Pregled po CROSBI profilu: Antonija Tomić (CROSBI Profil: 30600, MBZ: 326513)
Pronađeno 43 radova
-
1.Tomić, Antonija; Karačić, Zrinka; Tomić, SanjaInfluence of Mutations of Conserved Arginines on Neuropeptide Binding in the DPP III Active Site // Molecules, 28 (2023), 4; 1976, 17 doi:10.3390/molecules28041976 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
2.Matić, Antonia; Karačić, Zrinka; Tomić, Antonija; Brkić, Hrvoje; Tomić SanjaDipeptidyl peptidase iii inhibition tests by metal dications // Book of Abstracts of the Congress of the Croatian Society of Biochemistry and Molecular Biology HDBMB22: From Science to Knowledge / Dulić, Morana ; Sinčić, Nino ; Vrhovac Madunić, Ivana (ur.).
Zagreb: Croatian Society of Biochemistry and Molecular Biology, 2022. str. 105-105 (poster, sažetak, znanstveni) -
3.Karačić, Zrinka; Šupljika, Filip; Tomić, Antonija; Brkljačić, Lidija; Tomašić Paić, Ana; Ćehić, Mirsada; Tomić, SanjaNeuropeptides, substrates and inhibitors of human dipeptidyl peptidase III, experimental and computational study — A new substrate identified // International journal of biological macromolecules, 220 (2022), 1390-1401 doi:10.1016/j.ijbiomac.2022.09.119 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
4.Tomić, Sanja; Karačić, Zrinka; Tomić, Antonija; Brkljačić, Lidija; Šupljika, FilipNeuropeptides - substrates of dipeptidyl peptidase III // From Science to Knowledge / Dulić, Morana ; Sinčić, Nino ; Vrhovac Madunić, Ivana (ur.).
Zagreb: Hrvatsko Društvo za Biotehnologiju, 2022. str. 151-151 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
5.Tomić, Antonija; Karačić, Zrinka; Šupljika, Filip; Tomić, SanjaComputational modelling an aid to understand binding and hydrolysis of neuropeptides in the active site of human DPP III // Book of abstracts of the 1st Central and Eastern European Conference on Physical Chemistry and Materials Science (CEEC-PCMS1) / Erceg, Matko ; Rotaru, Andrei ; Vrsalović, Ladislav (ur.).
Split, Hrvatska: Central and Eastern European Committee for Thermal Analysis and Calorimetry (CEEC-TAC), 2022. str. 196-196 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
6.Tomić, Antonija; Tomić, SanjaComputational study of the human DPP III catalyzed peptide hydrolysis - difference between „good“ and „slow“ substrate // Math/Chem/Comp 2022 and 33rd MC2 Conference : Book of Abstracts / Vančik, Hrvoj ; Cioslowski, Jerzy ; Namjesnik, Danijel (ur.).
Zagreb: Hrvatsko kemijsko društvo, 2022. str. 24-24 (predavanje, sažetak, znanstveni) -
7.Tomić, Antonija; Tomić, SanjaDemystifying DPP III Catalyzed Peptide Hydrolysis— Computational Study of the Complete Catalytic Cycle of Human DPP III Catalyzed Tynorphin Hydrolysis // International journal of molecular sciences, 23 (2022), 3; 1858, 24 doi:10.3390/ijms23031858 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
8.Tomić, Antonija; Tomić, SanjaUnderstanding the human DPP iii substrate specificity : QM/MM and MD calculations // Math/Chem/Comp 2021 : 32nd MC2 Conference : book of abstracts / Vančik, Hrvoj ; Cioslowski, Jerzy ; Namjesnik, Danijel (ur.).
Zagreb: Hrvatsko kemijsko društvo, 2021. str. 42-42 (poster, sažetak, znanstveni) -
9.Tomić, Antonija; Brkić, Hrvoje; Matić, Antonia; Tomić, SanjaUnravelling the inhibitory zinc ion binding site and the metal exchange mechanism in human DPP III // PCCP. Physical chemistry chemical physics, 23 (2021), 13267-13275 doi:10.1039/D1CP01302E (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
10.Matić, Antonia; Karačić, Zrinka; Tomić, Antonija; Brkić, Hrvoje; Tomić, SanjaIspitivanja inhibicije dipeptidil peptidaze III metalnim dikationima // Knjiga sažetaka - 18. Ružičkini dani: Danas znanost - Sutra industrija / Jukić, Ante (ur.).
