Pregled po projektu: Razvoj i primjene principa maksimalne proizvodnje entropije (MB: MZOS-177-1770495-0476)

1.

Županović, Paško; Juretić, Davor

THE RELEVANCE OF MAXIMUM ENTROPY PRODUCTION PRINCIPLE AND MAXIMUM INFORMATION ENTROPY PRINCIPLE IN BIOLOGY // From Basic to Life Sciences 7 / Pavuna, Davor (ur.).
Cavtat, Hrvatska, 2014. (predavanje, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

2.

Raguž, Marija; Ilić, Nada; Kumar, Suresh; Zareba, Mariusz; Mainali, Laxman; Subczynski, Karol

Colesterol Bilayer Domain in Phospholipid Bilayer Membranes Can be Detected by Confocal Microscope // Proceedings of the First Adriatic Symposium on Biophysical Approaches in Biomedical Studies / Raguž, Marija ; Kalyanaraman, Balaraman ; Sarna, Tadeusz ; Ilić, Nada ; Nejašmić, Danijel ; Thelaner, Jane (ur.).
Split: Mediterranean Institute for Life Sciences (MedILS), 2014. str. 69-69 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

3.

Juretić, Davor

Host defense peptides as natural product scaffolds for a design of next generation antibiotic classes // Proceedings of the First Adriatic Symposium on Biophysical Approaches in Biomedical Studies / Raguž, Marija ; Kalyanaraman, Balaraman ; Sarna, Tadeusz ; Ilić, Nada ; Nejašmić, Danijel ; Thelaner, Jane (ur.).
Split: Mediterranean Institute for Life Sciences (MedILS), 2014. str. 53-53 (pozvano predavanje, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

4.

Simunić, Juraj; Petrov, Dražen; Bouceba, Tahar; Kamech, Nédia; Benincasa, Monica; Juretić, Davor

Trichoplaxin — A new membrane-active antimicrobial peptide from placozoan cDNA // Biochimica et biophysica acta. Biomembranes, 1838 (2014), 5; 1430-1438 doi:10.1016/j.bbamem.2014.02.003 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi www.sciencedirect.com

5.

Juretić, Davor

Personal Impressions about Ante During almost 50 Years of Contacts with Him // Ante Graovac - Life and Works / Gutman, Ivan ; Pokrić, Biserka ; Vukičević, Damir (ur.).
Kragujevac: Univerzitet u Kragujevcu ; Prirodno-matematički fakultet Univerziteta u Kragujevcu, 2014. str. 139-140

6.

Dobovišek, Andrej; Županović, Paško; Brumen, Milan; Juretić, Davor

Maximum Entropy Production and Maximum Shannon Entropy as Germane Principles for the Evolution of Enzyme Kinetics // Beyond the Second Law: Entropy Production and Non- equilibrium Systems / Dewar, Roderick C ; Charles ; Lineweaver, Charles H ; Niven, Robert K ; Regenauer-Lieb, Klaus (ur.).
Berlin: Springer, 2014. str. 361-382

7.

Kuić, Domagoj

Entropy production based on MaxEnt principle // Nonabelian Gauge Theories and Quark Matter, 6th AUSTRIAN-CROATIAN-HUNGARIAN MEETING, Summer Workshop for Theoretical Physics
Rab, Hrvatska, 2013. (predavanje, međunarodna recenzija, pp prezentacija, znanstveni)

Pristup cjelovitom tekstu rada umbriel.phy.hr umbriel.phy.hr

8.

Juretić, Davor; Tossi, Alessandro; Kamech, Nédia; Ilić, Nada; Bojović, Viktor; Novković, Mario; Simunić, Juraj; Petrov, Dražen; Lučić, Bono; Miljak, Marija et al.

From Data Collecting to Web servers for Automatic Design of Peptide Antibiotics // Bioinformatics and biological physics : proceedings of the scientific meeting / Paar, Vladimir (ur.).
Zagreb: Hrvatska akademija znanosti i umjetnosti (HAZU), 2013. str. 63-78

Pristup cjelovitom tekstu rada

9.

