Naslov
Karakterizacija pokretnih genetičkih elemenata koji sadrže uzastopno ponovljene nizove DNA u pacifičke kamenice Crassostrea gigas (Thunberg, 1793)
(Characterisation of transposable elements containing internal tandem repeats in the pacific oyster Crassostrea gigas (Thunberg, 1793))

Autori
Vojvoda Zeljko, Tanja

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, doktorska disertacija

Fakultet
Prirodoslovno - matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
11.06

Godina
2015

Stranica
134

Mentor
Plohl, Miroslav

Ključne riječi
Crassostrea gigas ; uzastopna ponavljanja ; satelitna DNA ; transpozon ; Helitron
(Crassostrea gigas ; tandem repeats ; satellite DNA ; transposable elements ; Helitron)

Sažetak
Uzastopno i raspršeno ponovljene sekvence sačinjavaju velik dio eukariotskih genoma, pa tako i genoma školjkaša (razred Bivalvia). Nedavno sekvencirani genom pacifičke kamenice Crassostrea gigas pokazuje visok udio ponovljenih sekvenci od 36 %. Bioinformatičkom pretragom genoma u ovom je radu izdvojeno 10 najzastupljenijih tipova uzastopno ponovljenih sekvenci. S obzirom na duljinu monomera tipičnu za satelitne DNA te mogućnost stvaranja dugačkih nizova, navedena ponavljanja su potencijalno nove satelitne DNA. Međutim, njihova je specifičnost da se gotovo bez iznimke nalaze uklopljeni u transpozone. Detaljna analiza okolnih regija koje omeđuju odabrane nizove uzastopnih ponavljanja pokazala je da sadrže strukturne osobine karakteristične za neautonomne pokretne genetičke elemente Helitron. Postojanje navedenih elemenata istraženo je eksperimentalno i u srodnoj vrsti Ostrea edulis. Utvrđena je uska veza između transpozona nadporodice Helitron i uzastopno ponovljenih sekvenci DNA te su raspravljena dva modela kojim transpozoni šire satelitne nizove. Dobiveni rezultati pokazuju kako pokretni genetički elementi i uzastopno ponovljene sekvence zajedno doprinose složenoj i dinamičnoj organizaciji eukariotskih genoma.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija

POVEZANOST RADA