Naslov
Alat za poravnanje genoma
(Genome alignment tool)

Autori
Žuljević, Petar

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
01.06

Godina
2014

Stranica
31

Mentor
Šikić, Mile

Ključne riječi
Poravnanje; genom; sufiksno polje; paralelizacija; heuristika; bioinformatika
(Alignment; genome; suffix array; parallelization; heuristics; bioinformatics)

Sažetak
Poravnanje genoma je jedan od većih problema u bioinformatici koji još uvijek nije efikasno riješen. Iako su poznati egzaktni algoritmi kojima bi se moglo doći do optimalnog rješenja, oni se ipak ne koriste jer bi njihovo izvođenje zahtijevalo previše vremena. U radu je opisan alat za poravnanje genoma ostvaren kao višedretveni program u programskom jeziku C++. Alat se bazira na pronalasku identičnih podnizova zadanih genoma pomoću sufiksnog polja, a nakon toga na primjeni algoritma Smith-Waterman na područja u kojima nisu pronađeni MUMovi. Konačan rezultat je grafički prikaz koji prikazuje identične, translatirane i reverzno komplementirane regije u zadanim genomima

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo

POVEZANOST RADA