Pregled bibliografske jedinice broj: 667178
Predviđanje specifičnosti izbora supstrata domena za adenilaciju
Predviđanje specifičnosti izbora supstrata domena za adenilaciju, 2012., diplomski rad, diplomski, Prehrambeno-biotehnološki fakultet, Zagreb
CROSBI ID: 667178 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca
Naslov
Predviđanje specifičnosti izbora supstrata domena za adenilaciju
(Prediction of adenilation domains substrate specificity)
Autori
Duvnjak, Marija
Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski
Fakultet
Prehrambeno-biotehnološki fakultet
Mjesto
Zagreb
Datum
09.10
Godina
2012
Stranica
66
Mentor
Starčević, Antonio
Neposredni voditelj
Žučko, Jurica
Ključne riječi
A-domene; višestruka poravnanja; filogenetske analize; predviđanje specifičnosti
(A-domains; multiple alignments; phylogenetic analysis; specificity prediction)
Sažetak
U posljednje se vrijeme, u znanstvenoj javnosti, pojavilo veliko zanimanje za oblikovanje novih lijekova. Genske nakupine čiji proteinski produkti sudjeluju u sintezi biološki aktivnih supstancija za oblikovanje novih lijekova nalaze se u genomima sekvenciranih mikroorganizama. Razvijen je čitav niz javno dostupnih baza podataka i bioinformatičkih alata za njihovu analizu. To se posebno odnosi na bioinformatičke alate koji analiziraju genske nakupine, čiji produkti sudjeluju u sintezi sekundarnih metabolita u uvjetima in silico. Jedna od skupina zanimljivih prirodnih spojeva jesu neribosomalno sintetizirani peptidi. Adenilacijske domene (A-domene), obavezne podjedinice modula neribosomalno sintetiziranih peptid sintetaza (NRPS), prepoznaju i aktiviraju aminokiseline koje moraju biti ugrađene u konačni produkt, neribosomalno sintetizirani peptid. Poznavanje specifičnosti A-domena za supstrat omogućit će predviđanje konačne kemijske strukture produkata genskih nakupina NRPS i dizajn novih biološki aktivnih prirodnih spojeva. U ovom su radu predviđanja aminokiselinskih supstrata, koje aktiviraju A-domene, provedena pomoću višestrukih poravnanja upotrebom bioinformatičkog programa Clustal W i filogenetskih analiza upotrebom bioinformatičkog programa za molekularne evolucijske genetske analize, MEGA, te bioinformatičkog programa HMMER 3 za konstrukciju HMM profila za prepoznavanje supstrata.
Izvorni jezik
Hrvatski
Znanstvena područja
Biotehnologija
POVEZANOST RADA
Projekti:
058-0000000-3475 - Generiranje potencijalnih lijekova u uvjetima in silico (Hranueli/Jurica Žučko, Daslav, MZOS ) ( CroRIS)
Ustanove:
Prehrambeno-biotehnološki fakultet, Zagreb