Čakarić, Tonći

Sila podizanja na aerodinamičke profile, 2013., diplomski rad, preddiplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

10.

Vučemilović-Alagić, Nataša

Antimicrobial activity of modified cell penetrating peptide and modified natural antimicrobial peptide against opportunistic (multiresistant) pathogens in hospital environment, 2013., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

11.

Miljak, Marija

Dimeric Analogue of a Natural Antimicrobial Peptide with Improved Activity and Selectivity: A Study Connecting Bioinformatics, Biophysics and Biochemistry, 2013., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

12.

Ivica, Josip

Algorithmic and knowledge-based modifications of cell-penetrating peptide leading to its improved physicochemical properties and antimicrobial activity, 2013., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

13.

Kuić, Domagoj

Temeljna načela prediktivne statističke mehanike kao osnova za teoriju ireverzibilnosti, 2013., doktorska disertacija, Prirodoslovno-matematički fakultet u Zagrebu, Zagreb

www.knjiznica.phy.pmf.unizg.hr www.knjiznica.phy.pmf.unizg.hr

14.

Ilić, Nada

Design and testing of Adepantins – functional artificial antibiotics, 2013., doktorska disertacija, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

15.

Županović, Paško; Sorić, Ivica; Sorić, Tomislav

Stirling engine as simple as possible // Proceedings / Piloteelli, Mariagrazia ; Beretta, Gian Paolo (ur.).
Brescia: Cartolibreria Snoopy, 2013. str. 510-513 (pozvano predavanje, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

16.

Županović, Paško; Juretić, Davor

The relevance of maximum entropy production principle and maximum information entropy principle in biology // Proceedings / Piloteelli, Mariagrazia ; Beretta, Gian Paolo (ur.).
Brescia: Cartolibreria Snoopy, 2013. str. 94-98 (pozvano predavanje, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

17.

Juretić, Davor

Bioinformatics of Antimicrobial Peptides: From Collecting Data to Web Servers for Automatic Design of Peptide Antibiotics // HRVATSKA AKADEMIJA ZNANOSTI I UMJETNOSTI: NOVA DOSTIGNUĆA HRVATSKIH ZNANSTVENIKA IZ BIOINFORMATIKE I BIOLOŠKE FIZIKE / Paar, Vladimir (ur.).
Zagreb, Hrvatska, 2013. (plenarno, sažetak, znanstveni)

18.

Kuić, Domagoj

Quantum Mechanical Virial Theorem in Systems with Translational and Rotational Symmetry // International journal of theoretical physics, 52 (2013), 4; 1221-1239 doi:10.1007/s10773-012-1438-6 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi link.springer.com

19.

Ilić, Nada; Novković, Mario; Guida, Filomena; Xhindoli, Daniela; Benincasa, Monica; Tossi, Alesandro; Juretić, Davor

Selective antimicrobial activity and mode of action of adepantins, glycine-rich peptide antibiotics based on anuran antimicrobial peptide sequences // Biochimica et biophysica acta. Biomembranes, 1828 (2013), 3; 1004-1012 doi:10.1016/j.bbamem.2012.11.017 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi www.sciencedirect.com ac.els-cdn.com dx.doi.org

20.

Žeko, Petra

Klasična teorija aerodinamičnih profila, 2012., diplomski rad, preddiplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

21.

Primorac, Daria

Analiza inicijalnog testa iz termodinamike i kinetičke teorije materije, 2012., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

22.

Pleić, Kristina

Teorija informacije i statistička fizika, 2012., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

23.

Kralj, Tomica

Fizikalna i kemijska svojstva peptida i proteina koji vežu srebro, 2012., diplomski rad, preddiplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

24.

Kozić, Mara

ASIMETRIČNI ANTIMIKROBNI PEPTIDI I NJIHOVA MJERENA SVOJSTVA, 2012., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

25.

