Naslov
Evaluacija metode za ispravljanje pogrešaka kod dugačkih očitanja
(Evaluation of a method for long read error correction)

Autori
Pavlović, Dario

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
01.07

Godina
2013

Stranica
20

Mentor
Šikić, Mile

Ključne riječi
De novo; sastavljanje genoma; preklapanje; sw#
(De novo; genome assembly; overlap; sw#)

Sažetak
Sastavljanje genoma jedan je od temeljnih problema bioinformatike. Njegova važnost za razumijevanje brojnih pojava u živom svijetu je neporeciva. Proces sastavljanja genoma je vrlo težak i računalno zahtjevan proces koji uključuje više koraka. Postoji nekoliko metoda izvođenja rekonstrukcije genoma od kojih svaka nudi neke prednosti, ali i nailazi na probleme i izazove. De novo pristup izvodi se na više načina od kojih je najznačajni Preklapanje-Izravnavanje-Konsenzus. Prva faza ili preklapanje za cilj ima pronaći najbolja preklapanja između očitanja genoma i izgraditi graf povezanosti tih očitanja. U grafu, čvorovi predstavljaju očitanja, a bridovi preklapanja. Na taj način gradi se usmjeren netežinski graf. Faza preklapanja osjetljiva je na pogreške u očitanjima, a cilj je ovoga rada ispitati kako različiti postotci pogrešaka utječu na sposobnost detekcije točnih preklapanja.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo

POVEZANOST RADA