Naslov
Vizualizacija makromolekula
(Visualization of macromolecules)

Autori
Sović, Ivan

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
11.07

Godina
2008

Stranica
49

Mentor
Jeren, Branko

Neposredni voditelj
Šikić, Mile

Ključne riječi
protein; prianjanje; molekula; vizualizacija; prikaz; kalotni model; žičani model; kugle i štapići; povrišina molekule; grid; Marching cubes; rekonstrukcija; CPK; PDB; atom; radijus; aminokiselina; lanac; elevacija; inklinacija
(protein; docking; molecule; visualization; display; calotte model; wireframe model; balls and sticks; grid; Marching cubes; reconstruction; CPK; PDB; atom; radius; amino acid; chain; elevation; inclination)

Sažetak
Brzim razvojem računala te znatnim porastom baze podataka poznatih struktura proteina, svoju veliku primjenu našli su i programi za određivanje prianjanja proteina. U sklopu takvih programa nužno je omogućiti uvid u izgled molekula koje proučavamo. Alat razvijen za ovaj završni rad služi vizualizaciji makromolekula. On omogućuje četiri standardna načina prikaza molekule: kalotni, žičani, model kuglama i štapićima, te prikaz površine molekule. Osim toga, VMol može i rekonstruirati površinu dobivenu sfernim harmonicima. Svi načini prikaza su detaljnije pojayšnjeni u poglavljima ovog završnog rada. Ulazne podatke alat dobiva iz zadane PDB datoteke, i datoteke koja sadrži binarni grid. Osim prikaza molekule, VMol daje i informacije o odabranom atomu, aminokiselini, lancu te sferno-polarnim značajkama površine. Na kraju ovog rada prikazano je i testiranje programa sa različitim ulaznim podatcima, čime se pokazuje ispravnost korištenih postupaka, te demonstriraju mogućnosti VMol-a

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija, Računarstvo

POVEZANOST RADA