Naslov
Alat za prianjanje proteina: modul za vizualizaciju
(Protein docking tool: visualization module)

Autori
Sović, Ivan

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
06.07

Godina
2011

Stranica
89

Mentor
Šikić, Mile

Ključne riječi
proteini; prianjanje; kugline funkcije; vizualizacija; molekula; Longview; graf scene
(protein; docking; spherical harmonics; visualization; molecules; Longview; scene graph)

Sažetak
Postojeći sustav Protein Docking Tool (PDT) izvršava proces prianjanja proteina temeljen na razvoju površine u red kuglinih funkcija. Ulazne podatke, pojedine međukorake postupka kao i izlazne podatke korisno je vizualizirati zbog provjere točnosti i uvida u rad sustava. U sklopu ovog rada razvijen je alat nazvan Longview koji radi upravo tu funkciju. On omogućuje učitavanje PDB datoteka, trodimenzionalnih modela, konfiguriranje grafa scene za ostvarivanje željenog prikaza, te daje korisniku mogućnost upravljanja pomoću skriptnih naredbi. Longview također može rekonstruirati površinu molekule reprezentiranu koeficijentima kuglinih funkcija. Osim toga, alat nudi i mogućnost korištenja više pogleda istovremeno za prikaz konstruirane scene, te puno drugih opcija. Za razliku od ostalih alata slične namjene, Longview je specifičan upravo zbog svoje fleksibilnosti. Svaka od ovih mogućnosti detaljno je razmotrena u samom radu. Alat je razvijan kao modul sustava PDT, te je uspješno implementiran u njega. Na samom kraju rada prikazano je testiranje alata, te iznesen zaključak i ideje za budući rad na njemu.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija, Računarstvo

POVEZANOST RADA