; Novković, Mario; Guida, Filomena; Xhindoli, Daniela; Benincasa, Monica; Tossi, Alesandro; Juretić, Davor

Selective antimicrobial activity and mode of action of adepantins, glycine-rich peptide antibiotics based on anuran antimicrobial peptide sequences // Biochimica et biophysica acta. Biomembranes, 1828 (2013), 3; 1004-1012 doi:10.1016/j.bbamem.2012.11.017 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi www.sciencedirect.com ac.els-cdn.com dx.doi.org

4.

Kamech, Nédia; Vukičević, Damir; Ladram, Ali; Piesse, Christophe; Vasseur, Julie; Bojović, Viktor; Simunić, Juraj; Juretić, Davor

Improving the Selectivity of Antimicrobial Peptides from Anuran Skin // Journal of chemical information and modeling, 52 (2012), 12; 3341-3351 doi:10.1021/ci300328y (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi pubs.acs.org

5.

Novković, Mario; Simunić, Juraj; Bojović, Viktor; Tossi, Alessandro; Juretić, Davor

DADP: the database of anuran defense peptides // Bioinformatics, 28 (2012), 10; 1406-1407 doi:10.1093/bioinformatics/bts141 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi bioinformatics.oxfordjournals.org bioinformatics.oxfordjournals.org

6.

Kuić, Domagoj; Županović, Paško; Juretić, Davor

Macroscopic Time Evolution and MaxEnt Inference for Closed Systems with Hamiltonian Dynamics // FOUNDATIONS OF PHYSICS, 42 (2012), 2; 319-339 doi:10.1007/s10701-011-9604-x (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi www.springerlink.com

7.

Janowska, Maria K.; Zubac, Ruben; Žagrović, Bojan

Computational Analysis of Binding of the GBD Domain of WASP to Different Binding Partners // Croatica chemica acta, 84 (2011), 2; 211-220 doi:10.5562/cca1806 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi

8.

Dobovišek, Andrej; Županović, Paško; Brumen, Milan; Bonačić-Lošić, Željana; Kuić, Domagoj; Juretić, Davor

Enzyme kinetics and the maximum entropy production principle // Biophysical chemistry, 154 (2011), 2/3; 49-55 doi:10.1016/j.bpc.2010.12.009 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi www.sciencedirect.com ac.els-cdn.com dx.doi.org

9.

Petrov, Dražen; Žagrović, Bojan

Microscopic Analysis of Protein Oxidative Damage : Effect of Carbonylation on Structure, Dynamics, and Aggregability of Villin Headpiece // Journal of the American Chemical Society, 133 (2011), 18; 7016-7024 doi:10.1021/ja110577e (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi pubs.acs.org pubs.acs.org

10.

Kuzmanić, Antonija; Kruschel, Daniela; van Gunsteren, Wilfred; Pannu, Navraj; Žagrović, Bojan

Dynamics may significantly influence the estimation of interatomic distances in biomolecular X-ray structures. // Journal of molecular biology, 411 (2011), 1; 286-297 doi:10.1016/j.jmb.2011.05.033 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi www.sciencedirect.com dx.doi.org www.ncbi.nlm.nih.gov

11.

Šimunović, Mijo; Žagrović, Bojan; Tomić, Sanja

Mechanism and thermodynamics of ligand binding to auxin amidohydrolase // Journal of molecular recognition, 24 (2011), 5; 854-861 doi:10.1002/jmr.1128 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi onlinelibrary.wiley.com

12.

Juretić, Davor; Vukičević, Damir; Petrov, Dražen; Novković, Mario; Bojović, Viktor; Lučić, Bono; Ilić, Nada; Tossi, Alessandro

Knowledge-based computational methods for identifying or designing novel, non-homologous antimicrobial peptides // European biophysics journal, 40 (2011), 4; 371-385 doi:10.1007/s00249-011-0674-7 (međunarodna recenzija, pregledni rad, znanstveni)

doi www.springerlink.com

13.

Hlevnjak, Mario; Žitković, Gordan; Žagrović, Bojan

Hydrophilicity Matching – A Potential Prerequisite for the Formation of Protein-Protein Complexes in the Cell // PLoS ONE, 5 (2010), 6; 1-8 doi:10.1371/journal.pone.0011169 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi www.plosone.org www.plosone.org

14.

Awile, Omar; Kriško, Anita; Sbalzarini, Ivo; Žagrović, Bojan

Intrinsically Disordered Regions May Lower the Hydration Free Energy in Proteins: A Case Study of Nudix Hydrolase in the Bacterium Deinococcus radiodurans // Plos computational biology, 6 (2010), 7; 1-10 doi:10.1371/journal.pcbi.1000854 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi www.ploscompbiol.org

15.

