Naslov
Modeliranje sekundarne strukture proteina - pregled metoda i mogućnosti poboljšanja

Autori
Lučić, Bono

Izvornik
-.

Vrsta, podvrsta
Ostale vrste radova, ostalo

Godina
2012

Ključne riječi
-.

Sažetak
Od metode Chou-a i Fasman-a (Biochemistry 1974) pa do danas razvijene su i postavljene na mrežne poslužitelje za besplatno korištenje brojne metode za predviđanje sekundarne strukture topljivih proteina. Chou-Fasman-ova metoda predviđa sekundarnu strukturu pojedinog aminokiselinskog ostatka u proteinu na temelju jednostavne analize sklonosti susjednih ostataka u lancu prema pojedinim sekundarnim strukturama (uzvojnica alfa, beta nabrani sloj). Starije su metode manje složene i lakše se interpretiraju, a razvijene su na manjem skupu poznatih struktura. Novije metode postižu veću točnost, a cijena za to je značajno usložnjavanje algoritama. Zanimljiva zajednička osobina metoda u ovom području je njihovo iznimno često navođenje (citiranje) u znanstvenim radovima. Danas najbolje metode temeljene su na ansamblima (hibridima) pojedinačnih metoda, a najbolji poslužitelji u predviđanju sekundarnde strukture topljivih proteina postižu točnost od preko 80%. U predviđanju sekundarne strukture membranskih proteina osobito se ističe jednostavna i često korištena metoda Kyte-Doolittle (J. Mol. Biol. 1982), analiza hidrofobnosti skupine susjednih 18-20 ostataka, te metode za predviđanje topologije i strukture grupe Gunnara von Heijne-a iz Švedske. Razvojem metode sklonosnih funkcija, koja je dostupna preko mrežnoga poslužitelja SPLIT 4.0., značajan doprinos u ovom području dao je i prof. Davor Juretić s grupom biofizičara iz Hrvatske. Poželjni smjer razvoja u ovom području bio bi pojednostavljenje metoda i pronalaženje što fizikalnije interpretacije, uz što manji gubitak na točnosti.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Kemija

Napomena
Pozvano predavanje održano na godišnjoj skupštini Hrvatskog biofizičkog društva (Institutu za fiziku, Zagreb, 11. 12. 2012.)

POVEZANOST RADA