Naslov
Sekvencijska analiza i određivanje svojstava replikacije plazmida pPZG500 iz bakterije Erwinia citreus
(Sequence analysis and determination of replication mode of plasmid pPZG500 from bacterium Erwinia citreus)

Autori
Bilić Nežić, Maja

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, doktorska disertacija

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
05.11

Godina
1998

Stranica
133

Mentor
Delić, Vladimir

Ključne riječi
pPZG500; 0-replication; integraza; mjesno-specifična rekombinacija; Erwinia citreus
(pPZG500; 0-replication; integrase; site-specific recombination; Erwinia citreus)

Sažetak
U ovom radu detaljno su analizirani struktura i način replikacije pladmida pPZG500 (3661 bp), koji je do danas najmanji izolirani plazmid iz roda Erwinia. Dvolančana plazmidna DNA u cjelosti je sekvencionirana, te su određene promotorske regije -10 i -35 za molekule RNAI i RNAII, njihove primarne i sekundarne strukture na osnovi vrijednosti G, regija oriV (AAAAAT), te mjesto vezanja proteina DnaA. Metodom pomaka u gelu određeno je mjesto vezanja proteina IHF, a utvrđeno je da replikacija plazmida pPZG500 ovisi o DNA-polimerazi I porijeklom iz domaćina. Ovi eksperimentalni podaci pokazali su da se plazmid pPZG500 replicira 0-načinom replikacije, te da ima ABC-tip nastajanja primosoma. Okvir čitanja orf6 nalazi se unutar regije par plazmida pPZG500, a kodira protein integrazu, koji katalizira razdvajanje katenatskih plazmidnih dimera, koji nastaju kao krajnja posljedica 0-replikacije. Uzvodno od otvorenog okvira čitanja orf6 nalazi se kodirajuća regija orf5, čiji proteinski produkt pokazuje značajnu homologiju s proteinina Hsp82/90 iz različitih biljaka. Prava funkcija ovog proteina nije istražena, ali je istjecanjem genske regije orf5 utvrđeno da on ne sudjeluje u procesima replikacije i particije. Ostali dijelovi plazmida obiluju malim (8-13 bp), izravno i obrnuto ponavljajućim nizovima, koji su odgovorni za strukturnu nestabilnost replikona pPZG500. Ova ponavljanja predstavljaju područja mjesno-specifične rekombinacije, koja se isključivo događa ukoliko se tehnikama in vitro pokuša ugraditi ili odstraniti neki fragment DNA u ovoj regiji. Plazmid pPZG500 je kompatibilan s replikonima ColE1 i p15A, jer molekule RNAI, koje određuju inkompatibilnost, pokazuju svega 22%-tnu homologiju.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija

POVEZANOST RADA