Marčelja, Stjepan

The timescale and extent of thermal expansion of the global ocean due to climate change // Ocean science, 6 (2010), 1; 179-184 doi:10.5194/os-6-179-2010 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi www.ocean-sci.net

16.

Županović, Paško; Botrić, Srećko; Juretić, Davor; Kuić, Domagoj

Relaxation processes and the maximum entropy production principle // Entropy (Basel. Online), 12 (2010), 3; 473-479 doi:10.3390/e12030473 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi www.mdpi.com

17.

Županović, Paško; Kuić, Domagoj; Bonačić Lošić, Željana; Petrov, Dražen; Juretić, Davor; Brumen, Milan

The maximum entropy production principle and linear irreversible processes // Entropy (Basel. Online), 12 (2010), 5; 996-1005 doi:10.3390/e12050996 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi www.mdpi.com mdpi.com www.mdpi.com

18.

Županović, Paško; Kuić, Domagoj; Juretić, Davor; Dobovišek, Andrej

On the problem of formulating principles in nonequilibrium thermodynamics // Entropy (Basel. Online), 12 (2010), 4; 926-931 doi:10.3390/e12040926 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi www.mdpi.com www.mdpi.com

19.

Kuzmanić, Antonija; Žagrović, Bojan

Determination of ensemble-average pairwise root-mean square deviation from experimental B-factors // Biophysical journal, 98 (2010), 5; 861-871 doi:10.1016/j.bpj.2009.11.011 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi www.sciencedirect.com

20.

Županović, Paško; Brumen, Milan; Jagodič, Marko; Juretić, Davor

Bacterial chemotaxis and entropy production // Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 365 (2010), 1397-1403 doi::10.1098/rstb.2009.0307 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi

21.

Kruschel, Daniela; Žagrović, Bojan

Conformational averaging in structural biology : issues, challenges and computational solutions // Molecular biosystems, 5 (2009), 12; 1606-1616 doi:10.1039/b917186j (međunarodna recenzija, pregledni rad, znanstveni)

doi

22.

Juretić, Davor; Vukičević, Damir; Ilić, Nada; Antcheva, Nikolinka; Tossi, Alessandro

Computational Design of Highly Selective Antimicrobial Peptides // Journal of chemical information and modeling, 49 (2009), 12; 2873-2882 doi:10.1021/ci900308u (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

Pristup cjelovitom tekstu rada doi pubs.acs.org pubs.acs.org

23.

Wlodarski, Tomasz; Žagrović, Bojan

Conformational selection and induced fit mechanism underlie specificity in noncovalent interactions with ubiquitin // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 106 (2009), 46; 19346-19351 doi:10.1073/pnas.0906966106 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

Pristup cjelovitom tekstu rada doi www.pnas.org

24.

Plavčić, Miro; Županović, Paško; Bonačić Lošić, Željana

The resonance of the Wilberforce pendulum and the period of beats // Latin American journal of physics education, 3 (2009), 3; 547-549 (podatak o recenziji nije dostupan, članak, znanstveni)

www.journal.lapen.org.mx

25.

Muller, Christian L.; Sbalzarini, Ivo F.; van Gusteren, Wilfred F.; Žagrovic, Bojan; Hunenberger, Philippe H.

In the eye of the beholder : inhomogeneous distribution of high-resolution shapes within the random-walk ensemble // The Journal of chemical physics, 130 (2009), 21; 214904, 25 doi:10.1063/1.3140090 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi aip.scitation.org

26.

Žagrović, Bojan; Đikić, Ivan

Childhood of a phoenix : modern biology in Eastern and South-Eastern Europe // Nature Reviews Molecular Cell Biology, 9 (2008), 4; 333-336 doi:10.1038/nrm2368 (recenziran, pregledni rad, stručni)

doi

27.

Žagrović, Bojan; Gattin, Zrinka; Lau, J.K.; Huber, M.; van Gunsteren, W.F.

Structure and dynamics of two beta-peptides in solution from molecular dynamics simulations validated against experiment // European Biophysics Journal, 37 (2008), 6; 903-912 doi:10.1007/s00249-008-0307-y (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi www.springerlink.com

28.

Schwab, F.; van Gusteren, W.F.; Žagrović, Bojan

Computational study of the mechanism and the relative free energies of binding of anticholesteremic inhibitors to squalene-hopene cyclase // Biochemistry, 47 (2008), 9; 2945-2951 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

29.

Schmid, Nathan; Žagrović, Bojan; van Gunsteren, Wilfred F.

Folding-unfolding equilibrium of a methylidene-substituted beta-peptide // Helvetica chimica acta, 90 (2007), 10; 1966-1979 doi:10.1002/hlca.200790204 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi

30.

Žagrović, Bojan

Helical signature motif in the fibre diffraction patterns of random-walk chains // Molecular physics, 105 (2007), 10; 1299-1306 doi:10.1080/00268970701395114 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi

31.

Schmid, Nathan; Žagrović, Bojan; van Gunsteren, Wilfred F.

Mechanism and thermodynamics of binding of the polypyrimidine tract binding protein to RNA // Biochemistry, 46 (2007), 22; 6500-6512 doi:10.1021/bi6026133 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi

32.

Žagrović, Bojan; van Gunsteren, Wilfred F.

Computational analysis of the mechanism and thermodynamics of inhibition of phosphodiesterase 5A by synthetic ligands // Journal of chemical theory and computation, 3 (2007), 1; 301-311 doi:10.1021/ct600322d (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi

1.

Juretić, Davor

Osobitosti znanstvene metode istraživanja prirode // Dijalog: Časopis za društveno - duhovna propitivanja i oglede, 7 (2007), 37-40 (podatak o recenziji nije dostupan, članak, stručni)

2.

Juretić, Davor

Dragulj Erwina Schrodingera: Što je život // Priroda, 9 (2007), 26-30 (podatak o recenziji nije dostupan, članak, stručni)

1.

Županović, Paško; Juretić, Davor

THE RELEVANCE OF MAXIMUM ENTROPY PRODUCTION PRINCIPLE AND MAXIMUM INFORMATION ENTROPY PRINCIPLE IN BIOLOGY // From Basic to Life Sciences 7 / Pavuna, Davor (ur.).
Cavtat, Hrvatska, 2014. (predavanje, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

2.

Raguž, Marija; Ilić, Nada; Kumar, Suresh; Zareba, Mariusz; Mainali, Laxman; Subczynski, Karol

Colesterol Bilayer Domain in Phospholipid Bilayer Membranes Can be Detected by Confocal Microscope // Proceedings of the First Adriatic Symposium on Biophysical Approaches in Biomedical Studies / Raguž, Marija ; Kalyanaraman, Balaraman ; Sarna, Tadeusz ; Ilić, Nada ; Nejašmić, Danijel ; Thelaner, Jane (ur.).
Split: Mediterranean Institute for Life Sciences (MedILS), 2014. str. 69-69 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

3.

Juretić, Davor

Host defense peptides as natural product scaffolds for a design of next generation antibiotic classes // Proceedings of the First Adriatic Symposium on Biophysical Approaches in Biomedical Studies / Raguž, Marija ; Kalyanaraman, Balaraman ; Sarna, Tadeusz ; Ilić, Nada ; Nejašmić, Danijel ; Thelaner, Jane (ur.).
Split: Mediterranean Institute for Life Sciences (MedILS), 2014. str. 53-53 (pozvano predavanje, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

4.

Županović, Paško; Sorić, Ivica; Sorić, Tomislav

Stirling engine as simple as possible // Proceedings / Piloteelli, Mariagrazia ; Beretta, Gian Paolo (ur.).
Brescia: Cartolibreria Snoopy, 2013. str. 510-513 (pozvano predavanje, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

5.

Županović, Paško; Juretić, Davor

The relevance of maximum entropy production principle and maximum information entropy principle in biology // Proceedings / Piloteelli, Mariagrazia ; Beretta, Gian Paolo (ur.).
Brescia: Cartolibreria Snoopy, 2013. str. 94-98 (pozvano predavanje, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

6.

Juretić, Davor

Bioinformatics of Antimicrobial Peptides: From Collecting Data to Web Servers for Automatic Design of Peptide Antibiotics // HRVATSKA AKADEMIJA ZNANOSTI I UMJETNOSTI: NOVA DOSTIGNUĆA HRVATSKIH ZNANSTVENIKA IZ BIOINFORMATIKE I BIOLOŠKE FIZIKE / Paar, Vladimir (ur.).
Zagreb, Hrvatska, 2013. (plenarno, sažetak, znanstveni)

7.

Juretić, Davor

Peptide antibiotics: do they have a future or not? // From Solid State to BioPhysics VI / Pavuna, Davor (ur.).
Cavtat, Hrvatska, 2012. (pozvano predavanje, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

8.

Juretić, Davor; Vukičević, Damir; Ilić, Nada; Novković, Mario; Simunić, Juraj; Bojović, Viktor; Kamech, Nédia; Tossi, Alessandro

In silico search strategies for finding new AMPs // New Antimicrobials Workshop in Trieste, 25-26.5.2012 / Tossi, Alessandro (ur.).
Trst: Edizioni Università di Trieste, 2012. str. 23-24 (pozvano predavanje, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

9.

Novković, Mario; Simunić, Juraj; Bojović, Viktor; Tossi, Alessandro; Juretić, Davor

DADP: the Database of Anuran Defense Peptides // New Antimicrobials Workshop in Trieste, 25-26.5.2012 / Tossi, Alessandro (ur.).
Trst: Edizioni Università di Trieste, 2012. str. 39-40 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

10.

Ilić, Nada; Novković, Mario; Guida, Filomena; Xhindoli, Daniela; Benincasa, Monica; Tossi, Alessandro; Juretić, Davor

Adepantins, computationally designed, glycine-rich peptide antibiotics, with low toxicity and very high G- selectivity // New Antimicrobials Workshop in Trieste, 25-26.5.2012 / Tossi, Alessandro (ur.).
Trst: Edizioni Università di Trieste, 2012. str. 37-38 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

11.

Dobovišek, Andrej; Županović, Paško; Brumen, Milan; Bonačić-Lošić, Željana; Kuić, Domagoj; Juretić, Davor

Kinetika enzima i načelo najvećeg nastajanja entropije // Knjiga sažetaka, VII Znanstveni sastanak HFD-a Primošten, 13-16 listopada 2011
Zagreb, 2011. str. 136-136 (poster, sažetak, znanstveni)

12.

Kuić, Domagoj; Županović, Paško; Juretić, Davor

Algoritam maksimalne entropije i vremenska evolucija zatvorenih makroskopskih sustava s Hamiltonovom dinamikom // Knjiga sažetaka, VII Znanstveni sastanak HFD-a Primošten, 13-16 listopada 2011
Zagreb, 2011. str. 133-133 (poster, sažetak, znanstveni)

13.

Juretić, Davor

Structural asymmetries and biological activity of membrane-transforming-peptides // Book of Abstracts: Visualization and modeling in Chemistry
Split, 2010. (pozvano predavanje, sažetak, znanstveni)

14.

Hlevnjak, Mario; Wlodarski, Tomasz; Zitkovic Gordan, Zagrovic, Bojan

Computational biophysics of macromolecules: protein-protein interactions in a crowded cell // Book of Abstracts AMP2012
Zagreb, 2010. str. 27-27 (pozvano predavanje, sažetak, znanstveni)

15.

Dobovišek, Andrej; Županović, Paško; Kuić, Domagoj; Bonačić-Lošić, Željana; Brumen, Milan; Juretić, Davor

Evolutionary optimization of enzymatic reactions by Maximum Entropy Production Principle // Book of Abstracts, Regional Biophysics Conference , Primošten , 15-18 September 2010
Zagreb, 2010. str. 31-31 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

16.

Županović, Paško; Brumen, Milan; Fajmut, Aleš; Juretić, Davor

Negative pressure in osmosis at constant volume and water uptake in tall tree // Book of Abstracts
Zagreb, 2010. str. 49-49 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

17.

Kuić, Domagoj; Županović, Paško

Introduction of MaxEnt algorithm to Hamiltonian dynamics of classical macroscopic closed systems // Workshop programme and abstracts
Jena, 2010. str. 19-19 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

18.

Županović, Paško; Brumen, Milan; Kuić, Domagoj; Fajmut, Aleš; Juretić, Davor

The effect of the elasticity of membrane on the stability of the solvent in osmotic process at constant volume // Workshop programme and abstracts
Jena, 2010. str. 18-18 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

19.

Petrov, Dražen; Juretić, Davor

Conserved signal sequences specific for processing of innate immunity antimicrobial peptides // Book of Abstracts AMP2010 / Juretić, Davor ; Separovic, Frances (ur.).
Split: Sveučilište u Splitu ; Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Splitu, 2010. str. 47-47 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

20.

Lučić, Bono; Bojović, Viktor; Vukičević, Damir; Juretić, Davor

Positional specific amino acid attributes improve the computational design of antimicrobial peptides // Australia-Croatia Workshop on Antimicrobial Peptides and Summer School in Biophysics in Biophysics (AMP2010) : Book of Abstracts / Juretić, Davor ; Šeparović, Frances (ur.).
Split: Faculty of Sciences, 2010. str. 43-43 (poster, sažetak, znanstveni)

21.

