Pregled po projektu: Proučavanje biomakromolekula računalnim metodama i razvoj novih algoritama (MB: MZOS-098-1191344-2860)
Pronađeno 140 radova
-
1.Rastija, Vesna; Agić, Dejan; Tomić, Sanja; Nikolić, Sonja; Hranjec, Marijana; Karminski-Zamola, Grace; Abramić, MarijaSynthesis, QSAR, and molecular dynamics simulation of amidino-substituted benzimidazoles as dipeptidyl peptidase III inhibitors // Acta chimica Slovenica, 62 (2015), 4; 867-878 doi:10.17344/acsi.2015.1605 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
2.Gershberg, Jana; Radić Stojković, Marijana; Škugor, Marko; Tomić, Sanja; Rehm, Thomas H.; Rehm, Stephanie; Saha-Möller, Chantu R.; Piantanida, Ivo; Würthner, FrankSensing of Double-Stranded DNA/RNA Secondary Structures by Water Soluble Homochiral Perylene Bisimide Dyes // Chemistry - A European Journal, 21 (2015), 21; 7886-7895 doi:10.1002/chem.201500184 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
3.González-García, Jorge; Tomić, Sanja; Lopera, Alberto; Guijarro, Lluís; Piantanida, Ivo; García-España, EnriqueAryl-bis-(scorpiand)-aza receptors differentiate between nucleotide monophosphates by combination of aromatic, hydrogen bond and electrostatic interactions // Organic & biomolecular chemistry, 13 (2015), 1732-1740 doi:10.1039/c4ob02084g (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
4.Brkić, Hrvoje; Kovačević, Borislav; Tomić, SanjaHuman 3-hydroxyanthranilate 3, 4-dioxygenase (3HAO) dynamics and reaction, a multilevel computational study // Molecular biosystems, 11 (2015), 3; 898-907 doi:10.1039/C4MB00668B (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
5.Grabar Branilović, Marina; Tomić, SanjaComputational study of the IRES subdomain IIa structural plasticity and the ligand binding affinity // Chemistry towards Biology 7th Central European Conference - Book of Abstracts / Jarzembek, Krystyna (ur.) (ur.).
Katovice, 2014. str. P10-P10 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
6.Grabar Branilović, MarinaEksperimentalno utemeljeno modeliranje interakcija nukleinskih kiselina i malih molekula, 2014., doktorska disertacija, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb
-
7.Grabar Branilović, Marina; Tomić, SanjaComputational study of the structural plasticity and the ligand binding affinity of the IRES subdomain IIa // Molecular biosystems, 10 (2014), 12; 3272-3279 doi:10.1039/c4mb00469h (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
8.Maršavelski, Aleksandra; Lesjak, Sonja; Močibob, Marko; Weygand-Đurašević, Ivana; Tomić, SanjaA single amino acid substitution affects the substrate specificity of the seryl-tRNA synthetase homologue // Molecular biosystems, 10 (2014), 12; 3207-3216 doi:10.1039/C4MB00416G (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
9.Tomić, Antonija; Tomić, SanjaHunting the human DPP III active conformation : combined thermodynamic and QM/MM calculations // Dalton transactions, 43 (2014), 15503-15514 doi:10.1039/C4DT02003K (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
10.Brkić, HrvojeProučavanje o željezu ovisnih dioksigenaza računalnim metodama, 2014., doktorska disertacija, Prirodoslovno matematički Fakultet, Fizički odsjek, Zagreb
-
11.Bertoša, Branimir; Mikleušević, Goran; Wielgus-Kutrowska, Beata; Narczyk, Marta; Hajnić, Matea; Leščić Ašler, Ivana; Tomić, Sanja; Luić, Marija; Bzowska, AgnieszkaHomooligomerization is needed for stability: a molecular modelling and solution study of E. coli purine nucleoside phosphorylase // The FEBS journal, 281 (2014), 7; 1860-1871 doi:10.1111/febs.12746 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
12.Jajčanin Jozić, Nina; Tomić, Sanja; Abramić, MarijaImportance of the three basic residues in the vicinity of the zinc-binding motives for the activity of the yeast dipeptidyl peptidase III // Journal of biochemistry, 155 (2014), 1; 43-50 doi:10.1093/jb/mvt093 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
13.Marković, Marijana; Ramek, Michael; Sabolović, JasminaWhy does the coordination mode of physiological bis(L-histidinato)copper(II) differ in the gas phase, crystal lattice and aqueous solutions? A quantum chemical study // European journal of inorganic chemistry, 17 (2014), 1; 198-212 doi:10.1002/ejic.201300746 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
14.Aleksić, Maja; Bertoša, Branimir; Nhili, Raja; Depauw, Sabine; Martin-Kleiner, Irena; David-Cordonnier, Marie-Helene; Tomić, Sanja; Kralj, Marijeta; Karminski-Zamola, GraceAnilides and quinolones with nitrogen-bearing substituents from benzothiophene- and thienothiophene- series: synthesis, photochemical synthesis, cytostatic evaluation, 3D-derived QSAR analysis and DNA-binding properties // European journal of medicinal chemistry, 71 (2014), 267-281 doi:10.1016/j.ejmech.2013.11.010 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
15.Tomić, Sanja; Brkić, Hrvoje; Grabar Branilović, Marina; Tomić, Antonija; Branimir, Bertoša; Mile, ŠikićProteini i nukleinske kiseline u vremenu i prostoru // Bioinformatics and biological physics: proceedings of the scientific meeting / Paar, Vladimir (ur.).
