Pregled bibliografske jedinice broj: 929593
Predviđanje ishodišnih stanica raka na temelju organizacije kromatina
Predviđanje ishodišnih stanica raka na temelju organizacije kromatina // Dodjela nagrade "Željko Trgovčević", Hrvatsko genetičko društvo
Zagreb, Hrvatska, 2015. (pozvano predavanje, nije recenziran, neobjavljeni rad, znanstveni)
CROSBI ID: 929593 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca
Naslov
Predviđanje ishodišnih stanica raka na temelju organizacije kromatina
(Using chromatin organization to predict cancer cell-of-origin)
Autori
Polak, Paz ; Karlić, Rosa ; Koren, Amnon ; Thurman, Robert ; Sandstrom, Richard ; Lawrence, Michael S. ; Reynolds, Alex ; Rynes, Eric ; Vlahoviček, Kristian ; Stamatoyannopoulos, John A. ; Sunyaev, Shamil R.
Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Sažeci sa skupova, neobjavljeni rad, znanstveni
Skup
Dodjela nagrade "Željko Trgovčević", Hrvatsko genetičko društvo
Mjesto i datum
Zagreb, Hrvatska, 16.03.2015
Vrsta sudjelovanja
Pozvano predavanje
Vrsta recenzije
Nije recenziran
Ključne riječi
epigenetska obilježja, genom, rak, somatske mutacije
(epigenetic features, genome, cancer, somatic mutations)
Sažetak
Rak je bolest potencirana somatskim mutacijama, koje nisu jednoliko distribuirane duž genoma stanice raka, već se pojedine genomske regije razlikuju u lokalnoj gustoći somatskih mutacija. Pokazano je da je organizacija kromatina jedna od glavnih odrednica genomske raspodjele somatskih mutacija u stanicama raka. Kako su i somatske mutacije i organizacija kromatina tkivno specifične pojave, koristeći metode računalne biologije usporedili smo raspodjelu mutacija u više neovisnih tipova raka s brojnim epigenetskim podacima mjerenim u različitim normalnim tkivima. Pokazali smo da epigenetska svojstva i vrijeme replikacije objašnjavaju do 86% varijance u raspodjeli gustoće mutacija duž genoma različitih tipova raka. Najbolja točnost predviđanja lokalne gustoće somatskih mutacija dobivena je upotrebom epigenetskih svojstava stanica u kojima je proučavani tip raka najvjerojatnije nastao. Uz to, otkrili smo da je moguće točnije predvidjeti raspodjelu mutacija u raku na temelju kromatinske strukture stanica u kojima je rak nastao nego na temelju kromatinske strukture odgovarajućih staničnih linija. Nadalje, pokazali smo da se u skoro 90% slučajeva tip stanica iz kojih je rak nastao može precizno odrediti na temelju raspodjele mutacija u njegovu genomu. Dakle, naši rezultati pokazuju da genom stanica raka obuhvaća mnoštvo informacija o identitetu i epigenetskim obilježjima stanica u kojima je pojedini rak nastao. Taj podatak, pak, može biti izuzetno važan u dijagnozi i tretmanu malignih bolesti.
Izvorni jezik
Hrvatski
Znanstvena područja
Biologija
POVEZANOST RADA
Projekti:
grant 315997
INTEGRA-LIFE
HRZZ-IP-2014-09-6400 - Istraživanje razvoja, diferencijacije i evolucije životinja kroz genomiku bazalnih metazoa (BAMGEN) (Vlahoviček, Kristian, HRZZ - 2014-09) ( CroRIS)
Ustanove:
Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb
