Naslov
Metoda za brzo pretraživanje DNA sekvence
(Fast DNA sequence matching method)

Autori
Paliska, Janja

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
12.07

Godina
2013

Stranica
30

Mentor
Seršić, Damir

Ključne riječi
DNA; pretraživanje uzorka; sekvenca; prosti brojevi; brza Fourierova transformacija
(DNA; pattern matching; sequence; prime numbers; fast Fourier transformation)

Sažetak
Ovaj rad obrađuje poznati problem iz područja bioinformatike, pretraživanje kratkog uzorka u sekvenci DNA. Polazna točka u izradi rada bio je znanstveni rad koji rješava problem kodirajući i uzorak i sekvencu prostim brojevima, a poklapanje dobiva računajući konvoluciju brzom Fourierovom transformacijom. Zbog iznimno velikih uzoraka koji se pretražuju, implementacija je odrađena u modulo aritmetici, a za što bolje rezultate, kôd je prilagođen višedretvenom izvođenju. Budući da je zbog toga problem sveden na zbrajanje nula i jedinica, a pristupanje podacima odrađeno je koristeći naredbe na razini asemblera, krajnji rezultati pokazuju značajnu vremensku i memorijsku uštedu u odnosu na referentni algoritam.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Elektrotehnika

POVEZANOST RADA