Naslov
Računalna optimizacija sljedova genomske DNA spužve Eunapius subterraneus sekvenciranih tehnologijom nanopora
(Computer optimization of genomic DNA nanopore sequences from the sponge Eunapius subterraneus)

Autori
Jelić Matošević, Zoe

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
26.09

Godina
2018

Stranica
41

Mentor
Vlahoviček, Kristian ; Ćetković, Helena

Ključne riječi
Eunapius subterraneus ; tehnologija sekvenciranja nanoporama ; sklapanje genoma
(Eunapius subterraneus ; , nanopore sequencing ; genome assembly)

Sažetak
Ogulinska špiljska spužvica, Eunapius subterraneus Sket & Velikonja, 1984 (Porifera, Demospongia), jedina je stigobiontna slatkovodna spužva na svijetu. Spužve (Porifera) su najstarije živuće koljeno životinja. Karakterizira ih jednostavna tjelesna građa te nedostatak pravih tkiva i organa. Zbog filogenetski bazalnog položaja u odnosu na ostale životinje, spužve su idealni modelni organizmi za proučavanje evolucije gena i genoma te razvoja višestaničnosti unutar životinja (Metazoa). Kako bi to bilo moguće potrebno je sekvencirati i sklopiti genome spužvi koje želimo proučavati. Metodom sekvenciranja tehnologijom nanopora u kombinaciji s metodom reverzibilnog zaustavljanja sinteze (Illumina) mogu se sklopiti čak i repetitivni genomi viših eukariota, ali često je potrebno ispraviti sljedove iz nanopora prije samog sklapanja genoma. Dodatan problem u radu sa spužvama predstavlja kontaminacija sekvenciranih knjižnica. U ovom radu izolirala sam visokomolekularnu genomsku DNA Eunapius subterraneus iz primorfa te sam pokazala kako ovaj pristup doprinosi smanjenju kontaminacije u uzorcima. Sljedove iz nanopora ispravila sam koristeći program NaS te sam dokazala njihovu točnost pretragom baze neredundantnih proteinskih sljedova programom DIAMOND. Za iskorištavanje punog potencijala tehnologije sekvenciranja nanoporama u budućnosti potrebno je razvijati algoritme prilagođene specifičnom profilu greške ove tehnologije

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija

POVEZANOST RADA