Ilić, Nada; Novković, Mario; Guida, Filomena; Antcheva, Nikolinka; Tossi, Alessandro; Copić, Tea; Puizina, Jasna; Juretić, Davor

Adepantins, a new class of ab-initio designed antimicrobial peptides // Book of Abstracts AMP2010 / Juretić, Davor ; Separovic, Frances (ur.).
Split: Sveučilište u Splitu ; Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Splitu, 2010. str. 41-41 (poster, sažetak, znanstveni)

22.

Juretić, Davor; Vukičević, Damir; Petrov, Dražen; Novković, Mario; Ilić, Nada; Antcheva, Nikolinka; Tossi, Alessandro

Computational methods for using known antimicrobial peptide sequences to identify or design novel non-homologous peptides // Book of Abstracts AMP2010 / Juretić, Davor ; Separovic, Frances (ur.).
Split: Sveučilište u Splitu ; Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Splitu, 2010. str. 20-20 (pozvano predavanje, sažetak, znanstveni)

23.

Hlevnjak, Mario; Zagrovic, Bojan

Non-specific component of protein-protein interactions // 3rd Adriatic Meeting on Computational Solutions in the Life Sciences / Tomić, Sanja: Smith, David (ur.).
Zagreb: Centre for Computational Solutions in the Life Sciences, Ruđer Bošković Institute, 2009. str. 57-57 (poster, sažetak, znanstveni)

24.

Plavčić, Miro; Županović, Paško

Wilberforceov oscilator // Knjiga sažetaka 6. znanstvenog sastanka Hrvatskog fizikalnog društva, Zagreb, 2009
Zagreb, 2009. str. 142-142 (poster, sažetak, znanstveni)

25.

Dobovišek, Andrej; Brumen, Milan; Županović, Paško; Juretić, Davor

Maximum entropy production principle (MEPP) in generalized Michaelis-Menten kinetics // Abstracts of the 7th EBSA European Biophysics Congress ; u: European biophysics journal 38 (2009) (S1) ; S35–S212 ; Statistical, soft matter and biological physics ; P-330
Heidelberg: Springer, 2009. str. S121-S121 (poster, sažetak, znanstveni)

www.springerlink.com

26.

Dobovišek, Andrej; Kuić, Domagoj; Bonačić Lošić, Željana; Brumen, Milan; Županović, Paško; Juretić, Davor

Entropy production and Shannon's entropy in enzymatic reactions // Maximum Entropy Production in the Earth Systems, Jena, Germany, 2009
Jena, 2009. str. 18-18 (poster, sažetak, znanstveni)

27.

Paško Županović; Domagoj Kuić; Milan Brumen; Aleš Fajmut; Davor Juretić

Osmoza pri stalnom obujmu, negativan tlak. Podizanje vode u visokim stablima // Knjiga sažetaka 6. znanstvenog sastanka Hrvatskog fizikalnog društva
Zagreb, 2009. str. 141-141 (poster, sažetak, znanstveni)

28.

Petrov, Dražen; Hlevnjak, Mario; Zagrovic, Bojan

Effects of carbonylation on the stability of proteins // The 3rd Adriatic Meeting on Computational Solutions in the Life Sciences / Tomić, Sanja: Smith, David (ur.).
Zagreb: Centre for Computational Solutions in the Life Sciences, Ruđer Bošković Institute, 2009. str. 72-72 (poster, sažetak, znanstveni)

29.

Juretić, Davor; Vukičević, Damir; Ilić, Nada; Bojović, Viktor; Tossi, Alessandro

Design optimisation of novel peptide antibiotics predicted to have high selectivity against G-negative bacteria // The 3rd Adriatic Meeting on Computational Solutions in the Life Sciences / Tomić, Sanja ; Smith, David (ur.).
Zagreb: Centre for Computational Solutions in the Life Sciences, Ruđer Bošković Institute, 2009. str. 59-59 (poster, sažetak, znanstveni)

30.

Juretić, Davor

Selectivity prediction for frog-type peptide antibiotics against Gram-negative bacteria // The 3rd Adriatic Meeting on Computational Solutions in the Life Sciences / Tomić, Sanja ; Smith, David (ur.).
Zagreb: Centre for Computational Solutions in the Life Sciences, Ruđer Bošković Institute, 2009. str. 40-40 (pozvano predavanje, sažetak, znanstveni)

31.

