Naslov
Eksperimentalno utemeljeno modeliranje interakcija nukleinskih kiselina i malih molekula
(Nucleic acid - small molecule interactions, experimentally based molecular modeling approach)

Autori
Grabar Branilović, Marina

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, doktorska disertacija

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
17.06

Godina
2014

Stranica
108

Mentor
Tomić, Sanja

Ključne riječi
nukleinske kiseline; polje sila; molekulska mehanika; molekulska dinamika; kvantno mehanički računi; interkalatori; mali utor – vežući spojevi; inhibitori HCV-a
(nucleic acids; force field; molecular mechanics; molecular dynamics quantum mechanical calculations; intercalators; minor groove binders; HCV inhibitors)

Sažetak
U okviru ove doktorske disertacije metodama molekulskog modeliranja proučavane su interakcije nukleinskih kiselina s nekoliko skupina organskih spojeva: derivatima bisfenantridina, guanidiniokarbonil-pirol- arilnim konjugatima, cijaninskim spojevima, te translacijskim (benzimidazolnim i diaminopiperidinskim) inhibitorima hepatitis C virusa. Istraženi su procesi njihovog kompleksiranja, interkaliranja, vezanja u utor te elektrostatskog međudjelovanja s polinukleotidima. Prve tri skupine spojeva imaju svojstvo molekulskog prepoznavanja nukleobaza, pa mogu poslužiti za razvoj novih specifičnih obilježivača pri istraživanju nukleinskih kiselina, te kao predložak za razvoj antitumorskih i antivirusnih lijekova sa svojstvom selektivnog blokiranja određenih sljedova DNA ili RNA. Kao polazišne točke za modeliranje korišteni su rezultati spektroskopskih mjerenja (UV-Vis i CD spektri, fluorimetrijske titracije) te difrakcijske i NMR analize. Istraživanja su provedena metodama molekulskog modeliranja različitih stupnjeva složenosti. U svrhu određivanja novih parametara korišteni su kvantno mehanički računi. Proučavanje strukture i fleksibilnosti nukleinskih kiselina i njihovih kompleksa s organskim molekulama provedeno je metodama polja sila (molekulska mehanika i molekulska dinamika). Kombinirane kvantno mehaničke – molekulsko mehaničke metode primijenjene su u svrhu ispitivanja utjecaja okoline, preciznije polinukleotidnog lanca i metalnih iona, na raspodjelu naboja na ligandima. Dobiveni rezultati u skladu su s eksperimentalnim saznanjima.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Fizika

POVEZANOST RADA