Juretić, Davor

Peptide antibiotics: do they have a future or not? // From Solid State to BioPhysics VI / Pavuna, Davor (ur.).
Cavtat, Hrvatska, 2012. (pozvano predavanje, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

26.

Juretić, Davor; Vukičević, Damir; Ilić, Nada; Novković, Mario; Simunić, Juraj; Bojović, Viktor; Kamech, Nédia; Tossi, Alessandro

In silico search strategies for finding new AMPs // New Antimicrobials Workshop in Trieste, 25-26.5.2012 / Tossi, Alessandro (ur.).
Trst: Edizioni Università di Trieste, 2012. str. 23-24 (pozvano predavanje, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

27.

Novković, Mario; Simunić, Juraj; Bojović, Viktor; Tossi, Alessandro; Juretić, Davor

DADP: the Database of Anuran Defense Peptides // New Antimicrobials Workshop in Trieste, 25-26.5.2012 / Tossi, Alessandro (ur.).
Trst: Edizioni Università di Trieste, 2012. str. 39-40 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

28.

Ilić, Nada; Novković, Mario; Guida, Filomena; Xhindoli, Daniela; Benincasa, Monica; Tossi, Alessandro; Juretić, Davor

Adepantins, computationally designed, glycine-rich peptide antibiotics, with low toxicity and very high G- selectivity // New Antimicrobials Workshop in Trieste, 25-26.5.2012 / Tossi, Alessandro (ur.).
Trst: Edizioni Università di Trieste, 2012. str. 37-38 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

29.

Kamech, Nédia; Vukičević, Damir; Ladram, Ali; Piesse, Christophe; Vasseur, Julie; Bojović, Viktor; Simunić, Juraj; Juretić, Davor

Improving the Selectivity of Antimicrobial Peptides from Anuran Skin // Journal of chemical information and modeling, 52 (2012), 12; 3341-3351 doi:10.1021/ci300328y (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi pubs.acs.org

30.

Novković, Mario; Simunić, Juraj; Bojović, Viktor; Tossi, Alessandro; Juretić, Davor

DADP: the database of anuran defense peptides // Bioinformatics, 28 (2012), 10; 1406-1407 doi:10.1093/bioinformatics/bts141 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi bioinformatics.oxfordjournals.org bioinformatics.oxfordjournals.org

31.

Kuić, Domagoj; Županović, Paško; Juretić, Davor

Macroscopic Time Evolution and MaxEnt Inference for Closed Systems with Hamiltonian Dynamics // FOUNDATIONS OF PHYSICS, 42 (2012), 2; 319-339 doi:10.1007/s10701-011-9604-x (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi www.springerlink.com

32.

Čapeta, Elvina

Primjena kinematičke klupe u nastavi fizike, 2011., diplomski rad, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

33.

Janowska, Maria K.; Zubac, Ruben; Žagrović, Bojan

Computational Analysis of Binding of the GBD Domain of WASP to Different Binding Partners // Croatica chemica acta, 84 (2011), 2; 211-220 doi:10.5562/cca1806 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi

34.

Paradžik, Ana

Hodgkin–Huxleyjeve jednadžbe u svjetlu današnjih saznanja o strukturi voltažnih kanala, 2011., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

35.

Vučemilović - Alagić, Nataša

Metastabilna stanja kapljevine, 2011., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

36.

Pavlinović, Damir

Ovisnost tlaka zasićenih para o temperaturi, 2011., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

37.

Dobovišek, Andrej; Županović, Paško; Brumen, Milan; Bonačić-Lošić, Željana; Kuić, Domagoj; Juretić, Davor

Kinetika enzima i načelo najvećeg nastajanja entropije // Knjiga sažetaka, VII Znanstveni sastanak HFD-a Primošten, 13-16 listopada 2011
Zagreb, 2011. str. 136-136 (poster, sažetak, znanstveni)

38.

