Naslov
Alat za poravnanje dugackih očitanja
(Long read aligner)

Autori
Ratković, Marko

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
02.06

Godina
2015

Stranica
42

Mentor
Šikić, Mile

Ključne riječi
bioinformatika; poravnanje; dugačka očitanja; LCSk++; sufiksno polje
(bioinformatics; sequence aligment; long error-prone reads; LCSk++; suffix array)

Sažetak
Poravnavanje bioloških sljedova predstavlja jedan od najstarijih i najviše istraživanih problema u bioinformatici. Cilj je identificirati slične regije koje mogu predstavljati funkcionalnu, strukturalnu ili evolucijsku vezu izmedu dvaju organizama. Neprekidnim razvojem tehnologije napreduju i uređaji za sekvenciranje te su moguća sve duža ocitanja. Javlja se potreba za razvojem alata koji ce moći poravnati takva dugačka očitanja koja potencijalno mogu imati i visok postotak greške. U ovom radu je predloženo jednostavno rješenje koje problem svodi na problem izdvajanja iz ulaznog slijeda kandidatnih regija korištenjem vrijednosti LCSk++ dvaju podnizova. U radu je dat algoritam, implementacijski detalji razvijenog alate te usporedba s postojecim alatima.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo

POVEZANOST RADA