Naslov
Simulacije molekulske dinamike kompleksa ljudske dipeptidil-peptidaze III s inhibitorima
(Molecular dynamics simulations of complexes of human dipeptidyl peptidase III with inhibitors)

Autori
Tir, Nora

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
20.06

Godina
2016

Stranica
44

Mentor
Tomić, Sanja

Ključne riječi
ljudska dipeptidil-peptidaza III/ metalopeptidaze/ molekulska dinamika/ inhibitori/ slobodna energija vezanja/ supstratna specifičnost
(human dipeptidyl peptidase III/ metallopeptidases/ molecular dynamics/ inhibitors/ free energy of binding/ substrate specificity)

Sažetak
Dipeptidil-peptidaza III (DPP III) je o cinku ovisna peptidaza koja katalizira hidrolizu druge peptidne veze s N-kraja svojih supstrata. Enzim je široke supstratne specifičnosti, nepoznate osnovne fiziološke uloge, široke zastupljenosti među organizmima te prepoznatih uloga u procesima od interesa za razvoj lijekova. U ovom radu provedene su simulacije molekulske dinamike kompleksa ljudske DPP III s dvama inhibitorima za koje su poznati postotci inhibicije u odnosu na sintetski supstrat Arg-Arg-2-naftilamid. Za simulacije su korištene dvije konformacije enzima različite kompaktnosti kako bi se, računima slobodne energije vezanja, utvrdilo koja je povoljnija za vezanje liganda i upoznale interakcije liganda s aminokiselinskim ostatcima te cinkovim ionom u aktivnom mjestu. Dobiveni rezultati mogli bi poslužiti u daljnjem razvoju i testiranju potencijalnih inhibitora ovog enzima.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Kemija

POVEZANOST RADA