Zagreb : Osijek: Hrvatsko društvo kemijskih inženjera i tehnologa (HDKI) Prehrambeno-tehnološki fakultet Osijek Sveučilišta J. J. Strosssmayera u Osijeku, 2020. str. 78-78 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
11.Tomić, Antonija; Horvat, Gordan; Ramek, Michael; Agić, Dejan; Brkić, Hrvoje; Tomić, SanjaDevelopment of new zinc ion parameters suitable for classical MD simulations of zinc metallo-peptidases // Computational Chemistry Day 2019 :Book of abstracts
Zagreb: Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Zagrebu, 2019. str. 3-3 (predavanje, sažetak, znanstveni) -
12.Tomić, Antonija; Horvat, Gordan; Ramek, Michael; Agić, Dejan; Brkić, Hrvoje; Tomić, SanjaNew zinc ion parameters suitable for classical MD simulations of zinc metallo-peptidases // Journal of chemical information and modeling, 59 (2019), 8; 3437-3453 doi:10.1021/acs.jcim.9b00235 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
13.Agić, Dejan; Brkić, Hrvoje; Kazazić, Saša; Tomić, Antonija; Abramić, MarijaAprotinin interacts with substrate-binding site of human dipeptidyl peptidase III // Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, 37 (2019), 14; 3596-3606 doi:10.1080/07391102.2018.1521343 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
14.Tomin, Marko; Tomić, Antonija; Kovačević, Borislav; Tomić, SanjaThe Mechanism of Peptide Hydrolysis Catalysed by Dipeptidyl Peptidase III from Bacteroides thetaiotaomicron // Croatica chemica acta, 91 (2018), 2; 187-193 doi:10.5562/cca3343 (recenziran, članak, znanstveni)
-
15.Tomić, Antonija; Ramek, Michael; Tomić, SanjaDevelopment of new parameters for the Zn2+ ion for the specific environment of the DPP III enzyme catalytic site // Computational Chemistry Day Book of abstracts
Zagreb: Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Zagrebu, 2018. str. 15-15 (poster, sažetak, znanstveni) -
16.Kazazić, Saša; Karačić, Zrinka; Sabljić, Igor; Agić, Dejan; Tomin, Marko; Abramić, Marija; Dadlez, Michal; Tomić, Antonija; Tomić, SanjaConservation of the conformational dynamics and ligand binding within M49 enzyme family // RSC Advances, 8 (2018), 24; 13310-13322 doi:10.1039/c7ra13059g (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
17.Sabljić, Igor; Tomin, Marko; Matovina, Mihaela; Sučec, Iva; Tomašić Paić, Ana; Tomić, Antonija; Abramić, Marija; Tomić, SanjaThe first dipeptidyl peptidase III from a thermophile: Structural basis for thermal stability and reduced activity // PLoS One, 13 (2018), 2; e0192488, 25 doi:10.1371/journal.pone.0192488 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
18.Tomić, Sanja; Kovačević, Borislav; Tomić, Antonija; Matovina, Mihaela; Karačić, Zrinka; Matić, Sara; Abramić, Marija; Agić, DejanUnderstanding h.DPP III mechanism – an aid in rationalization of the mutants (in)activity // 19th IUPAB and 11th EBSA : Abstracts, European Biophysics Journal, Volume 46, Supplement 1
Edinburgh, Ujedinjeno Kraljevstvo: Springer, 2017. str. S179-S179 doi:10.1007/s00249-017-1222-x (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
19.Tomić, Sanja; Tomić, Antonija; Gundić, MarioInfluence of ligands and protein binding to structure and flexybility of human dipeptidyl peptidase III // Conference proceedings of ICBMB 2016, International Conference on Biochemistry and Molecular Biology
Venecija, Italija, 2016. str. 9-9 (predavanje, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
20.Gundić, Mario; Tomić, Antonija; Wade, Rebecca C.; Matovina, Mihaela; Karačić, Zrinka; Kazazić, Saša; Tomić, SanjaHuman DPP III – Keap1 Interactions : A Combined Experimental And Computational study // Croatica chemica acta, 89 (2016), 2; 217-228 doi:10.5562/cca2916 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
21.Tomić, Antonija; Kovačević, Borislav; Tomić, SanjaConcerted nitrogen inversion and hydrogen bonding to Glu451 are responsible for protein-controlled suppression of the reverse reaction in the human DPP III // Physical Chemistry Chemical Physics, 18 (2016), 39; 27245-27256 doi:10.1039/C6CP04580D (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
22.Tomić, Sanja; Tomić, AntonijaLigand binding to the flexible metaloenzymes: protein dynamics and the active enzyme conformation // European Biophysics Journal 2015, Volume 44, Supplement 1
Dresden, Njemačka: Springer, 2015. str. 243-243 doi:10.1007/s00249-015-1045-6 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, ostalo) -
23.Tomić, AntonijaPrimjena računalnih pristupa različitih stupnjeva složenosti u svrhu razumijevanja strukture, dinamike i aktivnosti ljudske dipeptidil-peptidaze III, 2015., doktorska disertacija, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb
-
24.Tomić, Antonija; Berynskyy, Mykhaylo; Wade, Rebecca C.; Tomić, SanjaMolecular simulations reveal that the long range fluctuations of human DPP III change upon ligand binding // Molecular biosystems, 11 (2015), 3068-3080 doi:10.1039/c5mb00465a (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
25.Tomić, Antonija; Tomić, SanjaHunting the human DPP III active conformation : combined thermodynamic and QM/MM calculations // Dalton transactions, 43 (2014), 15503-15514 doi:10.1039/C4DT02003K (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
26.Tomić, Sanja; Brkić, Hrvoje; Grabar Branilović, Marina; Tomić, Antonija; Branimir, Bertoša; Mile, ŠikićProteini i nukleinske kiseline u vremenu i prostoru // Bioinformatics and biological physics: proceedings of the scientific meeting / Paar, Vladimir (ur.).
Zagreb: Hrvatska akademija znanosti i umjetnosti (HAZU), 2013. str. 149-157 (pozvano predavanje, domaća recenzija, cjeloviti rad (in extenso), znanstveni) -
27.Grabar Branilović, Marina; Maršavelski, Aleksandra; Tomić, Antonija; Tomić, SanjaNobelova nagrada za kemiju za 2013. godinu // Kemija u industriji : časopis kemičara i tehnologa Hrvatske, 62 (2013), 11-12; 468-471 (podatak o recenziji nije dostupan, osvrt, stručni)
-
28.Tomić, Antonija; Tomić, SanjaNajnovija saznanja o koordinaciji cinka i o vezanju liganda u aktivno mjesto humane DPP III – implikacije na mehanizam kemijske reakcije // XXIII. hrvatski skup kemičara i kemijskih inženjera, knjiga sažetaka / Hadžiev, Andrea ; Blažeković, Zdenko (ur.).
Zagreb: Hrvatsko društvo kemijskih inženjera i tehnologa (HDKI), 2013. str. 177-177 (poster, domaća recenzija, sažetak, znanstveni) -
29.Tomić, Antonija; Tomić, SanjaMolecular Mechanics - Poisson Boltzmann Surface Area calculations using AMBER program package - application to the human dipeptidyl petidase III // Computational Electrostatics for Biological Applications - Book of Abstract
Genova, Italija, 2013. str. 39-39 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
30.Tomić, Sanja; Abramić, Marija; Brkić, Hrvoje; Tomić, AntonijaSprega kristalografije i modeliranja u proučavanju bioloških makromolekula // Kristalografija u Hrvatskoj / Popović Stanko (ur.).
Zagreb: Hrvatska akademija znanosti i umjetnosti (HAZU), 2013. str. 129-137 (predavanje, domaća recenzija, cjeloviti rad (in extenso), ostalo) -
31.Tomić, Sanja; Tomić, Antonija; Gonzalez, MiguelMolecular dynamics based studies on human DPP III revealed determinants for its broad substrate selectivity // IRENE – 'In Silico Enzyme Sesign and Screening'
Trst, Italija, 2012. (predavanje, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
32.Tomić, Antonija; Tomić, SanjaFurther study of the zinc coordination in the active site of the human DPP III - ONIOM calculations // Book of abstracts, 11th Greta Pifat-Mrzljak International School of Biophysics, Biomolecular complexes and assemblies / Hozić A., Vuletić T. (ur.).