Kuić, Domagoj; Županović, Paško; Juretić, Davor

Algoritam maksimalne entropije i vremenska evolucija zatvorenih makroskopskih sustava s Hamiltonovom dinamikom // Knjiga sažetaka, VII Znanstveni sastanak HFD-a Primošten, 13-16 listopada 2011
Zagreb, 2011. str. 133-133 (poster, sažetak, znanstveni)

39.

Dobovišek, Andrej; Županović, Paško; Brumen, Milan; Bonačić-Lošić, Željana; Kuić, Domagoj; Juretić, Davor

Enzyme kinetics and the maximum entropy production principle // Biophysical chemistry, 154 (2011), 2/3; 49-55 doi:10.1016/j.bpc.2010.12.009 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi www.sciencedirect.com ac.els-cdn.com dx.doi.org

40.

Petrov, Dražen; Žagrović, Bojan

Microscopic Analysis of Protein Oxidative Damage : Effect of Carbonylation on Structure, Dynamics, and Aggregability of Villin Headpiece // Journal of the American Chemical Society, 133 (2011), 18; 7016-7024 doi:10.1021/ja110577e (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi pubs.acs.org pubs.acs.org

41.

Kuzmanić, Antonija; Kruschel, Daniela; van Gunsteren, Wilfred; Pannu, Navraj; Žagrović, Bojan

Dynamics may significantly influence the estimation of interatomic distances in biomolecular X-ray structures. // Journal of molecular biology, 411 (2011), 1; 286-297 doi:10.1016/j.jmb.2011.05.033 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi www.sciencedirect.com dx.doi.org www.ncbi.nlm.nih.gov

42.

Šimunović, Mijo; Žagrović, Bojan; Tomić, Sanja

Mechanism and thermodynamics of ligand binding to auxin amidohydrolase // Journal of molecular recognition, 24 (2011), 5; 854-861 doi:10.1002/jmr.1128 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi onlinelibrary.wiley.com

43.

Juretić, Davor; Vukičević, Damir; Petrov, Dražen; Novković, Mario; Bojović, Viktor; Lučić, Bono; Ilić, Nada; Tossi, Alessandro

Knowledge-based computational methods for identifying or designing novel, non-homologous antimicrobial peptides // European biophysics journal, 40 (2011), 4; 371-385 doi:10.1007/s00249-011-0674-7 (međunarodna recenzija, pregledni rad, znanstveni)

doi www.springerlink.com

44.

Borozan, Marija

Usporedba fizikalnih svojstava signalnih peptida iz vodozemaca i sisavaca, 2010., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

45.

Novković, Mario

Adepantins, a new class of designed antimicrobial peptides, 2010., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

46.

Lovrić, Josip

Stirlingov motor, 2010., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

47.

Žic, Mario

Osmoza, 2010., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

48.

Juretić, Davor

Structural asymmetries and biological activity of membrane-transforming-peptides // Book of Abstracts: Visualization and modeling in Chemistry
Split, 2010. (pozvano predavanje, sažetak, znanstveni)

49.

Hlevnjak, Mario; Wlodarski, Tomasz; Zitkovic Gordan, Zagrovic, Bojan

Computational biophysics of macromolecules: protein-protein interactions in a crowded cell // Book of Abstracts AMP2012
Zagreb, 2010. str. 27-27 (pozvano predavanje, sažetak, znanstveni)

50.

Dobovišek, Andrej; Županović, Paško; Kuić, Domagoj; Bonačić-Lošić, Željana; Brumen, Milan; Juretić, Davor

Evolutionary optimization of enzymatic reactions by Maximum Entropy Production Principle // Book of Abstracts, Regional Biophysics Conference , Primošten , 15-18 September 2010
Zagreb, 2010. str. 31-31 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

51.

Županović, Paško; Brumen, Milan; Fajmut, Aleš; Juretić, Davor

Negative pressure in osmosis at constant volume and water uptake in tall tree // Book of Abstracts
Zagreb, 2010. str. 49-49 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

52.

Kuić, Domagoj; Županović, Paško

Introduction of MaxEnt algorithm to Hamiltonian dynamics of classical macroscopic closed systems // Workshop programme and abstracts
Jena, 2010. str. 19-19 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

53.