Wlodarski, Tomasz; Hlevnjak, Mario; Awile, Omar; Krisko, Anita; Sbalzarini, Ivo; Zagrovic, Bojan

Studying protein‐protein interactions using computer simulations: from specific effects to protein ecology // The 3rd Adriatic Meeting on Computational Solutions in the Life Sciences / Tomić, Sanja: Smith, David (ur.).
Zagreb: Centre for Computational Solutions in the Life Sciences, Ruđer Bošković Institute, 2009. str. 23-23 (pozvano predavanje, sažetak, znanstveni)

32.

Paško Županović; Domagoj Kuić , Milan Brumen; Aleš Fajmut; Davor Juretić

Osmotic process at constant volume and ascent of sap in xylem // Maximum Entropy Production in the Earth Systems, Jena, Germany, 2009.
Jena, Njemačka, 2009. (predavanje, sažetak, znanstveni)

33.

Zagrović, Bojan

More dynamic than we think? Conformational averaging in structural biology // CCPB Biomolecular Simulation conference, York, UK, January 2009
York, Ujedinjeno Kraljevstvo, 2009. (pozvano predavanje, sažetak, znanstveni)

www.ccpb.ac.uk

34.

Žagrović, Bojan

Natively unfolded regions lower the solvation free energy in proteins: a putative role in the desiccation-resistant bacterium Deinococcus radiodurans // Regional Biophysics Conference, Linz, Austria, February 2009
Linz, Austrija, 2009. (pozvano predavanje, sažetak, znanstveni)

www.conferences.jku.at

35.

Brumen, Milan; Fajmut, Aleš; Juretić, Davor; Kuić, Domagoj; Županović, Paško

The significance of the xylem-phloem coupling in the upward water transport in plants // Regional Biophysics Conference 2009, Linz, Austria, February 2009
Linz, Austrija, 2009. (poster, sažetak, znanstveni)

www.conferences.jku.at

36.

Dobovišek, Andrej; Kuić, Domagoj; Bonačić Lošić, Željana; Brumen, Milan; Županović, Paško; Juretić, Davor

Entropy production in enzymatic reactions // Regional Biophysics Conference 2009, Linz, Austria, February 2009
Linz, Austrija, 2009. (poster, sažetak, znanstveni)

www.conferences.jku.at

37.

Juretić, Davor; Vukičević, Damir; Bojović, Viktor; Lučić, Bono; Ilić, Nada

Design principles for peptide antibiotics // From Solid State to Biophysics, 4th conference, Cavtat, Croatia, 2008
Cavtat, Hrvatska, 2008. str. x-x (poster, sažetak, znanstveni)

38.

Žagrović, Bojan

Computer simulations in the modern molecular biology research // EMBO meeting on cellular signaling and molecular medicine, Cavtat, Croatia, June 2008
Cavtat, Hrvatska, 2008. (pozvano predavanje, sažetak, znanstveni)

www.dubrovnik-conference.org

39.

Žagrović, Bojan

Helical signature in the diffraction patterns of random walk chains // EMBO YIP meeting, EMBL, Heidelberg, Germany, June 2008
Heidelberg, Njemačka, 2008. (pozvano predavanje, sažetak, znanstveni)

www.embo.org

40.

Brumen, Milan; Županović, Paško; Jagodič, Marko: Juretić, Davor

Bacterial chemotaxis and entropy production // Maximum Entropy Production in the Earth system, Jena, Germany, May 2008
Jena, Njemačka, 2008. (predavanje, sažetak, znanstveni)

www.bgc-jena.mpg.de

41.

Kuić, Domagoj; Županović, Paško

Relaxation of lineary coupled oscillators // Maximum Entropy Production in the Earth system, Jena, Germany, 2008
Jena, Njemačka, 2008. (poster, sažetak, znanstveni)

42.

Županović, Paško

Bacterial chemotaxis and entropy production // From solid state to biophysics IV : Book of abstracts
Cavtat, Hrvatska, 2008. (predavanje, sažetak, znanstveni)

43.

Juretić, Davor

Enzymes and living cells as functionally optimized systems for coupling thermodynamic to biological evolution // Entropy in Biomolecular Systems - MedILS Workshop, Split, Croatia, August 2008
Split, Hrvatska, 2008. (pozvano predavanje, sažetak, znanstveni)

www.medils.org www.medils.hr

44.

Juretić, D.; Vukičević, D.; Bojović, V.; Ilić, N.; Lučić, B.

Design principles for peptide antibiotics and toxins // From Solid State to Biophysics, 4-th conference, Cavtat, Croatia, June 2008
Cavtat, Hrvatska, 2008. (pozvano predavanje, sažetak, znanstveni)

45.

Kuić, Domagoj; Županović, Paško

Relaksacija mehaničkog sustava slabo vezanih oscilatora // Peti znanstveni sastanak HFD-a, Primošten, Hrvatska, listopad 2007
Primošten, Hrvatska, 2007. (poster, sažetak, znanstveni)

46.

Lučić, Bono; Batista, Jadranko; Juretić, Davor

Poboljšanje modela za predviđanje kristalizacije proteina // Knjiga sažetaka 5. znanstvenog sastanka Hrvatskog fizikalnog društva / Dulčić, A. (ur.).
Zagreb: PMF Zagreb, Fizički odsjek, 2007. str. 106-106 (poster, sažetak, znanstveni)

47.

Juretić, Davor; Bojović, Viktor; Lučić, Bono; Ilić, Nada

Predicting the therapeutic index of peptide antibiotics // Third Austrian-Croatian Science Days, Grac, Austrija, listopad 2007
Graz, Austrija, 2007. (poster, sažetak, znanstveni)

48.

Županović, Paško; Botrić, Srećko; Juretić, Davor

Relaxation proceses and maximum entropy production principle // Peti znanstveni sastanak HFD-a : Knjiga sažetaka
Primošten, Hrvatska, 2007. (poster, sažetak, znanstveni)

49.

Županović, Paško; Brumen, Milan; Jagodić, Marko; Juretić, Davor

Bacterial chemotaxis and entropy production // The 1st Split Meeting on Development and Applications of Novel Methods and Models in Computational Biophysics and Structural Bioinformatics
Split, Hrvatska, 2007. (pozvano predavanje, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

50.

Juretić, Davor; Bonačić-Lošić Željana; Županović, Paško; Dewar, Roderick

Optimization of enzymatic kinetics by using MaxENT and MEP entropy principles // The 1st Split Meeting on Development and Applications of Novel Methods and Models in Computational Biophysics and Structural Bioinformatics
Split, Hrvatska, 2007. (pozvano predavanje, međunarodna recenzija, sažetak, ostalo)

51.

Juretić, Davor; Lučić, Bono; Bojović, Viktor; Ilić, Nada

Designing peptide antibiotics with potential medical applications // The 1st Split Meeting on Development and Applications of Novel Methods and Models in Computational Biophysics and Structural Bioinformatics
Split, Hrvatska, 2007. (pozvano predavanje, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

52.

Juretić, Davor; Bojović, Viktor; Lučić, Bono

Sequence attributes for estimating the therapeutic index of peptide antibiotics // The 2nd Opatija Meeting on Computational Solutions in the Life Sciences / Darko Babić, Nađa Došlić, David Smith, Sanja Tomić, Kristian Vlahoviček (ur.).
Zagreb: Ruđer Bošković Institute, Zagreb, Croatia, 2007. str. 19-19 (pozvano predavanje, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

1.

Kuić, Domagoj

Entropy production based on MaxEnt principle // Nonabelian Gauge Theories and Quark Matter, 6th AUSTRIAN-CROATIAN-HUNGARIAN MEETING, Summer Workshop for Theoretical Physics
Rab, Hrvatska, 2013. (predavanje, međunarodna recenzija, pp prezentacija, znanstveni)

Pristup cjelovitom tekstu rada umbriel.phy.hr umbriel.phy.hr

2.

Žagrović, Bojan

Glimpses of biomolecular structure and dynamics through worldwide distributed computing: from protein folding to structure determination // MFPL Institute seminar
Beč, Austrija, 2009. (pozvano predavanje, sažetak, znanstveni)

3.

Zagrovic, Bojan

Conformational selection and induced fit mechanism underlie specificity in noncovalent interactions with ubiquitin // EMBO YIP meeting
Istanbul, Turska, 2009. (pozvano predavanje, sažetak, znanstveni)

4.

Zagrovic, Bojan

Studying protein‐protein interactions using computer simulations: from specific effects to protein ecology // EMBO meeting on physics of cells
Primošten, Hrvatska, 2009. (pozvano predavanje, sažetak, znanstveni)

5.

Bojović, Viktor; Skala, Karolj; Juretić, Davor

University of Split servers for membrane polypeptides // The 1st Split Meeting on Development and Applications of Novel Methods and Models in Computational Biophysics and Structural
Split, Hrvatska, 2007. (pozvano predavanje, međunarodna recenzija, neobjavljeni rad, znanstveni)

1.

