Naslov
Procjena efektivne veličine populacije i inbridinga iz visoko-rezolutne genomske informacije
(Estimation of effective population size and inbreeding from high-throughput genomic information)

Autori
Karapandža, Nina

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Agronomski Fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
23.09

Godina
2013

Stranica
27

Mentor
Čurik, Ino

Neposredni voditelj
Ferenčaković, Maja

Ključne riječi
Genomska informacija ; efektivna veličina populacije ; inbriding ; Istarsko govedo
(genomic information ; the effective population size ; inbreeding ; Istrian cattle)

Sažetak
Precizna procjena efektivne veličine populacije i stupanja inbreedinga od velike su važnosti za populacijsku i konzervacijsku genetsku. S obzirom na to da je iskustvo pokazalo kako su procjene temeljene na rodovniku često neprecizne, zbog nedostatnih i pogrešnih rodovnika i stohastičke prirode rekombinacije, za procjenu se koriste nove metode. Visoko- rezolutna genomska informacija kao najpolimorfnija informacija do sada, pokazala se puno preciznijom za navedene procjene. U ovom su istraživanju kao model koristili su se genotipovi 15 bikova istarskog goveda. Metodom prema Flury i sur. (2010) procjenjuje se Ne i linearnom regresijom trenutna Ne = 12, 32 jedinki, što je značajno manje od vrijednosti 147, 64 dobivene od HPA (2012). Navedeno potvrđuje manjkavost metoda baziranih na rodovniku. Izračun inbridinga ROH metodom prema Ferenčaković i sur. (2011), rezultiralo je koeficijentom inbreedinga FROH = 0, 123. Prema FAO-u (2000.) temeljenoj na Istarskoj stoci kategoriziran je kao visoko ugrožena pasmina. Zaključeno je kako je ovim istraživanjem po prvi put izračunavala Ne iz genomskih podataka na primjeru autohtone pasmine Republike Hrvatske. Dokazano je da do sada korišteni način računanja nije konzistentan. Utvrđeno je da je populacija istarskih goveda vrlo mala i kritično ugrožena s visokom stopom inbreedinga.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Poljoprivreda (agronomija)

POVEZANOST RADA