Naslov
Identifikacija i karakterizacija niskozastupljenih satelitnih DNA u genomu vrste Tribolium castaneum
(Identification and characterization of low-copy satellite DNA in the genome of the species Tribolium castaneum)

Autori
Dombi, Mira

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
24.09

Godina
2018

Stranica
59

Mentor
Mravinac, Brankica

Ključne riječi
Tribolium castaneum, satelitna DNA, sekvenciranje nove generacije
(Tribolium castaneum, satellite DNA, Next Generation Sequencing)

Sažetak
Satelitne DNA su uzastopno ponavljajuće sekvence raširene u heterokromatinskim regijama eukariotskih genoma, a karakterizira ih još uvijek nedovoljno rasvijetljena funkcija. Kukac kestenjasti brašnar Tribolium castaneum je izvrstan modelni organizam koji se desetljećima koristi u molekularnim istraživanjima. Genom vrste T. castaneum sekvenciran je prije deset godina pristupom „shotgun“, no u sastavljenom dijelu genoma nedostaje 20% ukupne DNA primarno sastavljene od satelitnih sekvenca. U ovom radu genom vrste T. castaneum sekvenciran je tehnologijom sekvenciranja nove generacije (NGS) kako bi se pronašle dosad neotkrivene satelitne DNA. U analizi satelitoma korišten je bioinformatički alat TAREAN koji omogućava detekciju potencijalnih satelitnih sekvenca na temelju kratkih, neposloženih NGS sljedova. Bioinformatičkom analizom utvrđena su tri moguća satelita: TCst154, TCst266 i TCst309, koji nisu bili detektirani u prethodnim istraživanjima. Premda ova tri satelita čine mali udio u genomu (<0, 5%), njihova uzastopno ponovljena organizacija uspješno je dokazana metodom Southern blot. Metodom fluorescencijske hibridizacije in situ također je određena njihova kromosomska lokalizacija. Kombinirajući bioinformatičke alate i eksperimentalne metode, ovim je istraživanjem potvrđena primjenjivost kratkih, neposloženih NGS sljedova u otkrivanju nisko zastupljenih satelita, a također je proširena i spoznaja o sadržaju satelitoma vrste T. castaneum.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija

POVEZANOST RADA