Pregled bibliografske jedinice broj: 863638
"Next generation sequencing" u dijagnostici virusa i viroida vinove loze
"Next generation sequencing" u dijagnostici virusa i viroida vinove loze // Zbornik sažetaka 61. seminara biljne zaštite / Cvjetković, Bogdan i sur. (ur.).
Zagreb: Hrvatsko društvo biljne zaštite, 2017. str. 55-55 (predavanje, nije recenziran, sažetak, ostalo)
CROSBI ID: 863638 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca
Naslov
"Next generation sequencing" u dijagnostici virusa i viroida vinove loze
(Next generation sequencing in diagnostic of grapevine viruses and viroids)
Autori
Vončina, Darko
Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Sažeci sa skupova, sažetak, ostalo
Izvornik
Zbornik sažetaka 61. seminara biljne zaštite
/ Cvjetković, Bogdan i sur. - Zagreb : Hrvatsko društvo biljne zaštite, 2017, 55-55
Skup
61. seminar biljne zaštite
Mjesto i datum
Opatija, Hrvatska, 07.02.2017. - 10.02.2017
Vrsta sudjelovanja
Predavanje
Vrsta recenzije
Nije recenziran
Ključne riječi
sekvenciranje, vinova loza, virus, viroid
(sequencing, grapevine, virus, viroid)
Sažetak
Zbog male veličine te nemogućnosti umnažanja izvan stanice domaćina virusi i viroidi predstavljaju patogene čije istraživanje i detekcija je znatno otežana. Konvencionalne metode detekcije (serološke, molekularne, biološke) razvijene u zadnjih nekoliko desetljeća, osim što su ciljane na konkretnog patogena, često nisu učinkovite u slučaju kad je oboljenje izazvano novim patogenom i/ili kombinacijom patogena koji genetski nisu slični već ranije opisanima. Sekvenciranje nove generacije (eng. Next Generation Sequencing, skraćeno NGS) omogućuje direktnu detekciju i identifikaciju virusa i viroida bez ili uz vrlo ograničeno znanje o njihovom genomu. Primjenom NGS dobiva se velik broj podataka (milijuni sekvenci), a osnovni izazov leži u njihovoj pravilnoj obradi i interpretaciji. Dva su osnovna pristupa u analizi sekvenci: mapiranje (usporedba) sa poznatim patogenima čiji podaci o genomu se nalaze u različitim bazama podataka (GenBank, ENA, DDBJ) ili de novo sastavljanje genoma iz sekvenciranih podataka te njihova identifikacija. Posebnu prednost predstavlja mogućnost naknadne analize sekvenci bez potrebe čuvanja analita (biljno tkivo, produkti laboratorijskih analiza itd.). Zbog svoje brzine, pouzdanosti, širokog spektra te sve veće cjenovne pristupačnosti sekvenciranje nove generacije zauzima sve važnije mjesto u inspekcijskim i karantenskim službama te u dijagnostici, epidemiologiji i kontroli biljnih patogena. U radu će biti prikazani rezultati dobiveni korištenjem Illumina HiSeq4000 platforme na setu od četiri uzorka vinove loze (sorte Babica, Dobričić, Ljutun i Vlaška) s područja Kaštela. Rezultati dobiveni mapiranjem, de novo te korištenjem različitih programskih paketa (Truffle, VirFind) naknadno su provjereni serološkim i molekularnim metodama. Poseban naglasak bit će na prednostima i nedostacima NGS metode u dijagnostici virusa i viroida vinove loze.
Izvorni jezik
Hrvatski
Znanstvena područja
Poljoprivreda (agronomija)
