Naslov
Predviđanje površine dostupne otapalu iz slijeda aminokiselinskih ostataka
(Prediction of solvent accessible surface area from protein sequence)

Autori
Popović, Irena

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad

Fakultet
Fakultet Elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
22.04

Godina
2011

Stranica
43

Mentor
Šikić, Mile

Ključne riječi
površina dostupna otapalu; protein; metoda slučajnih šuma; prediction
(Accessible surface area; protein; random forest; predviđanje)

Sažetak
U okviru ovog rada opisana je metoda predviđanja površine dostupne otapalu iz slijeda aminokiselinskih ostataka. Za predviđanje se koristila regresijska analiza metodom slučajnih šuma. Kao ulazni podaci koriste se pomični prozori duljine od 9 do 21 aminokiselinskih ostataka, te profili slijeda za svaki od ostataka unutar prozora. Tako imamo ulazni vektor dimenzija 21 x n, gdje je n broj ostataka unutar prozora. Predviđa se relativna površina dostupna otapalu, a predviđanje se vrši za središnji ostatak prozora. Rezultati se evaluiraju koristeći 10-struku krosvalidaciju, gdje se svaki od korištenih skupova podijeli na 10 podjednakih slučajno odabranih podskupova, jedan se koristi za testiranje a preostalih devet se spoji i služi za treniranje šume. Postupak se ponavlja sve dok svaki podskup ne bude tretiran kao testni. Najbolji rezultati predviđanja postignuti su za skup Manesh gdje je za prozor duljine 9 dobiven koeficijent korelacije 0.63697. Dok su najlošiji dobiveni za skup Cuff-Barton gdje je za prozor duljine 11 dobiven koeficijent korelacije 0.59918. Također je pokazano da su rezultati bolji za prozore manje duljine nego veće i to u našem slučaju za one duljine 9 do 13.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija, Računarstvo

POVEZANOST RADA