Pregled po CROSBI profilu: Mile Šikić (CROSBI Profil: 27663, MBZ: 250972)
Pronađeno 213 radova
-
1.Facilitating genome structural variation analysis // Nature methods, 20 (2023), 491-492 doi:10.1038/s41592-023-01767-5 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
2.Asian Reference Genome Project // International Genome Graph Symposium 2022
Ascona, Švicarska, 2022. (pozvano predavanje, neobjavljeni rad, znanstveni) -
3.Direct identification of A-to-I editing sites with nanopore native RNA sequencing // Nature methods, 19 (2022), 833-844 doi:10.1038/s41592-022-01513-3 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
4.Genome assembly and chemogenomic profiling of National Flower of Singapore Papilionanthe Miss Joaquim ‘Agnes’ reveals metabolic pathways regulating floral traits // Communications biology, 5 (2022), 967, 9 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
5.Combining protein and RNA structures information in developing new scoring functions, 2022., diplomski rad, diplomski, Zagreb
-
6.Evaluation of RNA Atom Distance Prediction Models, 2022., diplomski rad, diplomski, Zagreb
-
7.Deep learning model of nanopore sequencing pore, 2021., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
8.Rapid overlapping of Single Molecule High-Fidelity Sequencing Data, 2021., diplomski rad, diplomski, Zagreb
-
9.DNA Nanopore Sequencing Basecaller, 2021., diplomski rad, diplomski, Zagreb
-
10.Rapid Microbe Detection Using Deep Learning, 2021., diplomski rad, diplomski, Zagreb
-
11.Detection of Modified Nucleotides Using Nanopore Sequencing and Deep Learning Methods, 2021., diplomski rad, diplomski, Zagreb
-
12.Deep Learning Model of Nanopore Sequencing Pore, 2021., diplomski rad, diplomski, Zargeb
-
13.Whole genome comparison of Vibrio harveyi strains from the Mediterranean Sea // EAFP 20th International Conference on Diseases of Fish and Shellfish / Mladineo, Ivona (ur.).
Aberdeen (MD): EAFP, 2021. str. 64-64 (predavanje, sažetak, znanstveni) -
14.Time- and memory-efficient genome assembly with Raven // Nature Computational Science, 1 (2021), 332-336 doi:10.1038/s43588-021-00073-4 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
15.Detection of Modified Nucleotide Clusters in Nanopore Sequenced RNA Reads, 2021., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
16.Brzo poravnanje visoko pouzdanih dugačkih očitanja, 2021., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
17.Poopćenje algoritma za poravnanje parcijalnog uređaja, 2021., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
18.Struktura podataka za efikasno spremanje očitanja dobivenih sekvenciranjem genoma, 2021., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
19.Efficacy of next-generation sequencing in bacterial zoonoses diagnostics // Veterinarska stanica, 53 (2021), 1; 1-10 doi:10.46419/vs.53.1.9 (podatak o recenziji nije dostupan, članak, ostalo)
-
20.Microbe Detection Using Deep Learning, 2020., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
21.Benchmarking metagenomic classification tools for long read sequencing data // 28th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) 2020
online;, 2020. doi:10.7490/f1000research.1118120.1 (poster, međunarodna recenzija, pp prezentacija, znanstveni) -
22.Deep learning approach to determining the type of long reads // International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology 2020
online; konferencija, 2020. (poster, međunarodna recenzija, neobjavljeni rad, ostalo) -
23.A step towards neural genome assembly // NeurIPS 2020 Learning Meets Combinatorial Algorithms Workshop
online; konferencija, 2020. (poster, međunarodna recenzija, neobjavljeni rad, ostalo) -
24.Detecting Base Modifications in DNA Sequences // Book of Abstracts of Fifth International Workshop on Data Science
Zagreb, Hrvatska, 2020. str. 58-60 (poster, prošireni sažetak, znanstveni) -
25.Popravljanje djelomično sastavljenoga genoma pomoći Hi-C očitanja, 2020., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
26.Pipeline for Detection Clusters of Modified Nucleotides in Nanopore Sequenced RNA Reads, 2020., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
27.De Novo Diploid Assembly Using Third-Generation Sequencing Data, 2020., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
28.De Novo Metagenome Assembly Using Third Generation Sequencing Dana, 2020., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
29.Sustav za praćenje ispitanika tijekom pretraživanja Google tražilicom, 2020., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
30.Microbe Detection Using Signal Processing and Locality Sensitive Hashing, 2020., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
31.Overlapping Single Molecule High-Fidelity Sequencing Data, 2020., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
32.Yet another de novo genome assembler // 11th International Symposium on Image and Signal Processing and Analysis (ISPA 2019)
