Pregled po CROSBI profilu: Mile Šikić (CROSBI Profil: 27663, MBZ: 250972)
Pronađeno 213 radova
-
101.Stablo Bloomovih filtara za spremanje sljedova, 2016., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
102.Poravnanje RNA očitanja na poznate gene, 2016., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
103.Poravnanje dugačkih RNA očitanja, 2016., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
104.Real-Time Analysis of a Metagenomic Sample Obtained by Nanopore Based Sequencing Technology, 2016., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
105.Detectability of Patient Zero Depending on its Position in the Network, 2016., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
106.Evaluation of hybrid and non-hybrid methods for de novo assembly of nanopore reads // Bioinformatics, 32 (2016), 17; 2582-2589 doi:10.1093/bioinformatics/btw237 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
107.Fast and sensitive mapping of nanopore sequencing reads with GraphMap // Nature Communications, 7 (2016), 11307-1 doi:10.1038/ncomms11307 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
108.SIFT missense predictions for genomes // Nature Protocols, 11 (2016), 1-9 doi:10.1038/nprot.2015.123 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
109.Sufiksno stablo, 2015., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
110.REKONSTRUKCIJA FILOGENETSKOG STABLA KORISTEĆI METODU UDRUŽIVANJA SUSJEDA, 2015., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
111.Global sequence alignment tool, 2015., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
112.Alat za poravnanje dugackih očitanja, 2015., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
113.Generiranje konsenzusnog slijeda iz grafova djelomicno uređenih višestrukih poravnanja, 2015., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
114.Rekonstrukcija filogenetskog stabla metodom maksimalne uštede uz razgranaj-ograniči optimizaciju, 2015., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
115.EAGLER - Eliminating Assembly Gaps by Long Extending Reads, 2015., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
116.Poboljšano sufiksno polje, 2015., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
117.SW#db: GPU-Accelerated Exact Sequence Similarity Database Search // PLoS One, 10 (2015), 12. doi:10.1371/journal.pone.0145857 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
118.Continuum model of gene expression // Thirteenth International Seminar: Mathematical Models & Modeling in Laser Plasma Processes & Advanced Science Technologies
Petrovac na Moru, Crna Gora, 2015. str. 75-75 (predavanje, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
119.Some new results on assessment of Q-gram filter efficiency // 9th International Symposium on Image and Signal Processing and Analysis (ISPA) 2015 . proceedings
Zagreb, Hrvatska: Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE), 2015. str. 294-297 (predavanje, međunarodna recenzija, cjeloviti rad (in extenso), znanstveni) -
120.Statistical inference algorithms for epidemic processes on complex networks, 2015., doktorska disertacija, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
121.Splice isoform identification from transcript graphs, 2015., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
122.A reduced gene database for precision species detection, 2015., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
123.Long Read RNA-seq Mapper, 2015., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
124.De novo transcriptome assembly, 2015., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
125.Scaffolding using long error-prone reads, 2015., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
126.Identification of Patient Zero in Static and Temporal Networks : Robustness and Limitations // Physical Review Letters, 114 (2015), 248701-1 doi:10.1103/PhysRevLett.114.248701 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
127.Statistical Inference Framework for Source Detection of Contagion Processes on Arbitrary Network Structures // Proceedings of 2014 IEEE Eighth International Conference on Self-Adaptive and Self-Organizing Systems Workshops
London, Ujedinjeno Kraljevstvo, 2015. str. 78-83 (ostalo, međunarodna recenzija, cjeloviti rad (in extenso), znanstveni) -
128.Alat za poravnanje genoma, 2014., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
129.Alat za brzo pretraživanje baza bioloških sljedova, 2014., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
130.Information propagation in online social networks, 2014., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
131.Otkrivanje preklapajućih DNA očitanja, 2014., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
132.Simplification of the Overlap Graph, 2014., diplomski rad, diplomski, Sveučilište u Zagrebu, Zagreb
-
133.RNA-seq mapper, 2014., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
134.De novo metagenomic assembly using Bayesian model-based clustering, 2014., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
135.Računalne metode za poboljšanje i validaciju sastavljenih genoma, 2014., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrorehnike i računarstva, Zagreb
-
136.Identify pathogen organisms from a stream of RNA sequences, 2014., diplomski rad, diplomski, Fakultet Elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
137.An SIMD dynamic programming C/C++ library, 2014., diplomski rad, diplomski, Fakultet Elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
138.ExoLocator—an online view into genetic makeup of vertebrate proteins // Nucleic acids research, 42 (2014), D1; 879-881 doi:10.1093/nar/gkt1164 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
139.Aspects of DNA Assembly Acceleration on Reconfigurable Platforms // PROCEEDINGS IT SYSTEMS 2013 / Žagar, Martin ; Knezović, Josip ; Mlinarić, Hrvoje ; Hofman Daniel, Kovač Mario (ur.).
