Naslov
Prilagodba PDB datoteka relacijskom modelu radi lakše vizualizacije membranskih proteina
(PDB database adaptation with the goal of easier visualization of membrane proteins)

Autori
Bojović, Viktor

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu

Mjesto
Split

Datum
24.09

Godina
2007

Stranica
77

Mentor
Rosić, Marko

Neposredni voditelj
Juretić, Davor

Ključne riječi
PDB baza podataka ; adaptacija ; vizualizacija ; pretraživanje
(PDB database ; adaptation ; visualization ; search)

Sažetak
Bioinformatika je znanost koja razvija računarske alate (algoritme) za analizu i uređivanje bioloških sekvenci pohranjenih u bankama podataka. Statističkim metodama i programskim algoritmima rješavaju se problemi povezivanja strukture i djelovanja bioloških makromolekula. Protein Data Bank (PDB) se bavi pohranom informacijama o trodimenzionalnim strukturama velikih bioloških molekula. Te se informacije dobiju korištenjem fizikalnih metoda kao što je kristalografija pomoću X-zraka. Biomakromolekule čija je struktura pohranjena u PDB se nalaze u svim organizmima uključujući bakterije, biljke, kukce, miševe i ljude. Upoznavanje strukture molekule pomaže shvaćanju kako molekula funkcionira. Opis jednog obilježja nekog objekta zove se elementarna informacija. Više elementarnih informacija čine uređenu n-torku. Svaka elementarna informacija koju pohranjujemo na neki medij pohranjujemo je obliku prepoznatljivih znakova. Takav skup znakova zove se podatak. Skup podataka strukturiran i organiziran za brz pristup specifičnoj informaciji zove se baza podataka . Jedna takva baza podataka vrlo važna za bioinformatiku je PDB. Cilj ovog rada je olakšati vizualizaciju velikih organskih molekula važnih u biokemiji uz pomoć baze podataka. Taj je cilj postignut u ovom radu konstrukcijom originalne baze podataka koja olakšava vizualizaciju trodimenzionalne strukture proteina i pretraživanje . 1)http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/publicat/ genechoice/glossary.html, 21.5.2007. 2)http://www.rcsb.org/pdb/static.do? p=general_information/about_pdb/index.html, 09.06.2007. 3)Mladen Varga: Baze podataka, Društvo za razvoj informacijske pismenosti (DRIP), Zagreb, 1994. 4)http://www.umkc.edu/registrar/sis/glossary.asp , 07.06.2007.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija, Računarstvo

POVEZANOST RADA