Naslov
Alat za brzo pretraživanje baza bioloških sljedova
(Tool for fast searching of protein sequences in databases)

Autori
Vujević, Ivan

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
01.06

Godina
2014

Stranica
32

Mentor
Šikić, Mile

Ključne riječi
Heuristicki algoritam; bioinformatika; paralelizacija; biološke baze
(heuristic algorithm; bioinformatics; parallelization; biological database)

Sažetak
Kod pretrage baza bioloških sljedova postoje dvije vrste algoritama. Jedna vrsta su deterministički, koji koriste rigorozne algoritme za pronalazak optimalnog rješenja. Druga vrsta su heuristički algoritmi koji ne pronalaze optimalno rješenje, ali ovi algoritmi su puno brži od determinističkih algoritama. Potrebno je pronaći kompromis izmedu brzine i točnosti pretrage. U ovom radu opisan je heuristički algoritam pretrage. Na početku se za svaki slijed odredi lista riječi te se tako dobije smanjena baza. Smanjenje cijele baze na listu riječi omogućuje nam bržu pretragu. Algoritam se sastoji od dva koraka. U prvom koraku, pretragom liste riječi pronalaze se potencijalni kandidati koji se zatim šalju u drugi korak. U drugom koraku, koristeći jedan od dva algoritma, odabiremo sljedove za izlaz.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo

POVEZANOST RADA