Zagreb: Hrvatska akademija znanosti i umjetnosti (HAZU), 2013. str. 149-157 (pozvano predavanje, domaća recenzija, cjeloviti rad (in extenso), znanstveni) -
16.Grabar Branilović, Marina; Maršavelski, Aleksandra; Tomić, Antonija; Tomić, SanjaNobelova nagrada za kemiju za 2013. godinu // Kemija u industriji : časopis kemičara i tehnologa Hrvatske, 62 (2013), 11-12; 468-471 (podatak o recenziji nije dostupan, osvrt, stručni)
-
17.Šumanovac Ramljak, Tatjana; Despotović, Ines; Bertoša, Branimir; Mlinarić-Majerski, KataSynthesis and alkali metal complexation studies of novel cage-functionalized cryptands // Tetrahedron, 69 (2013), 49; 10610-10620 doi:10.1016/j.tet.2013.10.039 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
18.Tomić, Antonija; Tomić, SanjaNajnovija saznanja o koordinaciji cinka i o vezanju liganda u aktivno mjesto humane DPP III – implikacije na mehanizam kemijske reakcije // XXIII. hrvatski skup kemičara i kemijskih inženjera, knjiga sažetaka / Hadžiev, Andrea ; Blažeković, Zdenko (ur.).
Zagreb: Hrvatsko društvo kemijskih inženjera i tehnologa (HDKI), 2013. str. 177-177 (poster, domaća recenzija, sažetak, znanstveni) -
19.Sabolović, JasminaModeling of noncovalent interactions and self-assembly of cis- and trans-bis(L-alaninato)copper(II) in aqueous solution // ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY VOLUME 245 / AMER. CHEMICAL SOC. (ur.).
New Orleans (LA): AMER CHEMICAL SOC, 1155 16TH ST, NW, WASHINGTON, DC 20036 USA, 2013. str. PHYS-396 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
20.Tomić, Sanja; Brkić, Hrvoje; Straganz, Grit; Buongiorno, danielaNon-heme iron dependent enzymes – understanding transport of iron cation in acetylacetone dioxygenase from Acinetobacter johnsoii // European Biophys. J. Volume 42 Supplement 1, '9th European Biophysics Congress Abstracts' / Watts, A. (ur.).
Heidelberg: Springer, 2013. str. S184-S184 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
21.Tomić, Sanja; Tomić, Antonija; Brkić, HrvojeElucidation of metal ion-binding sites in proteins // 6th Central Europe Conference - Abstracts of scientific contributions / Roberto Rizzo (ur.).
Trst: Universita degli studi di Trieste, 2013. str. oc15-oc15 (predavanje, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
22.Tomić, Antonija; Tomić, SanjaMolecular Mechanics - Poisson Boltzmann Surface Area calculations using AMBER program package - application to the human dipeptidyl petidase III // Computational Electrostatics for Biological Applications - Book of Abstract
Genova, Italija, 2013. str. 39-39 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
23.Kušević, KatarinaRačunalna metoda za računanje proteinskih interakcija, 2013., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
24.Grabar Branilović, Marina; Tomić, Sanja; Tumir, Lidija-Marija; Piantanida, IvoThe bis-phenanthridinium system flexibility and position of covalently bound uracil finely tunes the interaction with polynucleotides // Molecular biosystems, 9 (2013), 8; 2051-2062 doi:10.1039/C3MB25578F (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
25.Radić Stojković, Marijana; Škugor, Marko; Tomić, Sanja; Grabar, Marina; Smrečki, Vilko; Dudek, Łukasz; Grolik, Jarosław; Eilmes, Julita; Piantanida, IvoDibenzotetraaza[14]annulene – adenine conjugate recognizes complementary poly dT among ss-DNA / ss-RNA sequences // Organic & biomolecular chemistry, 11 (2013), 24; 4077-4085 doi:10.1039/c3ob40519b (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
26.Tomić, Sanja; Abramić, Marija; Brkić, Hrvoje; Tomić, AntonijaSprega kristalografije i modeliranja u proučavanju bioloških makromolekula // Kristalografija u Hrvatskoj / Popović Stanko (ur.).
