Naslov
Iščitavanje reverzne translacije sekvenciranjem peptida de novo tehnikama tandemne spektrometrije masa
(Scanning of reverse translation via de novo peptide sequencing by tandem mass spectrometry)

Autori
Dodig, Ivana

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, doktorska disertacija

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
21.07

Godina
2016

Stranica
163 + XXVIII

Mentor
Cindrić, Mario

Ključne riječi
sekvenciranje de novo / identifikacija proteina / kemijski akivirana fragmentacija / tandemna spektrometrija masa / 5-formil-1 ; 3-benzen-di-sulfonica kiselina
(chemically activated fragmentation / de novo sequeincing / protein identification / tandem mass spectrometry / 5-formyl-1 ; 3-benzendisulfonic acid)

Sažetak
Sekvenciranje peptida i proteina de novo korišteno je kao alat za reverzno išcitavanje translacije. Pri tome je nedvojbeno sekvenciranje de novo omogućeno selektivnim obilježavanjem N-kraja peptida 5-formil-1, 3- benzen-di-sulfonicnom kiselinom prije analize tandemnom spektrometrijom masa. Opisana kemijska modifikacija usmjerava fragmentaciju peptidnih iona ka disocijaciji peptidne veze prilikom kolizijom inducirane disocijacije u spektrometru masa. Nastali fragmentni ioni b- serije detektiraju se u negativnom nacinu rada spektrometra masa, a fragmentni ioni y-serije detektiraju se u pozitivnom nacinu spektrometra masa. Stoga je, za isti peptid, aminokiselinski slijed išcitan iz spektra snimljenog u pozitivnom nacinu rada spektrometra masa moguce dodatno provjeriti išcitavanjem iz spektra snimljenog pri negativnom nacinu rada spektrometra masa (tzv. nedvojbeno sekvenciranje peptida de novo). Jedna od primjena ovakvog nacina sekvenciranja de novo je i identifikacija proteina, koja se provodi pretragom, iz spektra išcitane sekvence peptida, u bazi podataka, odnosno išcitavanjem reverzne translacije. Disertacija prikazuje primjenjivost, pouzdanost i tocnost kao i komparativnu prednost novorazvijene de novo tehnike nad klasicnim tehnikama identifikacije proteina.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Kemija

POVEZANOST RADA