Zagreb: Institut Ruđer Bošković i Hrvatsko biofizičko društvo, 2012. str. 104-104 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
33.Tomić, Antonija; Gonzalez, Miguel; Tomić, SanjaThe large scale conformational change of the human DPP III – substrate prefers the "closed" form // Journal of chemical information and modeling, 52 (2012), 6; 1583-1594 doi:10.1021/ci300141k (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
34.Tomić, Antonija; Tomić, SanjaQM/MM račun koordinacije cinka u aktivnom mjestu humane DPP III / QM/MM study of the zinc coordination in the active site of the human DPP III // Knjiga sažetaka - IX. Susret mladih kemijskih inženjera / Martinez, Sanja (ur.).
Zagreb: Hrvatsko društvo kemijskih inženjera i tehnologa (HDKI), 2012. str. 173-173 (poster, domaća recenzija, sažetak, znanstveni) -
35.Tomić, Antonija; Tomić, SanjaMD simulations showed large conformational changes of the human free DPP III // Book of Abstracts - The Conference on Molecular Simulations in Biosystems and Material Science
Konstanz, 2011. str. 72-72 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
36.Špoljarić, Jasminka; Tomić, Antonija; Vukelić, Bojana; Salopek-Sondi, Branka; Agić, Dejan; Tomić, Sanja; Abramić, MarijaHuman Dipeptidyl Peptidase III : the Role of Asn406 in Ligand Binding and Hydrolysis // Croatica chemica acta, 84 (2011), 2; 259-268 doi:10.5562/cca1808 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
37.Tomić, Antonija; Abramić, Marija; Špoljarić, Jasminka; Agić, Dejan; Smith, David M.; Tomić, SanjaHuman Dipeptidyl Peptidase III: Insights into Ligand Binding from a Combined Experimental and Computational Approach // Journal of molecular recognition, 24 (2011), 5; 804-814 doi:10.1002/jmr.1115 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
38.Tomić, Antonija; Tomić, SanjaHuman dipeptidyl-peptidases (h.DPP III), sampling the substrate binding site - computational analysis // Book of Abstracts of the "Fourth Humboldt Conference on Computational Chemistry" / Petrova, P. Galina ; Vayssilov, N. Georgie (ur.).
Sofija, 2010. str. 63.-63. (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
39.Tomić, Antonija; Špoljarić, Jasminka; Abramić, Marija; Tomić, SanjaLigand binding to human DPP III and its mutant H568N - computational analyses // Abstracts of the 6th International Workshop on New Approaches in Drug Design & Discovery "The Interactions :From Atom-Atom Contacts to Networks in System Biology" / Klebe, Gerhard ; Matter, Hans ; Sotriffer, Hans (ur.).
Marburg: University of Marburg, 2010. str. 87-87 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
40.Tomić, Antonija; Abramić, Marija; Smith, David; Tomić, SanjaMolecular dynamics simulations of ligands binding into the active site of human dipeptidyl-peptidases (DPPIII) // Book of Abstracts of the EMBO Young Scientists Forum
Zagreb, Hrvatska, 2009. str. 53-53 (poster, sažetak, znanstveni) -
41.Tomić, Antonija; Abramić, Marija; Smith, David; Tomić, SanjaComputational and experimental approach to the study of ligands binding into the active site of the human dipeptidyl-peptidases (DPPIII) // Book of Abstracts of the "The 3rd Adriatic Meeting On Computational Solutions in the Life Sciences" / Babić, Darko ; Došlić, Nađa ; Smith, David ; Tomić, Sanja ; Vlahoviček, Kristian (ur.).
Zagreb: Centre for Computational Solutions in the Life Sciences, Ruđer Bošković Institute, 2009. str. 77-77 (poster, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni) -
42.Tomić, Antonija; Živković, TomislavOn the vibrational interlacing rule in deuterated thiophenes : I. Out-of-plane vibrations // Croatica chemica acta, 82 (2009), 2; 561-566 (međunarodna recenzija, članak, znanstveni)
-
43.Horvat, Gordan; Magdić, Katja; Tomić, Antonija; Pitarević Svedružić, Lovorka; Rončević, SandaAnaliza sedimenta i vode Moslavačkog područja // Zbornik radova i sažetaka Znanstveno-edukativnog projekta Studentskog odsjeka HGD-a "Voda i mi. II." / Spevec, Siniša (ur.).
Zagreb: Hrvatsko geološko društvo, 2007. str. 15-16 (demonstracija, sažetak, znanstveni)