Županović, Paško; Brumen, Milan; Kuić, Domagoj; Fajmut, Aleš; Juretić, Davor

The effect of the elasticity of membrane on the stability of the solvent in osmotic process at constant volume // Workshop programme and abstracts
Jena, 2010. str. 18-18 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

54.

Petrov, Dražen; Juretić, Davor

Conserved signal sequences specific for processing of innate immunity antimicrobial peptides // Book of Abstracts AMP2010 / Juretić, Davor ; Separovic, Frances (ur.).
Split: Sveučilište u Splitu ; Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Splitu, 2010. str. 47-47 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)

55.

Lučić, Bono; Bojović, Viktor; Vukičević, Damir; Juretić, Davor

Positional specific amino acid attributes improve the computational design of antimicrobial peptides // Australia-Croatia Workshop on Antimicrobial Peptides and Summer School in Biophysics in Biophysics (AMP2010) : Book of Abstracts / Juretić, Davor ; Šeparović, Frances (ur.).
Split: Faculty of Sciences, 2010. str. 43-43 (poster, sažetak, znanstveni)

56.

Ilić, Nada; Novković, Mario; Guida, Filomena; Antcheva, Nikolinka; Tossi, Alessandro; Copić, Tea; Puizina, Jasna; Juretić, Davor

Adepantins, a new class of ab-initio designed antimicrobial peptides // Book of Abstracts AMP2010 / Juretić, Davor ; Separovic, Frances (ur.).
Split: Sveučilište u Splitu ; Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Splitu, 2010. str. 41-41 (poster, sažetak, znanstveni)

57.

Juretić, Davor; Vukičević, Damir; Petrov, Dražen; Novković, Mario; Ilić, Nada; Antcheva, Nikolinka; Tossi, Alessandro

Computational methods for using known antimicrobial peptide sequences to identify or design novel non-homologous peptides // Book of Abstracts AMP2010 / Juretić, Davor ; Separovic, Frances (ur.).
Split: Sveučilište u Splitu ; Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Splitu, 2010. str. 20-20 (pozvano predavanje, sažetak, znanstveni)

58.

Hlevnjak, Mario; Žitković, Gordan; Žagrović, Bojan

Hydrophilicity Matching – A Potential Prerequisite for the Formation of Protein-Protein Complexes in the Cell // PLoS ONE, 5 (2010), 6; 1-8 doi:10.1371/journal.pone.0011169 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi www.plosone.org www.plosone.org

59.

Awile, Omar; Kriško, Anita; Sbalzarini, Ivo; Žagrović, Bojan

Intrinsically Disordered Regions May Lower the Hydration Free Energy in Proteins: A Case Study of Nudix Hydrolase in the Bacterium Deinococcus radiodurans // Plos computational biology, 6 (2010), 7; 1-10 doi:10.1371/journal.pcbi.1000854 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi www.ploscompbiol.org

60.

Marčelja, Stjepan

The timescale and extent of thermal expansion of the global ocean due to climate change // Ocean science, 6 (2010), 1; 179-184 doi:10.5194/os-6-179-2010 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi www.ocean-sci.net

61.

Županović, Paško; Botrić, Srećko; Juretić, Davor; Kuić, Domagoj

Relaxation processes and the maximum entropy production principle // Entropy (Basel. Online), 12 (2010), 3; 473-479 doi:10.3390/e12030473 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi www.mdpi.com

62.

Županović, Paško; Kuić, Domagoj; Bonačić Lošić, Željana; Petrov, Dražen; Juretić, Davor; Brumen, Milan

The maximum entropy production principle and linear irreversible processes // Entropy (Basel. Online), 12 (2010), 5; 996-1005 doi:10.3390/e12050996 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi www.mdpi.com mdpi.com www.mdpi.com

63.

