Naslov
Sastavljanje optičkih mapa: modul za korekciju grafa
(Optical map assembly: graph correction module)

Autori
Šterbić, Luka

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
01.07

Godina
2013

Stranica
42

Mentor
Šikić, Mile

Ključne riječi
restrikcijsko mapiranje; optičko mapiranje; sastavljanje mapa; teorija grafova; algoritmi pretraživanja
(restriction mapping; optical mapping; map assembly; graph theory; search algorithms)

Sažetak
Optičko mapiranje je metoda mapiranja restrikcijskih lokacija pojedinačne molekule DNA koju su predložili Schwartz et al. 1995. godine. Takve mape mogu otkriti insercije, delecije, inverzije i ponavljanje genetskog materijala te služe za uspostavu korelacije između genotipa i fenotipa u kliničkoj medicini. U ovom je radu predstavljen algoritam za de novo shotgun sastavljanje optičkih mapa na razini cjelokupnoga genoma kojeg su predložili Valuev et al. 2006. godine. Problem sastavljanja mape reprezentiran je kao usmjereni težinski graf čiji su čvorovi pojedine optičke mape, a bridovi predstavljaju preklapanja dviju mapa. Takav graf, kad je tek konstruiran, sadrži pogreške u smislu lažnih čvorova (kimerne mape) i lažnih bridova (lažna preklapanja). Bez brisanja lažnih elemenata konstrukcija, suglasna mapa ne bi bila moguća. Korekcija grafa odvija se kroz dvije faze i rezultira raspadom grafa na izolirane komponente, tzv. otoke. Prva faza koristi pretraživanje u dubinu kako bi se ustanovila višestruka asocijacija pojedinih genomskih regija, a druga koristi pretraživanje u širinu za identifikaciju kimernih čvorova.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo

POVEZANOST RADA