Naslov
Utjecaj vezanja supstrata na fluorescencijska svojstva adenilacijske domene tirocidin-sintetaze 1
(The influence of substrate binding on fluorescence properties of the adenylation domain in tyrocidine synthetase 1)

Autori
Ines Tomić

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Split

Datum
26.03

Godina
2015

Stranica
30+V

Mentor
Pavela-Vrančić Maja

Neposredni voditelj
Šprung Matilda

Ključne riječi
neribosomske peptid-sintetaze/ adenilacijska domena/ tirocidin-sintetaza 1/ strukturna dinamika
(nonribosomal peptide synthetases/ adenylation domain/ tyrocidine synthetase 1/ structural dynamics)

Sažetak
Neribosomske peptid-sintetaze (NRPS) su veliki multienzimski kompleksi koji kataliziraju sintezu različitih medicinski značajnih peptidinih spojeva. Proces biosinteze započinje na adenilacijskoj (A) domeni koja u prvom koraku katalizira nastanak aminoacil- adenilata, dok se u drugom koraku odvija prijenos aktivirane aminokiseline na susjednu tiolacijsku (T) domenu. U ovom radu, strukturna dinamika A- domene tirocidin-sintetaze 1 (TycA-A) ispitana je metodom fluorescencijske spektroskopije. Aminokiselinski slijed TycA-A proteina sadrži pet triptofanskih ostataka: W227, W301, W323, W376 i W406. Gašenjem fluorescencije divljeg tipa i mutanti TycA-A akrilamidom, definirane su dvije skupine triptofana s različitim stupnjem dostupnosti njihovih bočnih ogranaka okolnom otapalu. Prisustvo supstrata (L-Phe i ATP) induciralo je konformacijsku promjenu proteinu divljeg tipa i svim mutantama, osim W227F. Naime, konformacijska promjena proteina, nastala kao posljedica vezanja supstrata, izostaje ukoliko se triptofan na položaju 227 zamijeni fenilalaninom. To upućuje na zaključak da je promjena konformacije proteina, lokalizirana upravo oko ovog triptofanskog ostatka. Gašenje fluorescencije proteina TycA-A kalijevim jodidom, zajedno s analizom učinkovitosti pojedinih molekula gasitelja, pokazuje kako je akrilamid u usporedbi s KI učinkovitiji gasitelj.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Kemija

POVEZANOST RADA