Naslov
Program za simulaciju pročitanih nizova nukleotida
(A tool for simulating sequence reads)

Autori
Županović, Vanessa

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet Elektrotehnike i Računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
29.06

Godina
2012

Stranica
41

Mentor
Šikić, Mile

Ključne riječi
sekvencioniranje; simulacija; genom; BCER; mutacije; ubacivanje; brisanje; alati; sekvence; DNA; nukleotidi
(sequencing; simulation; genome; BCER; mutation rate; insertion; deletion; tools; sequences; DNA; nucleotides)

Sažetak
Sekvencioniranje DNA jedna je od najvažnijih tehnika za proučavanje nekog gena kojom se određuje točan redoslijed nukleotida unutar promatrane sekvence. S pomoću računalnih programa za analizu sekvencija DNA, podaci o redoslijedu mogu se rabiti za: utvrđivanje poznatih restrikcijskih mjesta unutar gena, predviđanje proteina kodiranog tim genom, dobivanje podataka o mogućim intronskim mjestima te uvide u mehanizme kojima se provodi nadzor nad genskim izražavanjem. Kao rezultat sekvencioniranja nastaje vrlo velik broj pročitanih nizova nukleotida. Ukoliko referentni genom postoji ti se nizovi pokušavaju mapirati na njega. Nizovi se od referentnog genoma razlikuju u pojedinim nukleotidima, obrisanim i dodanim dijelovima, stoga je razvijen čitav niz alata kojima se pokušavaju simulirati netom navedene razlike. Neki od postojećih alata su: ART, WGSIM, DWGSIM. Najveći problem postojećih alata je rukovanje samo s relativno kratkim čitanjima.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo

POVEZANOST RADA