Naslov
Evaluacija aplikacija za pretraživanje baze proteinskih sljedova
(The evaluation of protein database searching tools)

Autori
Vaser, Robert

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
01.07

Godina
2013

Stranica
32

Mentor
Šikić, Mile

Ključne riječi
SIFT; aminokiselinske supstitucije; poravnanje sljedova; BLAST; SW#; bioinformatika
(SIFT; amino acid substitutions; sequence alignments; BLAST; SW#; bioinformatics)

Sažetak
Aplikacija SIFT najkorišteniji je alat za predviđanje utjecaja aminokiselinskih supstitucija na funkcije proteina. Njen glavni problem je PSI- BLAST korak koji troši veliku količinu vremena kako bi pronašao slične sekvence ispitnog proteina. U ovom radu razrađena je evaluacija najpoznatijih aplikacija za pretraživanje baze proteinskih sljedova: BLAT, GPU-BLAST te SW#. Kriterij odabira aplikacije, koja će zamijenit PSI-BLAST, temelji se na brzini izvođenja te na vrijednostima parametara binarne klasifikacije, tj. mjere točnosti, preciznosti, osjetljivosti, specifičnosti i pokrivenosti alata. Najbolje karakteristike pokazala je aplikacija SW# s ubrzanjem do 2.6 puta (u odnosu na BLAST) na strojevima s više grafičkih kartica te boljim vrijednostima točnosti, preciznosti i ostalih parametara. Razmatrana je dodatna optimiziacija SW#-a, tj. uvođenje heurističnog koraka koji će smanjiti prostor pretraživanja. Pomoću podnizova duljine 5 dobiveno je dodatno ubrzanje do 2 puta te poboljšanje parametara binarne klasifikacije.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo

POVEZANOST RADA