Naslov
Neki statistički aspekti prepoznavanja motiva
(Some statistical aspects of the motif recognition)

Autori
Relja, Ajka

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet - Matematički odsjek

Mjesto
Zagreb

Datum
14.07

Godina
2014

Stranica
45

Mentor
Goldstein, Pavle

Ključne riječi
PSSM, poravnanje motiva, Gumbelova razdioba
(PSSM, motif recognition, Gumbel distribution)

Sažetak
U ovom diplomskom radu analiziramo distribuciju maksimalnih scorova dobivenih za stvarni enzim iz familije GDSL hidrolaza na biljci A. thaliani. Tema nas je zaintrigirala zbog činjenice što takva distribucija ne odgovara Gumbelovoj distribuciji iz familije distribucija ekstremnih vrijednosti koja je teorijski opravdana. Izračunavamo scorove za upit koristeći se metodom klizećeg prozora i specifičnom matricom težina i analiziramo njihovu distribuciju. Ono što primjećujemo je da uz određenu korekciju scorova s obzirom na duljinu niza nad kojim su izračunati, uspijevamo dobiti Gumbelovu razdiobu. Na kraju provjeravamo kako je korekcija utjecala na scorove pozitivaca, odnosno onih enzima za koje znamo da su u funkcionalnoj vezi s našim enzimom čije smo varijante željeli pronaći u proteomu biljke. To je od iznimne važnosti prvenstveno zbog činjenice što želimo da korekcijom oni enzimi koji su u vezi sa upitom i dalje imaju veći score od onih koji nisu. Pokaže se da naša korekcija ne kvari takav odnos.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Matematika, Biologija, Računarstvo

POVEZANOST RADA