Naslov
Konformacijska analiza ferocenskih peptida
(Conformational analysis of ferrocene peptides)

Autori
Kodrin, Ivan

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, doktorska disertacija

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet u Zagrebu

Mjesto
Zagreb

Datum
21.12

Godina
2011

Stranica
216

Mentor
Mihalić, Zlatko

Ključne riječi
ferocen ; konformacijska analiza ; molekulska mehanika ; peptidi ; populacijska analiza (NBO ; AIM) ; teorija funkcionala gustode (DFT) ; vodikova veza
(conformational analysis ; Density Functional Theory (DFT) ; ferrocene ; hydrogen bond ; molecular mechanic ; peptides ; population analysis (NBO ; AIM))

Sažetak
Slabe interakcije u proteinima imaju ključnu ulogu u procesima nastajanja sekundarnih struktura poput α-zavojnica, β-nabranih ploča i okreta. U doktorskoj disertaciji proučavani su peptidomimetici – mono i disupstituirani ferocenski spojevi s vezanim aminokiselinskim, dipeptidnim i acetilnim skupinama. Konformacijska analiza izvedena je kombinacijom molekulsko- mehaničkih i kvantno-mehaničkih računa (DFT) u vakuumu i organskim otapalima (PCM pristup, CHCl3 i DMSO). U iscrpnom pretraživanju konformacijskog prostora primijenjena su dva pristupa modeliranja ferocenske jezgre – polje sila OPLS_2005 i simuliranje rotacije ciklopentadienilnih prstenova – koji su dali usporedive rezultate. Strukture dobivene molekulskom mehanikom optimizirane su B3LYP/LanL2DZ računskim modelom, koji se i u literaturi najčešće koristi za modeliranje sličnih spojeva. Najstabilnije strukture reoptimizirane su u vakuumu, CHCl3 i DMSO B3LYP funkcionalom s 6- 311+G(d, p) (LanL2DZ za željezo) osnovnim skupom, koji se pokazao optimalnim izborom između ispitanih računskih modela. Prvi put NBO i AIM metodama populacijske analize, korištenjem Koch- Popelierovih kriterija, okarakterizirane su stabilizirajude interakcije, prvenstveno N−H···O i C−H···O vodikove veze. Promjene obrazaca vodikovih veza u najstabilnijim konformerima povezane su sa strukturnim karakteristikama modelnih spojeva radi predviđanja trendova nastajanja vodikovih veza u ovim i sličnim ferocenskim peptidomimeticima.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Kemija

POVEZANOST RADA