Zagreb: Hrvatska akademija znanosti i umjetnosti (HAZU), 2013. str. 129-137 (predavanje, domaća recenzija, cjeloviti rad (in extenso), ostalo) -
27.Schmidt, Daniel; Bihr, Timo; Seifert, Udo; Smith, Ana-SunčanaCoexistence of dilute and densely packed domains of ligand-receptor bonds in membrane adhesion // Europhysics Letters, 99 (2012), 3; 38003-1 doi:10.1209/0295-5075/99/38003 (međunarodna recenzija, pismo, znanstveni)
-
28.Bihr, T.; Seifert, Davor; Smith, Ana-SunčanaNucleation of Ligand-Receptor Domains in Membrane Adhesion // Physical review letters, 109 (2012), 25; 258101, 5 doi:10.1103/PhysRevLett.109.258101 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
29.Tomić, Sanja; Tomić, Antonija; Gonzalez, MiguelMolecular dynamics based studies on human DPP III revealed determinants for its broad substrate selectivity // IRENE – 'In Silico Enzyme Sesign and Screening'
Trst, Italija, 2012. (predavanje, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
30.Šumanovac Ramljak, Tatjana; Mlinarić-Majerski, Kata; Bertoša, BranimirAlkali metal ion complexation of adamantane functionalized diaza-bibracchial lariat ethers // Croatica chemica acta, 85 (2012), 4; 559-568 doi:10.5562/cca2100 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
31.Tomić, Sanja; Grabar, Marina; Piantanida, IvoMolecular modeling of nucleic acid - small molecule interactions // Book of Abstracts Regional Biophysical Conference 2012 / Zakrzewska, Joanna, Živić, Miroslav, Andjus, Pavle (ur.).
Beograd: Društvo biofizičara Srbije, 2012. str. 13-13 (pozvano predavanje, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
32.Tomić, Antonija; Tomić, SanjaFurther study of the zinc coordination in the active site of the human DPP III - ONIOM calculations // Book of abstracts, 11th Greta Pifat-Mrzljak International School of Biophysics, Biomolecular complexes and assemblies / Hozić A., Vuletić T. (ur.).
Zagreb: Institut Ruđer Bošković i Hrvatsko biofizičko društvo, 2012. str. 104-104 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
33.Aleksić, Maja; Sović, Irena; Viskić, Marko; Bertoša, Branimir; Ester, Katja; Kralj, Marijeta; Karminski-Zamola, GraceSynthesis, Antitumor Activity and QSAR Analysis of Heterocyclic Amides and Quinolones // ISMC 2012 XXIInd International Symposium on Medicinal Chemistry, Book of Abstracts / Ortuzar, Natalia (ur.).
