Naslov
Predikcija kodirajućih regija korištenjem slučajnih šuma
(Successful prediction of the splice site of coding regions)

Autori
Eljuga, Marija

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
29.06

Godina
2011

Stranica
39

Mentor
Seršić, Damir

Ključne riječi
genom; ekson; intron; donor; akceptor; kodirajući; nekodirajući; mjesto izrezivanja; Random Forest; klasifikacija
(genome; exon; intron; donor; acceptor; coding; non-coding; splice site; Random Forest; classification)

Sažetak
Uspješno predviđanje mjesta izrezivanja kodirajućih regija od velike je važnosti za niz primjena. Poznato je da DNK pokazuje periodičnost i ponavljanje uzoraka – primjer je činjenica da se proteini generiraju iz kodona – skevence koju čine 3 nukleotida. U ovom radu korištena je metoda strojnog učenja, Random Forest, za detekciju i značajki koje su ključne u mehanizmu izrezivanja eksona i formiranja kodirajućih sekvenci, te uočavanje eventualnih pravilnosti i uzoraka koji se mogu pojaviti. Istraživanje je pokazalo da se te značajke nalaze uglavnom oko donorskog i akceptorskog mjesta, i iako ih nije mnogo, uzimajući samo njih u obzir, može se izgraditi šuma koja vrlo uspješno klasificira stvarne donore i akceptore.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Elektrotehnika

POVEZANOST RADA