Naslov
Ručno određivanje lažnih preklapanja koja nastaju pri sastavljanju genoma
(Manual detection of false overlaps occurring during genome assembly)

Autori
Floreani, Filip

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet Elektrotehnike i Računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
04.07

Godina
2017

Stranica
31

Mentor
Šikić, Mile

Ključne riječi
Lažna preklapanja, kimerna očitanja, ponavljajuća očitanja, sastavljanje genoma, Android, bioinformatika
(False overlaps, chimeric reads, repeating reads, genome assembly, Android, bioinformatics)

Sažetak
Proces sastavljanja genoma temeljen je na analizi preklapanja kratkih očitanja genetskog materijala. Zbog očitanja loše kvalitete, kao i zbog prisutnosti kimernih i ponavljajućih očitanja, osim ispravnih preklapanja pojavljuju se i lažna preklapanja. Detekcija lažnih preklapanja ključna je u postizanju boljeg konačnog rezultata. Jedna od metoda detekcije je generiranje 1D-signala temeljenog na izračunu broja preklapanja svake nukleinske baze pojedinog očitanja, koji se potom prikazuje u obliku grafa. Kroz ovaj rad predstavljeno je aplikacijsko rješenje za Android uređžaje, kojim je moguće označiti regije u kojima se pojavljuju lažna preklapanja, kao i sortirati grafove po predefiniranim kategorijama. U radu je data teorijska osnova rješenja, kao i detalji njegove implementacije i konačnog ispitivanja.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo

POVEZANOST RADA