Naslov
Predviđanje kodirajućih regija u genomu metodama strojnog učenja
(Prediction of protein-coding regions in genome using machine learning method)

Autori
Horvat, Sara

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
05.07

Godina
2011

Stranica
41

Mentor
Seršić, Damir

Ključne riječi
DNA; gen; genom; ekson; intron; donor; akceptor; mjesto izrezivanja; Slučajne šume; funkcija rffit; funkcija proc; važne značajke; paralelizacija
(DNA; gene; genome; exon; intron; donor; acceptor; splice site; Random Forest; function rffit; function proc; important features; parallelization)

Sažetak
Točne pozicije eksona i introna u genu važne su u proučavanju strukture proteina i otkrivanju raznih bolesti. Težnja je za pravilnim predviđanjem kodirajućih regija u genomu čovjeka, no zbog njegove prevelike složenosti, pravilnosti se još uvijek otkrivaju na manjim genomima jednostavnijih organizama kako bi se one možda mogle primijeniti i na čovjeka. Pomoću metode strojnog učenja Random Forest provjeravala se i poboljšavala uspješnost klasifikacije sekvenci crva C. elegans koje pripadaju donorskom i akceptorskom mjestu izrezivanja introna. Došlo se do zaključka da je uzimanjem najvažnijih značajki koje se nalaze oko mjesta izrezivanja, treniranjem na svim podacima te uzimanjem ne više od 200 stabala, klasifikacija sekvenci koje sadrže pravilno mjesto izrezivanja introna najuspješnija.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Elektrotehnika

POVEZANOST RADA