Naslov
Istraživanje interakcija između enzima FNR i ITEP domene proteina TROL simulacijama molekularne dinamike
(Molecular Dynamics Study of Binding Interactions Between FNR and TROL Protein ITEP domain)

Autori
Kekić, Tadija

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
02.03

Godina
2016

Stranica
111

Mentor
Bertoša, Branimir

Ključne riječi
enzim FNR, protein TROL, ITEP domena, molekularna dinamika, in silico mutacije
(FNR, TROL, ITEP domain, molecular dynamics, in silico mutations)

Sažetak
Biljna feredoksin NADP+ oksidoreduktaza (FNR), kao ključan enzim toka elektrona u fotosintezi, obavlja ulogu prijenosa elektrona s reduciranog feredoksina putem kofaktora FAD na NADP+. Vezanje na tilakoidnu membranu, enzim FNR, ostvaruje s pomoću transmembranskih proteina Tic62 i TROL. Dimer enzima FNR veže se na ITEP domenu ovih proteina, a eksperimentalni podaci pokazuju da stabilnost stvorenog proteinskog kompleksa ovisi o pH strome kloroplasta. Cilj ovog rada bio je potvrditi pH ovisnost stabilnosti proteinskog kompleksa dimera enzima FNR i TROL proteina te razjasniti molekularnu osnovu takve pH ovisnosti korištenjem računalnih simulacija molekularne dinamike. U radu su opisane funkcionalno važne mreže vodikovih veza i van der Waalsovih interakcija, te je utvrđen utjecaj na koji promjena u pH okoline, dovodi do promjena u strukturi i stabilnosti proteinskog kompleksa. Uvođenjem in silico mutacija u ITEP domenu proteina TROL, s ciljem destabilizacije prepoznatih nekovalentnih interakcija, provjerena je njihova važnost u pH ovisnoj stabilnosti proteinskog kompleksa. Rezultati istraživanja temeljeni su na simulacijama molekularne dinamike 46 sustava duljine 30 i 40 ns, te uključuje sustave proteinskog kompleksa dimera enzima FNR i ITEP domene proteina TROL, te sustave slobodne ITEP domene proteina TROL. Sustavi su simulirani pri različitim pH.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Kemija, Biologija

POVEZANOST RADA