Kuić, Domagoj

Temeljna načela prediktivne statističke mehanike kao osnova za teoriju ireverzibilnosti, 2013., doktorska disertacija, Prirodoslovno-matematički fakultet u Zagrebu, Zagreb

www.knjiznica.phy.pmf.unizg.hr www.knjiznica.phy.pmf.unizg.hr

2.

Ilić, Nada

Design and testing of Adepantins – functional artificial antibiotics, 2013., doktorska disertacija, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

1.

Plavčić, Miro

Wilberforceov oscilator, 2009., magistarski rad, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

1.

Čakarić, Tonći

Sila podizanja na aerodinamičke profile, 2013., diplomski rad, preddiplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

2.

Vučemilović-Alagić, Nataša

Antimicrobial activity of modified cell penetrating peptide and modified natural antimicrobial peptide against opportunistic (multiresistant) pathogens in hospital environment, 2013., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

3.

Miljak, Marija

Dimeric Analogue of a Natural Antimicrobial Peptide with Improved Activity and Selectivity: A Study Connecting Bioinformatics, Biophysics and Biochemistry, 2013., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

4.

Ivica, Josip

Algorithmic and knowledge-based modifications of cell-penetrating peptide leading to its improved physicochemical properties and antimicrobial activity, 2013., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

5.

Žeko, Petra

Klasična teorija aerodinamičnih profila, 2012., diplomski rad, preddiplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

6.

Primorac, Daria

Analiza inicijalnog testa iz termodinamike i kinetičke teorije materije, 2012., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

7.

Pleić, Kristina

Teorija informacije i statistička fizika, 2012., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

8.

Kralj, Tomica

Fizikalna i kemijska svojstva peptida i proteina koji vežu srebro, 2012., diplomski rad, preddiplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

9.

Kozić, Mara

ASIMETRIČNI ANTIMIKROBNI PEPTIDI I NJIHOVA MJERENA SVOJSTVA, 2012., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

10.

Čapeta, Elvina

Primjena kinematičke klupe u nastavi fizike, 2011., diplomski rad, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

11.

Paradžik, Ana

Hodgkin–Huxleyjeve jednadžbe u svjetlu današnjih saznanja o strukturi voltažnih kanala, 2011., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

12.

Vučemilović - Alagić, Nataša

Metastabilna stanja kapljevine, 2011., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

13.

Pavlinović, Damir

Ovisnost tlaka zasićenih para o temperaturi, 2011., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

14.

Borozan, Marija

Usporedba fizikalnih svojstava signalnih peptida iz vodozemaca i sisavaca, 2010., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

15.

Novković, Mario

Adepantins, a new class of designed antimicrobial peptides, 2010., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

16.

Lovrić, Josip

Stirlingov motor, 2010., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

17.

Žic, Mario

Osmoza, 2010., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

18.

Perišin, Antonija

ANALIZA USPJEHA STUDENTA IZ PREDMETA OPĆA FIZIKA IV U ŠK. GOD. 2007/08, 2009., diplomski rad, preddiplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

19.

Sanader, Željka

Fizikalna svojstva koja razlikuju peptide antibiotike od peptida toksina, 2009., diplomski rad, preddiplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

20.

Šeputić, Petar

PRIJENOS VODE I MINERALA U BILJKAMA, 2009., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

21.

Petrov, Dražen

STUDIJA PONAŠANJA NESAVIJENOG POLIPEPTIDNOG LANCA U MEMBRANI UZ POMOĆ RAČUNALSKIH METODA MOLEKULARNE MEHANIKE, 2009., diplomski rad, Prirodoslovno matematički fakultet, Split

22.

Kodić, Ljiljana

PRIMJENA LAGRANGEOVOG FORMALIZMA NA TITRANJA TIJELAA, 2008., diplomski rad, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

23.

Bojović, Viktor

Prilagodba PDB datoteka relacijskom modelu radi lakše vizualizacije membranskih proteina, 2007., diplomski rad, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

24.

Stipanović, Goran

TERMOELEKTRIČKI EFEKT I ONSAGEROVE RELACIJE RECIPROČNOSTI, 2007., diplomski rad, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

Pregled po projektu: Razvoj i primjene principa maksimalne proizvodnje entropije (MB: MZOS-177-1770495-0476)

Knjige i poglavlja u knjigama

Poglavlja u knjigama

Radovi u časopisima

Znanstveni i pregledni radovi

Stručni radovi

Sažeci sa skupova

Sažeci u zbornicima i časopisima

Druga sudjelovanja na skupovima

Ocjenski radovi

Doktorske disertacije

Magistarski radovi

Diplomski radovi (uključujući i diplomske radove starog programa)