Naslov
Metoda za predviđanje mjesta proteinskih reakcija
(A method for predicting the place of protein reaction)

Autori
Cvrlje, Nataša

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
13.07

Godina
2012

Stranica
58

Mentor
Seršić, Damir

Ključne riječi
Proteinske reakcije; niz aminokiselinskih ostataka; predviđanje mjesta proteinskih interakcija; proteinske baze podataka; RCSB PDB; program PSAIA; SVM algoritam učenja; SVM teoretska podloga; LIBSVM; krosvalidacija; točnost; preciznost; kodiranje aminokiselinskih ostataka; pomični otvor
(Protein reactions; sequences of amino acid residues; predicting the places of protein reactions; protein data banks; RCSB PDB; program PSAIA; SVM learning algorithm; SVM theory; LIBSVM; cross-validation; accuracy; precision; the coding of amino acid residues; moving window)

Sažetak
Cilj ovog diplomskog rada je bio razviti pouzdanu metodu predviđanja mjesta proteinskih interakcija na osnovi sekvence aminokiselinskih ostataka. Takvi sljedovi su raspoloživi u javno dostupnim bazama podataka za velik broj proteina. No, s druge strane je te podatke potrebno obraditi zbog velike redundancije podataka. Nakon dobivanja neredundantnog skupa podataka bilo je potrebno kreirati referentne podatke o mjestima interakcija, a to se postiglo korištenjem gotovog alata PSAIA koji se oslanja na podatke o strukturi proteina. Za predviđanje mjesta proteinskih interakcija koristila se metoda nadziranog učenja SVM (eng. Support Vector Machines) tj. metoda potpornih vektora. Skup ulaznih vektora generiran je korištenjem pomičnog otvora zadane širine na nizu aminokiselinskih ostataka proteinskih lanaca. Rezultati klasifikacije opisani su u radu, a za samo vrednovanje rezultata korištena je metoda krosvalidacije.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Elektrotehnika

POVEZANOST RADA