Naslov
Konformacijska analiza trans-dekalina
(Conformational analysis of trans-decalin)

Autori
Sović, Karlo ; Hrenar, Tomica

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Sažeci sa skupova, sažetak, znanstveni

Izvornik
Simpozij studenata doktorskih studija PMF-a : knjiga sažetaka / Primožič, Ines - Zagreb, 2018, 32-33

ISBN
978-953-6076-43-7

Skup
2. simpozij studenata doktorskih studija PMF-a

Mjesto i datum
Zagreb, Hrvatska, 09.02.2018

Vrsta sudjelovanja
Poster

Vrsta recenzije
Podatak o recenziji nije dostupan

Ključne riječi
konformacijska analiza, trans-dekalin, konformer
(conformational analysis, trans-decalin, conformer)

Sažetak
Novi postupak potpune konformacijske analize [1], koji uključuje statističku analizu trajektorije molekularne dinamike, primijenjen je na molekuli trans-dekalina. Metoda se zasniva na uzorkovanju struktura u Cartesiusovim ili internim koordinatama provođenjem ab initio molekularne dinamike, redukciji dimenzionalnosti tenzorskom dekompozicijom, određivanju funkcije raspodjele vjerojatnosti u reduciranom prostoru i na kraju na algoritmu pretrage lokalnih maksimuma dobivene funkcije. Iz točaka maksimuma opisane funkcije generiraju se strukture koje se koriste kao početne strukture za optimizacije geometrije. Optimizirane strukture se potom klasteriraju u skup neredundantnih konformera. Potpuna konformacijska analiza provedena je na molekuli trans-dekalina, u vakuumu koristeći semiempirijsku metodu PM7 [2]. Trajektorija od ukupno 10 milijuna točaka generirana je na temperaturi od 1298, 15 K s integracijskim korakom od 0, 5 fs koristeći Velocity-Verlet integracijski algoritam [3]. U analizi trajektorije uzeto je 10 komponenata reduciranog prostora koji zajedno opisuju preko 90 % varijancije sustava te je identificirano ukupno 7 konformera [4]. Konformeri su strukturno ispitani i određena im je zastupljenost u opisu ukupne energije prema Boltzmannovoj raspodjeli pri sobnoj temperaturi.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Kemija

POVEZANOST RADA