Naslov
Pronalaženje struktura repeticija višeg reda u genomu insekta Tribolium castaneum koristeći metodu Global Repeat Map
(Finding higer order repetition structures in insect genome Tribolium castaneum using Global Repeat Map method)

Autori
Ines Vlahović, Matko Glunčić, Marija Rosandić, Vladimir Paar

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Sažeci sa skupova, sažetak, znanstveni

Izvornik
Knjiga sažetaka, 8. znanstveni sastanak Hrvatskog fizikalnog društva / - , 2013, 127-127

Skup
8. znanstveni sastanak Hrvatskog fizikalnog društva

Mjesto i datum
Primošten, Hrvatska, 06.10.2013. - 08.10.2013

Vrsta sudjelovanja
Poster

Vrsta recenzije
Nije recenziran

Ključne riječi
tandemne repeticije; strukture višeg reda; sateliti; Global Repeat Map
(tandem repetitions; higer order structures; satellites; Global Repeat Map)

Sažetak
U prijašnjim istraživanjima genoma insekta Tribolium castaneum pokazalo se da veliki njegov dio se sastoji od ponavljajućih elemenata [1, 2] , 42%, što je blizu broja tandemnih repeticija primjećenih u genomu čovjeka. 17% tandemnih repeticija su TCAST sateliti. Koristeći našu Global Repeat Map metodu[3] (www.hazu.hr/grm/software/win/grm2012.exe), pokazali smo da postoje pravilne kao i složene repeticije višeg reda (HORovi) u genomu T. castaneum. U našem istraživanju zaključili smo da uzorak HORova u T.castaneum satelitima, TCAST, nisu prije identificirani pomoću standardnih metoda zbog varijacije u duljinama monomera od oko 20% (kod čovjeka su te varijacije oko 2%). Naši rezultati pokazuju da konstruirani HORovi zadovoljavaju osnovne kriterije definicija i da pomoću naše metode GRM možemo identificirati pravilne kao i složene repeticije višeg reda. Primjer T. castaneum pokazuje da bi bilo zanimljivo pretražiti repeticije višeg reda i u drugim insektima, ali i ljudski genom za identificiranje repeticija višeg reda koji imaju značajnu razliku u duljinama monomera.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Fizika

POVEZANOST RADA