Naslov
Nutrigenomička analiza metaboličkih putova u kvascu Saccharomyces cerevisiae iščitavanjem reverzne translacije uz pomoć de novo sekvenciranja peptida
(Nutrigenomics analysis of metabolic pathways in Saccharomyces cerevisiae followed by reading of reverse translation via de novo peptide sequencing)

Autori
Diminić, Janko

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, doktorska disertacija

Fakultet
Prehrambeno-biotehnološki fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
11.07

Godina
2014

Stranica
89

Mentor
Starčević, Antonio ; Cindrić, Mario

Ključne riječi
bioinformatika ; kvasac ; java ; programiranje ; masena spektrometrija ; nutrigenomika ; proteomika
(bioinformatics ; yeast ; java ; programming ; mass spectrometry ; nutrigenomics and proteomics)

Sažetak
U ovome radu je razvijen novi ekspertni računalni sustav za analizu spektara masa putem kojeg je moguće tehnikom reverznog iščitavanja translacije, odnosno identifikacije proteina u uvjetima de novo, utvrditi promjene na razini proteoma i posredno metaboloma u modelnom organizmu kvascu S. cerevisiae, čiji je genom u potpunosti sekvenciran. Ekspertni sustav razvijen je u Java programskom jeziku te se sastoji od dva djela, jedan koji izvršava analize na strani poslužitelja i drugi koji ima upravljačku funkciju, a nalazi se na strani korisnika. De novo sekvenciranjem peptida možemo identificirati nadeksprimirane peptide (putem spektrometra masa MALDI-TOF/TOF), odnosno proteine. Na temelju identificiranih proteina napravljena je nutrigenomička analiza iščitavanjem reverzne translacije, odnosno određeno je uključivanje i isključivanje pojedinih metaboličkih putova s poveznicom na promjene nastale u proteomu, kod uzgoja kvasca u aerobnim i anaerobnim uvjetima te pri uskraćivanju i obogaćivanju prihrane kvasca. Utvrđeno je da se nadeksprimirani proteini stanice kvasca razlikuju ovisno o načinu uzgoja, čime se može zaključiti da se ekspresija gena te sinteza proteina, a time i aktivnost metaboličkih putova znatno mijenja pod stresnim promjenama prihrane stanica kvasca.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biotehnologija, Prehrambena tehnologija, Informacijske i komunikacijske znanosti

POVEZANOST RADA