Weinheim, 2012. str. 250-251 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
34.Tus, Alan; Rakipović, Alen; Peretin, Goran; Tomić, Sanja; Šikić, MileBioMe : biologically relevant metals // Nucleic acids research, 40 (2012), W352-W357 doi:10.1093/nar/gks514 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
35.Rakipović, AlenBioMe - web sučelje baze biološki važnih metala, 2012., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
36.Hrvoje, Brkić; Daniela, Buongiorno; Michael, Ramek; Grit, Straganz; Sanja, TomićDke1 – Structure, Dynamics and Function, A Theoretical and Experimental Study Elucidated the Role of the Binding Site Shape and the H-Bonding Network in Catalysis // Journal of biological inorganic chemistry, 17 (2012), 5; 801-815 doi:10.1007/s00775-012-0898-8 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
37.Marković, Marijana; Milić, Dalibor; Sabolović, JasminaModeling triple conformational disorder in a new crystal polymorph of cis-aquabis(L-isoleucinato)copper(II) // Crystal growth & design, 12 (2012), 8; 4116-4129 doi:10.1021/cg300636w (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
38.Tomić, Antonija; Gonzalez, Miguel; Tomić, SanjaThe large scale conformational change of the human DPP III – substrate prefers the "closed" form // Journal of chemical information and modeling, 52 (2012), 6; 1583-1594 doi:10.1021/ci300141k (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
39.Aleksić, Maja; Bertoša, Branimir; Nhili, Raja; Uzelac, Lidija; Jarak, Ivana; Depauw, Sabine; David-Cordonnier, Marie-Hélène; Kralj, Marijeta; Tomić, Sanja; Karminski-Zamola, GraceNovel Substituted Benzothiophene- and Thienothiophene-carboxanilides and quinolones : Synthesis, Photochemical Synthesis, DNA–binding Properties, Antitumor evaluation and 3D-derived QSAR analysis // Journal of medicinal chemistry, 55 (2012), 11; 5044-5060 doi:10.1021/jm300505h (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
40.Brgles, Marija; Bertoša, Branimir; Winkler, Wolfgang; Kurtović, Tihana; Allmaier, Günter; Marchetti-Deschmann, Martina; Halassy, BeataChromatography, mass spectrometry, and molecular modeling studies on ammodytoxins // Analytical and bioanalytical chemistry, 402 (2012), 9; 2737-2748 doi:10.1007/s00216-012-5754-8 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
41.Tomić, Antonija; Tomić, SanjaQM/MM račun koordinacije cinka u aktivnom mjestu humane DPP III / QM/MM study of the zinc coordination in the active site of the human DPP III // Knjiga sažetaka - IX. Susret mladih kemijskih inženjera / Martinez, Sanja (ur.).
Zagreb: Hrvatsko društvo kemijskih inženjera i tehnologa (HDKI), 2012. str. 173-173 (poster, domaća recenzija, sažetak, znanstveni) -
42.Vujasinović, Ines; Paravić-Radičević, Andrea; Mlinarić-Majerski, Kata; Brajša, Karmen; Bertoša, BranimirSynthesis and biological validation of novel pyrazole derivatives with anticancer activity guided by 3D-QSAR analysis // Bioorganic & medicinal chemistry, 20 (2012), 6; 2101-2110 doi:10.1016/j.bmc.2012.01.032 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
43.Tumir, Lidija-Marija; Crnolatac, Ivo; Deligeorgiev, Todor; Vasilev, Aleksey; Kaloyanova, Stefka; Grabar Branilović, Marina; Tomić, Sanja; Piantanida, IvoKinetic differentiation between homo- and alternating AT-DNA by sterically restricted phosphonium dyes // Chemistry : a European journal, 18 (2012), 13; 3859-3864 doi:10.1002/chem.201102968 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
44.Popović, IrenaPredviđanje površine dostupne otapalu iz slijeda aminokiselinskih ostataka, 2011., diplomski rad, Fakultet Elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
45.Tomić, Sanja; Brkić, Hrvoje; Ramek, Michael; Buongiorno, Daniele; Straganz, GritInfluence of The Hydrophobic Residues on The Dke1 Activity // Molecular Simulations in Biosystems and Material Science (SimBioMa)
Konstanz, Njemačka, 2011. str. 1-1 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
46.Sanja, Tomić; Hrvoje, Brkić; Michael, Ramek; Grit, StraganzStep Forward in Understanding Mechanism of Non-heme Fe2+ Dependent Dioxyhenase Dke1 Catalysis // Book of Abstract
Santiago de Compostela, Španjolska, 2011. str. 1-1 (predavanje, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
47.Susanne, Fenz; Timo, Bihr; Rudolf, Merkel; Udo, Seifert; Kheya, Sengupta; Ana-Sunčana, SmithSwitching from Ultraweak to Strong Adhesion // Advanced materials, 23 (2011), 2622-2626 doi:10.1002/adma.201004097 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
48.Fenz, Susanne Franziska; Smith, Ana-Sunčana; Merkel, Rudolf; Sengupta, KheyaInter-membrane adhesion mediated by mobile linkers : Effect of receptor shortage // Soft matter, 7 (2011), 3; 952-962 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
49.Reister, Ellen; Bihr, Timo; Smith, Ana-Sunčana;Two intertwined facets of adherent membranes : Membrane roughness and correlations between ligand-receptors bonds // New journal of physics, 13 (2011), 025003-1 doi:10.1088/1367-2630/13/2/025003 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
50.Sović, IvanAlat za prianjanje proteina: modul za vizualizaciju, 2011., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
