Pregled bibliografske jedinice broj: 781470
Primjena računalnih pristupa različitih stupnjeva složenosti u svrhu razumijevanja strukture, dinamike i aktivnosti ljudske dipeptidil-peptidaze III
Primjena računalnih pristupa različitih stupnjeva složenosti u svrhu razumijevanja strukture, dinamike i aktivnosti ljudske dipeptidil-peptidaze III, 2015., doktorska disertacija, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb
CROSBI ID: 781470 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca
Naslov
Primjena računalnih pristupa različitih
stupnjeva složenosti u svrhu razumijevanja
strukture, dinamike i aktivnosti ljudske
dipeptidil-peptidaze III
(Multi scale computational approaches to
understand a structure, dynamics and activity
of the human dipeptidyl-peptidase III)
Autori
Tomić, Antonija
Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, doktorska disertacija
Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet
Mjesto
Zagreb
Datum
24.04
Godina
2015
Stranica
224
Mentor
Tomić, Sanja
Ključne riječi
kvantna mehanika ; ljudska dipeptidil-peptidaza III ; metalopeptidaze ; molekulska dinamika ; molekulska mehanika ; račun slobodne energije ; supstratna specifičnost
(free energy calculations ; human dipeptidyle peptidase III ; metaloenzymes ; molecular dynamics ; molecular mechanics ; quantum mechanics ; substrate specificity)
Sažetak
Dipeptidil-peptidaza III (DPP III) je o cinku ovisna egzopeptidaza koja katalizira reakciju hidrolize peptidne veze odcjepljujući dipeptid s N-kraja svojih supstrata. U okviru ove doktorske disertacije detaljno je istražena struktura i dinamika ljudske DPP III i njenih kompleksa primjenom računalnih pristupa različitih stupnjeva složenosti. Modeliranje je bilo temeljeno na trodimenzionalnim strukturama enzima određenim rentgenskom strukturnom analizom. Molekulsko-dinamičke (MD) simulacije slobodnog (bez vezanog liganda) enzima otkrile su veliku fleksibilnost proteina, a simulacije kompleksa DPP III sa sintetskim i peptidnim supstratima pridonijele su razumijevanju široke supstratne specifičnosti ovoga enzima, te u kombinaciji s računom slobodne energije omogućile određivanje najvjerojatnijeg i kemijski aktivnog načina vezanja supstrata. Aktivna konformacija enzima dodatno je potvrđena primjenom različitih MD metoda i hibridnim kvantno-mehaničkim – molekulskomehaničkim (QM/MM) računima različitih načina koordinacije cinka. Mehanizam reakcije hidrolize određen je na modelnom sustavu sastavljenom od supstrata, aminokiselinskih ostataka koji neposredno sudjeluju u procesu katalize i ostataka koji koordiniraju ion cinka.
Izvorni jezik
Hrvatski
Znanstvena područja
Kemija
POVEZANOST RADA
Projekti:
IP-2014-09-7235 - Gradovi hrvatskog srednjovjekovlja: urbane elite i urbani prostor (URBES) (Benyovsky Latin, Irena, HRZZ - 2014-09) ( CroRIS)
Ustanove:
Institut "Ruđer Bošković", Zagreb,
Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb
