Naslov
Generiranje dugačkih palindroma u genu ADE2 pomoću programa Synonymous Codon Shuffler
(Generation of long palindromes in ADE2 gene by dint of computer program Synonimous Codon Shuffler)

Autori
Lončar, Ana

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Prehrambeno-biotehnološki fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
25.07

Godina
2012

Stranica
26

Mentor
Svetec, Ivan-Krešimir

Neposredni voditelj
Lisnić, Berislav

Ključne riječi
palindrom; ukosnica; kruciform; ADE2; permutirana sekvencija
(palindrome; hairpin; cruciform; ADE2; permutated sequence)

Sažetak
Palindromi su sekvencije DNA u kojima se dva obrnuta ponavljanja nalaze neposredno jedan do drugog. Drugim riječima, prva polovina palindroma komplementarna je drugoj polovini te stoga palindromi u DNA mogu tvoriti sekundarne strukture ukosnice ili križne strukture. Cilj ovoga rada bio je predložiti eksperimentalni sustav u kojem bi se mogla testirati hipoteza prema kojoj pojava navedenih sekundarnih struktura u nukleinskim kiselinama može omesti ekspresiju gena. U tu svrhu najprije je zamjenom položaja sinonimnih kodona in silico generirano 4∙106 permutiranih varijanti reporter gena ADE2, koji su po duljini, GC-sastavu i najvažnije, upotrebi kodona, bili identični ishodnoj sekvenciji. Iz ove populacije odabrana je varijanta gena ADE2 sa najduljim palindromom, na temlju koje je zatim predložen niz postupaka za njenu konstrukciju in vitro kao i eksperimentalni sustav za procjenu utjecaja prisutnosti dugačkog palindroma u genu ADE2 na razinu njegove ekspresije u kvascu Saccharomyces cerevisiae.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biotehnologija

POVEZANOST RADA