Županović, Paško; Kuić, Domagoj; Juretić, Davor; Dobovišek, Andrej

On the problem of formulating principles in nonequilibrium thermodynamics // Entropy (Basel. Online), 12 (2010), 4; 926-931 doi:10.3390/e12040926 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi www.mdpi.com www.mdpi.com

64.

Kuzmanić, Antonija; Žagrović, Bojan

Determination of ensemble-average pairwise root-mean square deviation from experimental B-factors // Biophysical journal, 98 (2010), 5; 861-871 doi:10.1016/j.bpj.2009.11.011 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi www.sciencedirect.com

65.

Županović, Paško; Brumen, Milan; Jagodič, Marko; Juretić, Davor

Bacterial chemotaxis and entropy production // Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 365 (2010), 1397-1403 doi::10.1098/rstb.2009.0307 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi

66.

Perišin, Antonija

ANALIZA USPJEHA STUDENTA IZ PREDMETA OPĆA FIZIKA IV U ŠK. GOD. 2007/08, 2009., diplomski rad, preddiplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

67.

Sanader, Željka

Fizikalna svojstva koja razlikuju peptide antibiotike od peptida toksina, 2009., diplomski rad, preddiplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

68.

Šeputić, Petar

PRIJENOS VODE I MINERALA U BILJKAMA, 2009., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

69.

Petrov, Dražen

STUDIJA PONAŠANJA NESAVIJENOG POLIPEPTIDNOG LANCA U MEMBRANI UZ POMOĆ RAČUNALSKIH METODA MOLEKULARNE MEHANIKE, 2009., diplomski rad, Prirodoslovno matematički fakultet, Split

70.

Hlevnjak, Mario; Zagrovic, Bojan

Non-specific component of protein-protein interactions // 3rd Adriatic Meeting on Computational Solutions in the Life Sciences / Tomić, Sanja: Smith, David (ur.).
Zagreb: Centre for Computational Solutions in the Life Sciences, Ruđer Bošković Institute, 2009. str. 57-57 (poster, sažetak, znanstveni)

71.

Plavčić, Miro

Wilberforceov oscilator, 2009., magistarski rad, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

72.

Plavčić, Miro; Županović, Paško

Wilberforceov oscilator // Knjiga sažetaka 6. znanstvenog sastanka Hrvatskog fizikalnog društva, Zagreb, 2009
Zagreb, 2009. str. 142-142 (poster, sažetak, znanstveni)

73.

Dobovišek, Andrej; Brumen, Milan; Županović, Paško; Juretić, Davor

Maximum entropy production principle (MEPP) in generalized Michaelis-Menten kinetics // Abstracts of the 7th EBSA European Biophysics Congress ; u: European biophysics journal 38 (2009) (S1) ; S35–S212 ; Statistical, soft matter and biological physics ; P-330
Heidelberg: Springer, 2009. str. S121-S121 (poster, sažetak, znanstveni)

www.springerlink.com

74.

Dobovišek, Andrej; Kuić, Domagoj; Bonačić Lošić, Željana; Brumen, Milan; Županović, Paško; Juretić, Davor

Entropy production and Shannon's entropy in enzymatic reactions // Maximum Entropy Production in the Earth Systems, Jena, Germany, 2009
Jena, 2009. str. 18-18 (poster, sažetak, znanstveni)

75.

Paško Županović; Domagoj Kuić; Milan Brumen; Aleš Fajmut; Davor Juretić

Osmoza pri stalnom obujmu, negativan tlak. Podizanje vode u visokim stablima // Knjiga sažetaka 6. znanstvenog sastanka Hrvatskog fizikalnog društva
Zagreb, 2009. str. 141-141 (poster, sažetak, znanstveni)

76.

Petrov, Dražen; Hlevnjak, Mario; Zagrovic, Bojan

Effects of carbonylation on the stability of proteins // The 3rd Adriatic Meeting on Computational Solutions in the Life Sciences / Tomić, Sanja: Smith, David (ur.).
Zagreb: Centre for Computational Solutions in the Life Sciences, Ruđer Bošković Institute, 2009. str. 72-72 (poster, sažetak, znanstveni)

77.

Juretić, Davor; Vukičević, Damir; Ilić, Nada; Bojović, Viktor; Tossi, Alessandro

Design optimisation of novel peptide antibiotics predicted to have high selectivity against G-negative bacteria // The 3rd Adriatic Meeting on Computational Solutions in the Life Sciences / Tomić, Sanja ; Smith, David (ur.).
Zagreb: Centre for Computational Solutions in the Life Sciences, Ruđer Bošković Institute, 2009. str. 59-59 (poster, sažetak, znanstveni)

78.

Juretić, Davor

Selectivity prediction for frog-type peptide antibiotics against Gram-negative bacteria // The 3rd Adriatic Meeting on Computational Solutions in the Life Sciences / Tomić, Sanja ; Smith, David (ur.).
Zagreb: Centre for Computational Solutions in the Life Sciences, Ruđer Bošković Institute, 2009. str. 40-40 (pozvano predavanje, sažetak, znanstveni)

79.

Wlodarski, Tomasz; Hlevnjak, Mario; Awile, Omar; Krisko, Anita; Sbalzarini, Ivo; Zagrovic, Bojan

Studying protein‐protein interactions using computer simulations: from specific effects to protein ecology // The 3rd Adriatic Meeting on Computational Solutions in the Life Sciences / Tomić, Sanja: Smith, David (ur.).
Zagreb: Centre for Computational Solutions in the Life Sciences, Ruđer Bošković Institute, 2009. str. 23-23 (pozvano predavanje, sažetak, znanstveni)

80.

Žagrović, Bojan

Glimpses of biomolecular structure and dynamics through worldwide distributed computing: from protein folding to structure determination // MFPL Institute seminar
Beč, Austrija, 2009. (pozvano predavanje, sažetak, znanstveni)

81.

Zagrovic, Bojan

Conformational selection and induced fit mechanism underlie specificity in noncovalent interactions with ubiquitin // EMBO YIP meeting
Istanbul, Turska, 2009. (pozvano predavanje, sažetak, znanstveni)

82.

Zagrovic, Bojan

Studying protein‐protein interactions using computer simulations: from specific effects to protein ecology // EMBO meeting on physics of cells
Primošten, Hrvatska, 2009. (pozvano predavanje, sažetak, znanstveni)

83.

Paško Županović; Domagoj Kuić , Milan Brumen; Aleš Fajmut; Davor Juretić

Osmotic process at constant volume and ascent of sap in xylem // Maximum Entropy Production in the Earth Systems, Jena, Germany, 2009.
Jena, Njemačka, 2009. (predavanje, sažetak, znanstveni)

84.

Kruschel, Daniela; Žagrović, Bojan

Conformational averaging in structural biology : issues, challenges and computational solutions // Molecular biosystems, 5 (2009), 12; 1606-1616 doi:10.1039/b917186j (međunarodna recenzija, pregledni rad, znanstveni)

doi

85.

Juretić, Davor; Vukičević, Damir; Ilić, Nada; Antcheva, Nikolinka; Tossi, Alessandro

Computational Design of Highly Selective Antimicrobial Peptides // Journal of chemical information and modeling, 49 (2009), 12; 2873-2882 doi:10.1021/ci900308u (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

Pristup cjelovitom tekstu rada doi pubs.acs.org pubs.acs.org

86.

Wlodarski, Tomasz; Žagrović, Bojan

Conformational selection and induced fit mechanism underlie specificity in noncovalent interactions with ubiquitin // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 106 (2009), 46; 19346-19351 doi:10.1073/pnas.0906966106 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

Pristup cjelovitom tekstu rada doi www.pnas.org

87.

Plavčić, Miro; Županović, Paško; Bonačić Lošić, Željana

The resonance of the Wilberforce pendulum and the period of beats // Latin American journal of physics education, 3 (2009), 3; 547-549 (podatak o recenziji nije dostupan, članak, znanstveni)

www.journal.lapen.org.mx

88.