Bol: Fakultet elektrotehnike i računarstva Sveučilišta u Zagrebu, 2013. str. 289-292 (predavanje, međunarodna recenzija, cjeloviti rad (in extenso), znanstveni) -
140.Proteini i nukleinske kiseline u vremenu i prostoru // Bioinformatics and biological physics: proceedings of the scientific meeting / Paar, Vladimir (ur.).
Zagreb: Hrvatska akademija znanosti i umjetnosti (HAZU), 2013. str. 149-157 (pozvano predavanje, domaća recenzija, cjeloviti rad (in extenso), znanstveni) -
141.Tool for aligning long DNA reads, 2013., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
142.Epidemic centrality — is there an underestimated epidemic impact of network peripheral nodes? // European physical journal B : condensed matter physics, 86 (2013), 10; 440, 13 doi:10.1140/epjb/e2013-31025-5 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
143.Protein database search optimization based on CUDA and MPI // The 36th international ICT convention MIPRO
Opatija, Hrvatska, 2013. (predavanje, međunarodna recenzija, cjeloviti rad (in extenso), znanstveni) -
144.SW#–GPU-enabled exact alignments on genome scale // Bioinformatics, 29 (2013), 19; 2494-2495 doi:10.1093/bioinformatics/btt410 (međunarodna recenzija, kratko priopcenje, znanstveni)
-
145.Web sučelje za poravnanje sljedova, 2013., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
146.GPU implementacija vremenski i memorijski učinkovitoga paralelnog algoritma za poravnanje slijedova, 2013., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
147.Sastavljanje optičkih mapa: modul za korekciju grafa, 2013., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
148.Alternativno spajanje eksona, 2013., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
149.Evaluacija aplikacija za pretraživanje baze proteinskih sljedova, 2013., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
150.Evaluacija metode za ispravljanje pogrešaka kod dugačkih očitanja, 2013., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
151.SW# - Biblioteka za poravnanje sljedova korištenjem grafičkih procesora, 2013., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
152.Računalna metoda za računanje proteinskih interakcija, 2013., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
153.From Short to Long Reads: Benchmarking Assembly Tools // ISMB/ECCB 2013
Berlin, Njemačka, 2013. str. 1-1 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
154.Approaches to DNA de novo Assembly // Mipro 2013, Proceedings of the 36th International Convention
Opatija, Hrvatska, 2013. (predavanje, međunarodna recenzija, cjeloviti rad (in extenso), znanstveni) -
155.FastSIR algorithm : A fast algorithm for the simulation of the epidemic spread in large networks by using the susceptible–infected–recovered compartment model // Information sciences, 239 (2013), 226-240 doi:10.1016/j.ins.2013.03.036 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
156.GPU implementacija vremenski učinkovitog algoritma za lokalno poravnavanje s linearnom memorijskom složenosti, 2012., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
157.Program za automatsku analizu protein kodirajućih gena, 2012., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
158.Web aplikacija za usporednu analizu proteinskih paraloga, 2012., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
159.Large-Scale Functional Organization of Long-Range Chromatin Interaction Networks // Cell Reports, 2 (2012), 5; P1207-1219 doi:10.1016/j.celrep.2012.09.022 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
160.Orthobalancer: aplikacija za kreiranje skupova bioloških vrsta usporedive taksonomske širine, 2012., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
161.GPU implementacija vremenski efikasnog algoritma za lokalno poravnavanje s linearnom memorijskom složenosti, 2012., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
162.Make Me Move - didaktička računalna igra za učenje strukturne molekularne biologije, 2012., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
163.Program za simulaciju pročitanih nizova nukleotida, 2012., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, Zagreb
-
164.BioMe : biologically relevant metals // Nucleic acids research, 40 (2012), W352-W357 doi:10.1093/nar/gks514 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
165.CUDA implementation of the algorithm for simulating the epidemic spreading over large networks // 35. međunarodni skup MIPRO
Opatija, Hrvatska, 2012. (predavanje, međunarodna recenzija, cjeloviti rad (in extenso), znanstveni) -
166.Implementacija FM indeksa, 2012., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
167.SWIG - Poravnanje struktura korištenjem iterativne primjene Smith-Waterman algoritma, 2012., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
168.Implementacija komprimirane podatkovne strukture za pretraživanje teksta temeljene na FMindeksu, 2012., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
169.BioMe - web sučelje baze biološki važnih metala, 2012., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
170.Prediction of interacting protein residues using sequence and structure data. // Computational Drug Discovery and Design / Riccardo Baron (ur.).