Dubrovnik, Hrvatska, 2019. str. 147-151 doi:10.1109/ISPA.2019.8868909 (predavanje, međunarodna recenzija, cjeloviti rad (in extenso), ostalo) -
33.Algoritmi za de novo sastavljanje velikih genoma, 2019., doktorska disertacija, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
34.Statističko zaključivanje o egzogenome i endogenome širenju informacija u društvenim mrežama, 2019., doktorska disertacija, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
35.Supervised learning approach to long read classification // Fourth International Workshop on Data Science Abstract Book
Zagreb, Hrvatska, 2019. str. 71-72 (poster, međunarodna recenzija, prošireni sažetak, znanstveni) -
36.RNA Splice Aware Mapper // 4rd International Workshop on Data Science (IWDS 2019)
Zagreb, Hrvatska, 2019. str. 72-74 (poster, recenziran, prošireni sažetak, znanstveni) -
37.Approaches to metagenomic classification and assembly // Biomedical Engineering
Opatija, Hrvatska: Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE), 2019. str. 367-375 doi:10.23919/mipro.2019.8756644 (predavanje, recenziran, cjeloviti rad (in extenso), znanstveni) -
38.Disentangling Sources of Influence in Online Social Networks // IEEE access, 7 (2019), 131692-131704 doi:10.1109/access.2019.2940762 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
39.Hybrid metagenomic assembly enables high- resolution analysis of resistance determinants and mobile elements in human microbiomes // Nature biotechnology, 37 (2019), 8; 937-944 doi:10.1038/s41587-019-0191-2 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
40.Early Screening for Preeclampsia, 2019., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
41.Classification of 1D-Signal Types Using Deep Learning, 2019., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
42.Ocjena alata za identifikaciju vrsta u metagenomskim uzorcima, 2019., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
43.Mapiranje slijeda na graf, 2019., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
44.Mapiranje dugačkih očitanja, 2019., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
45.Mapiranje kratkih očitanja, 2019., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
46.Izgradnja biblioteke za poravnavanje parova dugačkih RNA o čitanja, 2019., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
47.Using Reference Database for Plasmid Prediction, 2019., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
48.Pronalaženje varijanti gena iz podataka dobivenih sekvenciranjem, 2019., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
49.Klasifikacija očitanja koristeći metode dubokog učenja, 2019., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
50.De novo sastavljanje genoma vođeno referencom, 2019., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
51.Poliranje DNA slijeda koristeći metode dubokog učenja, 2019., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
52.Gornja granica u sastavljanju genoma, 2019., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
53.Scaffolding Assembled Genomes with Long Reads, 2018., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
54.De Novo Metagenome Assembly Using Read Clustering, 2018., diplomski rad, Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, Zagreb
-
55.End-to-End Deep Learning Model for Base Calling of MinION Nanopore Reads, 2018., diplomski rad, Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, Zagreb
-
56.Scaffolding Assembled Genomes with Long Reads, 2018., diplomski rad, Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, Zagreb
-
57.Protein Database Search Using Partial Order Alignment, 2018., diplomski rad, Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, Zagreb
-
58.Mobilna aplikacija za prikupljanje podataka o korisničkoj aktivnosti, 2018., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
59.Naučene indeksne strukture, 2018., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
60.Sustav za pohranu DNA, 2018., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
61.Procjena očekivanog stupnja potpunosti genoma iz dostupnih očitanja, 2018., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
62.Približni algoritam za brzo računanje poravnanja dvaju dugačkih nizova, 2018., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
63.Landau-Vishkin-Nussinov algoritam za poravnanje dva niza, 2018., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
64.Brzo pretraživanje sličnih proteinskih sljedova, 2018., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
65.Hidden Markov Model for Base Calling of MinION Nanopore Reads, 2018., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
66.Horizontal silicon nanowires for surface-enhanced Raman spectroscopy // Materials research express, 5 (2018), 1; 015015, 8 doi:10.1088/2053-1591/aaa152 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
67.Informatika - materijali za predavanja na Vojnom studijskom programu / Džapo, Hrvoje ; Podobnik, Vedran ; Pribanić, Tomislav ; Seder, Marija ; Šikić, Mile (ur.).