Zagrović, Bojan

More dynamic than we think? Conformational averaging in structural biology // CCPB Biomolecular Simulation conference, York, UK, January 2009
York, Ujedinjeno Kraljevstvo, 2009. (pozvano predavanje, sažetak, znanstveni)

www.ccpb.ac.uk

89.

Žagrović, Bojan

Natively unfolded regions lower the solvation free energy in proteins: a putative role in the desiccation-resistant bacterium Deinococcus radiodurans // Regional Biophysics Conference, Linz, Austria, February 2009
Linz, Austrija, 2009. (pozvano predavanje, sažetak, znanstveni)

www.conferences.jku.at

90.

Brumen, Milan; Fajmut, Aleš; Juretić, Davor; Kuić, Domagoj; Županović, Paško

The significance of the xylem-phloem coupling in the upward water transport in plants // Regional Biophysics Conference 2009, Linz, Austria, February 2009
Linz, Austrija, 2009. (poster, sažetak, znanstveni)

www.conferences.jku.at

91.

Dobovišek, Andrej; Kuić, Domagoj; Bonačić Lošić, Željana; Brumen, Milan; Županović, Paško; Juretić, Davor

Entropy production in enzymatic reactions // Regional Biophysics Conference 2009, Linz, Austria, February 2009
Linz, Austrija, 2009. (poster, sažetak, znanstveni)

www.conferences.jku.at

92.

Muller, Christian L.; Sbalzarini, Ivo F.; van Gusteren, Wilfred F.; Žagrovic, Bojan; Hunenberger, Philippe H.

In the eye of the beholder : inhomogeneous distribution of high-resolution shapes within the random-walk ensemble // The Journal of chemical physics, 130 (2009), 21; 214904, 25 doi:10.1063/1.3140090 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)

doi aip.scitation.org

93.

Kodić, Ljiljana

PRIMJENA LAGRANGEOVOG FORMALIZMA NA TITRANJA TIJELAA, 2008., diplomski rad, Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split

94.

Juretić, Davor; Vukičević, Damir; Bojović, Viktor; Lučić, Bono; Ilić, Nada

Design principles for peptide antibiotics // From Solid State to Biophysics, 4th conference, Cavtat, Croatia, 2008
Cavtat, Hrvatska, 2008. str. x-x (poster, sažetak, znanstveni)

95.

Žagrović, Bojan

Computer simulations in the modern molecular biology research // EMBO meeting on cellular signaling and molecular medicine, Cavtat, Croatia, June 2008
Cavtat, Hrvatska, 2008. (pozvano predavanje, sažetak, znanstveni)

www.dubrovnik-conference.org

96.

Žagrović, Bojan

Helical signature in the diffraction patterns of random walk chains // EMBO YIP meeting, EMBL, Heidelberg, Germany, June 2008
Heidelberg, Njemačka, 2008. (pozvano predavanje, sažetak, znanstveni)

www.embo.org

97.

Brumen, Milan; Županović, Paško; Jagodič, Marko: Juretić, Davor

Bacterial chemotaxis and entropy production // Maximum Entropy Production in the Earth system, Jena, Germany, May 2008
Jena, Njemačka, 2008. (predavanje, sažetak, znanstveni)

www.bgc-jena.mpg.de

98.

Kuić, Domagoj; Županović, Paško

Relaxation of lineary coupled oscillators // Maximum Entropy Production in the Earth system, Jena, Germany, 2008
Jena, Njemačka, 2008. (poster, sažetak, znanstveni)

99.

Županović, Paško

Bacterial chemotaxis and entropy production // From solid state to biophysics IV : Book of abstracts
Cavtat, Hrvatska, 2008. (predavanje, sažetak, znanstveni)

100.

Juretić, Davor

Enzymes and living cells as functionally optimized systems for coupling thermodynamic to biological evolution // Entropy in Biomolecular Systems - MedILS Workshop, Split, Croatia, August 2008
Split, Hrvatska, 2008. (pozvano predavanje, sažetak, znanstveni)

www.medils.org www.medils.hr