Naslov
Validacija metode za probir dinamičkih mutacija u genu FMR1
(Validation of screening method for dynamic mutation in the FMR1 gene)

Autori
Škrlec, Ivana

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, postdiplomski specijalisticki

Fakultet
Farmaceutsko-biokemijski fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
09.12

Godina
2016

Stranica
61

Mentor
Barišić, Karmela ; Wagner, Jasenka

Ključne riječi
Sindrom fragilnog X ; dinamičke mutacije ; trinukleotidna ponavljanja ; izravni PCR s tri početnice ; intelektualne poteškoće ; FMR1 gen
(direct triplet-primed PCR ; intelectual dissability ; fragile X syndrome ; dynamic mutations ; triplet repeats ; FMR1 gene)

Sažetak
Ciljevi istraživanja su sljedeći: a) validacija metode izravnoga PCR-a s tri početnice (engl. direct triplet-primed PCR, dTP-PCR) za određivanje dinamičkih mutacija u genu FMR1, te b) usporedba rezultata dobivenih metodom dTP- PCR s rezultatima dobivenim Southern blot metodom. Uzorak ispitanika sastojao se od 40 pacijenata upućenih u Klinički bolnički centar (KBC) Osijek s dijagnozom intelektualnog zaostajanja. Ispitanici su nasumično izabrani i validacija je provedena slijepim istraživanjem. Izolacija genomske DNA napravljena je iz pune krvi. Broj tripleta CGG gena FMR1 utvrđen je metodom izravne lančane reakcije polimeraze u stvarnom vremenu s tri početnice (dTP-PCR) uz analizu krivulje mekšanja DNA. Analizom krivulje mekšanja utvrđena je temperatura mekšanja za svaki umnoženi uzorak DNA ispitanika. Temeljem razlike u temperaturi mekšanja ispitivanoga uzorka i kontrolnih uzoraka s poznatim brojem ponavljanja tripleta CGG (30, 41 i 53 ponavljanja) svi su ispitanici svrstani u četiri kategorije (normalan broj CGG tripleta ≤ 44 CGG, siva zona od 45 do 54 CGG, premutacija od 55 do 200 CGG i puna mutacija > 200 CGG). Prisutnost proširenih alela (> 200 tripleta CGG) kod osoba oba spola imala je drugačiju krivulju mekšanja DNA od normalnih alela (< 30 tripleta CGG). Klinička značajnost testa na 40 prethodno analiziranih ispitanika pokazala je 100 %-tnu osjetljivost i 90, 48 %- tnu specifičnost kod utvrđivanja povećanja broja ponavljanja tripleta CGG (> 30) u genu FMR1. Metoda dTP-PCR-a primjerena je za brzi probir promjene broja ponavljanja tripleta CGG, kao i za otkrivanje nositelja premutacija i mutacija u genu FMR1 u populaciji ispitanika koja obuhvaća osobe s intelektualnim poteškoćama nepoznatoga uzroka.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija, Temeljne medicinske znanosti, Kliničke medicinske znanosti

POVEZANOST RADA