New York (NY) : Dordrecht : Heidelberg : London: Springer, 2012. str. 233-251 -
171.Optimiranje sigurnosnih pravila vatrozida, 2011., magistarski rad, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
172.Predviđanje površine dostupne otapalu iz slijeda aminokiselinskih ostataka, 2011., diplomski rad, Fakultet Elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
173.Adaptivna valićna transformacija ostvarena na CUDA arhitekturi, 2011., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
174.Epidemic centrality – identifying “superspreaders” in complex networks // Book of Abstracts ECCS'11 Vienna / Thurner, Stefan ; Szell, Michael (ur.).
Beč, 2011. str. 124-125 (poster, sažetak, znanstveni) -
175.Alat za prianjanje proteina: modul za vizualizaciju, 2011., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
176.CUDA implementacija računanja elektrostatske raspodjele naboja, 2011., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
177.Poboljšani algoritam za izbor i provjeru kvalitete najboljih multivarijacijskih modela odnosa strukture i svojstava molekula, 2011., magistarski rad, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
178.Pronalaženje epistatskih interakcija pomoću algoritma kolonije mrava, 2011., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
179.Implementacija Smith Waterman algoritma koristeći grafičke kartice s CUDA arhitekturom, 2011., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
180.Implementacija algoritma za računanje proteinskih interakcija, 2011., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
181.Phase diagram of epidemic spreading — unimodal vs. bimodal probability distributions // Physica. A, Statistical mechanics and its applications, 390 (2011), 1; 65-76 doi:10.1016/j.physa.2010.06.024 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
182.Predviđanje mjesta sekundarne strukture protein iz slijeda aminokiselinskih ostataka, 2010., diplomski rad, Fakultet Elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
183.Alat za prianjanje proteina: modul za pripremu prianjanja, 2010., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet Elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
184.Sustav za pristup poslužiteljima u pokretnim mrežama, 2010., diplomski rad, Fakultet Elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
185.Baza podataka metala u proteinima, 2010., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
186.Simulacija utjecaja karantena na smanjenje širenja epidemije, 2010., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
187.Predviđanje mjesta proteinskih interakcija koristeći algoritam slučajnih šuma, 2010., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
188.Multiresolution analysis of macromolecular structures, 2010., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
189.Simulacija utjecaja okupljanja zaraženih gripom na širenje epidemije, 2010., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
190.Baza zastupljenosti metala u proteinima, 2010., diplomski rad, diplomski, Fakultet Elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
191.Analiza sekundarne strukture proteina metodom obrade signala, 2010., diplomski rad, diplomski, Fakultet Elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
192.Alat za prianjanje proteina: moduli za rotaciju i vrednovanje rezultata, 2010., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehike i računarstva, Zagreb
-
193.Alat za prianjanje proteina: modul za utvrđivanje interakcija, 2010., diplomski rad, diplomski, Fakultet Elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
194.Parallel Protein Docking Tool // 33rd International Convention on Information and Communication Technology, Electronics and Microelectronics (MIPRO 2010) : Proceedings
Opatija, 2010. str. 1333-1338 (predavanje, međunarodna recenzija, cjeloviti rad (in extenso), znanstveni) -
195.Klasifikacija kodirajućih regija u genomu, 2009., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
196.Analiza kodirajućih regija u genomu, 2009., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
197.Prediction of Protein-Protein Interaction Sites in Sequences and 3D Structures by Random Forests // Plos computational biology, 5 (2009), 1; e1000278-1 doi:10.1371/journal.pcbi.1000278 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
198.Vizualizacija makromolekula, 2008., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
199.Identifikacija ključnih igrača u kompleksnim mrežama blogova, 2008., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
200.Automatska izrada testnog skupa za predvidanje proteinskih interakcija, 2008., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