Zagreb: Fakultet elektrotehnike i računarstva Sveučilišta u Zagrebu, 2017 -
68.Modeling Peer and External Influence in Online Social Networks: Case of 2013 Referendum in Croatia // Complex Networks and Their Applications VI: Proceedings of Complex Networks 2017 (The Sixth International Conference on Complex Networks and Their Applications) / Cherifi, Chantal ; Cherifi, Hocine ; Karsai, Marton ; Musolesi, Mirco (ur.).
Lyon, Francuska: Springer, 2017. str. 1015-1027 doi:10.1007/978-3-319-72150-7_82 (predavanje, međunarodna recenzija, cjeloviti rad (in extenso), znanstveni) -
69.Differentiating between Exogenous and Endogenous Information Propagation in Social Networks // Second International Workshop on Data Science : Abstract Book
Zagreb, Hrvatska, 2017. str. 39-41 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
70.Unsupervised Learning of Sequencing Read Types // Proceedings of the 2017 International Conference on Computational Biology and Bioinformatics
Newark (DE), Sjedinjene Američke Države, 2017. str. 12-17 doi:10.1145/3155077.3155080 (predavanje, međunarodna recenzija, cjeloviti rad (in extenso), znanstveni) -
71.Algorithms for Layout Phase of De Novo Genome Assembly // Second International Workshop on Data Science
Zagreb, Hrvatska, 2017. str. 86-87 (poster, međunarodna recenzija, prošireni sažetak, znanstveni) -
72.De Novo Assembly using Semi-Supervised Read Categorization // Second International Workshop on Data Science / Lončarić, Sven ; Šmuc, Tomislav (ur.).
Zagreb, Hrvatska, 2017. str. 73-75 (poster, međunarodna recenzija, prošireni sažetak, znanstveni) -
73.De Novo Assembly using Unsupervised Read Categorization // Second International Workshop on Data Science / Lončarić, Sven ; Šmuc, Tomislav (ur.).
Zagreb, 2017. str. 69-72 (poster, međunarodna recenzija, prošireni sažetak, znanstveni) -
74.MinCall | MinION end2end convolutional deep learning basecaller // 2nd International workshop on deep learning for precision medicine, ECML-PKDD 2017
Skopje, Sjeverna Makedonija, 2017. str. 1-8 (predavanje, međunarodna recenzija, ostalo, znanstveni) -
75.Read classification using semi-supervised deep learning // 2nd International workshop on deep learning for precision medicine, ECML-PKDD 2017
Skopje, Sjeverna Makedonija, 2017. str. 1-8 (predavanje, međunarodna recenzija, neobjavljeni rad, znanstveni) -
76.Ra – Rapid de novo genome assembler // ISMB/ECCB 2017
Prag, Češka Republika, 2017. str. 1-1 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
77.Rala - Rapid layout module for de novo genome assembly // ISMB/ECCB 2017
Prag, Češka Republika, 2017. str. 1-1 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
78.Evaluation of tools for long read RNA-seq splice- aware alignment // Bioinformatics, btx668 (2017), btx668, 7 doi:10.1093/bioinformatics/btx668 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
79.Silicon Nanowires Substrates Fabrication for Ultra-Sensitive Surface Enhanced Raman Spectroscopy Sensors // Croatica chemica acta, 90 (2017), 2; 259-262 doi:10.5562/cca3127 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
80.Trade-offs in query and target indexing for the selection of candidates in protein homology searches // Proceedings of The Prague Stringology Conference 2017 / Jan Holub and Jan Ždarek (ur.).
