Naslov
Analiza DNK metodama obrade signala u vremenskoj i frekvencijskoj domeni
(DNA analysis using time-frequency signal processing)

Autori
Parađina, Nika

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
18.09

Godina
2008

Stranica
37

Mentor
Seršić, Damir

Ključne riječi
analiza DNK; obrada signala u vremenskoj i frekvencijskoj domeni
(DNA analysis; time-frequency signal processing)

Sažetak
Pod „predikcijom gena“ ovdje se podrazumijeva određivanje položaja i granica nekodirajućih i kodirajućih regija unutar gena. DNK lanac se dijeli na gene i međugenski prostor. Geni eukariota, organizama koji unutar stanice imaju jezgru, se sastoje od eksona i introna. Eksoni upravljaju sintezom proteina, a proteini reguliraju biološke funkcije organizma. Neki se autori oslanjaju na tvrdnju da kodirajuća područja tj. eksoni pokazuju svojstvo perioda tri dok introni tj. nekodirajuće regije nemaju niti jedan period izraženiji od ostalih.[1] [3] Na temelju tog svojstva razvio se niz tehnika koji, koristeći to predznanje, pokušava izdvojiti eksone od nekodirajućih regija. Ovdje su prezentirane četiri metode koje se temelje na periodu tri. Sve četiri su izrasle iz usko pojasnopropusnog filtra tzv. antinotch filtra s centralnom frekvencijom. Zato što geni nisu savršeno pravilni niti svi pokazuju jednaka svojstva, uspješnost ovih metoda zavisi o analiziranom uzorku. I introni imaju svoje pravilnosti. Te pravilnosti odnose se na konsenzus sekvenci nukleotida na početku i na kraju introna. Otkrivanje tih sekvenci omogućava otkrivanje granica između kodirajućih i nekodirajućih područja. Neuronska mreža, prethodno trenirana na uzorcima iz javnih baza genoma, odlučuje da li je slijed baza dio tražene sekvence. Na taj način se pronalaskom introna određuju pozicije eksone koji se nalaze između njih. Niti metode bazirane na eksonima niti metode koje se oslanjaju na svojstva introna ne rade savršeno svaka za sebe. Njihova točnost ovisi o genu koji se analizira. Spajanjem tih dviju metoda u jedan sustav mogle bi se iskoristiti njihove dobre karakteristike i na taj način dobiti preciznija detekcija kodirajućih i nekodirajućih regija. Upravo ta kombinacija svih mogućih znanja o građi gena je i osnova današnjih sustava za detekciju eksona.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Elektrotehnika

POVEZANOST RADA