Prag: Czech technical university in Prague, 2017. str. 118-125 (predavanje, međunarodna recenzija, cjeloviti rad (in extenso), znanstveni) -
81.Computing the Error Profiles of Third Generation Sequencing Technologies, 2017., diplomski rad, diplomski, Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, Zagreb
-
82.Classification of 1D-Signal Types Using Semi- Supervised Deep Learning, 2017., diplomski rad, diplomski, Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, Zagreb
-
83.Deep Learning Model for Base Calling of MinION Nanopore Reads, 2017., diplomski rad, diplomski, Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, Zagreb
-
84.Identification of 1D-Signal Types Using Unsupervised Deep Learning, 2017., diplomski rad, diplomski, Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, Zagreb
-
85.Classification of Large-Scale Biological Annotations Using Word Embeddings Derived from Corpora of Biomedical Research Literature, 2017., diplomski rad, diplomski, Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, Zagreb
-
86.Analiza metagenomskog uzorka dobivenog sekvenciranjem koristeći uređaje treće generacije, 2017., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, Zagreb
-
87.dna2vec: vektorska reprezentacija k-torki različite duljine, 2017., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, Zagreb
-
88.Ručno određivanje lažnih preklapanja koja nastaju pri sastavljanju genoma, 2017., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, Zagreb
-
89.Algoritam za određivanje ukupnog poravnanja dva grafa poravnanja parcijalnog uređaja, 2017., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, Zagreb
-
90.Inference of influence in social networks // CompleNet'17 : Programme with Abstracts
Dubrovnik, Hrvatska, 2017. str. 93-93 (predavanje, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
91.RNA Transcriptome Mapping with GraphMap // Bioinformatics Research and Applications 13th International Symposium, ISBRA 2017 / Cai, Zhipeng ; Daescu, Ovidiu ; Li, Min (ur.).
Honolulu (HI), Sjedinjene Američke Države: Springer, 2017. str. XXIX-XXX (predavanje, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
92.Fast and accurate de novo genome assembly from long uncorrected reads // Genome research, 27 (2017), 737-746 doi:10.1101/gr.214270.116 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
93.Edlib: a C/C ++ library for fast, exact sequence alignment using edit distance // Bioinformatics, 33 (2017), 9; 1394-1395 doi:10.1093/bioinformatics/btw753 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
94.Racon - Rapid consensus module for raw de novo genome assembly of long uncorrected reads // London calling conference 2016
London, Ujedinjeno Kraljevstvo, 2016. 1294720741, 1 (poster, međunarodna recenzija, neobjavljeni rad, znanstveni) -
95.SWORD—a highly efficient protein database search // ECCB 2016: THE 15TH EUROPEAN CONFERENCE ON COMPUTATIONAL BIOLOGY
Den Haag, Nizozemska, 2016. str. 680-684 (predavanje, međunarodna recenzija, cjeloviti rad (in extenso), znanstveni) -
96.Big data in the age of genomics // Data Science Monetization 2016 Conference
Zagreb, Hrvatska, 2016. (pozvano predavanje, pp prezentacija, ostalo) -
97.ALGORITHMS FOR DE NOVO GENOME ASSEMBLY FROM THIRD GENERATION SEQUENCING DATA, 2016., doktorska disertacija, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
98.De novo assembly using long error-prone reads, 2016., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
-
99.SWORD—a highly efficient protein database search // Bioinformatics, 32 (2016), 17; 680-684 doi:10.1093/bioinformatics/btw445 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
100.TGTP-DB – a database for extracting genome, transcriptome and proteome data using taxonomy // Proceedings of the 39th International Convention Mipro 2016, Distributed Computing, Visualization and Biomedical Engineering /DC VIS / Biljanović, Petar (ur.).
Rijeka: Hrvatska udruga za informacijsku i komunikacijsku tehnologiju, elektroniku i mikroelektroniku - MIPRO, 2016. str. 472-476 (predavanje, međunarodna recenzija, cjeloviti rad (in extenso), znanstveni)
