Naslov
ZASTUPLJENOST PALINDROMA U KODIRAJUĆOJ DNA KVASCA Saccharomyces cerevisiae
(DISTRIBUTION OF PALINDROMIC SEQUENCES IN CODING DNA OF YEAST Saccharomyces cerevisiae)

Autori
Gaćeša, Ranko

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad

Fakultet
Prehrambeno-biotehnološki fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
04.11

Godina
2011

Stranica
37

Mentor
Svetec, Ivan-Krešimir

Neposredni voditelj
Lisnić, Berislav

Ključne riječi
kvasac Saccharomyces cerevisiae; palindrom; DNA; genom; sinonimni kodoni; ekspresija gena
(synonymous codons; palindrome; yeast Saccharomyces cerevisiae; gene expression)

Sažetak
Dosadašnja istraživanja ukazuju na zaključak da su palindromske sekvencije u molekuli DNA nužne za funkcioniranje genoma jer se često nalaze u cis-djelujućim regijama, ali istovremeno predstavljaju ozbiljnu opasnost za genetičku stabilnost, pri čemu genetička nestabilnost palindroma raste s njihovom duljinom. Ovakva dvojaka biološka uloga palindroma u molekuli DNA potaknula je bioinformatička istraživanja sekvencioniranih genoma s ciljem da se ustanovi broj, duljina i raspored svih palindroma. Međutim, do sada još nije nedvojbeno ustanovljeno da li broj palindroma u nekom genomu odstupa od očekivane vrijednosti, te što bi mogao biti uzrok tom odstupanju. U ovakvim istraživanjima osnovnu prepreku predstavlja upravo određivanje očekivanoga broja palindroma jer na redoslijed nukleotida pa tako i na mogućnost pojave palindroma utječu AT/GC-sastav i „pristrana uporabu kodona“ (eng. codone usage bias) kao i činjenica da genom mora kodirati za odgovarajući proteom. U ovom radu razvijen je računalni program za određivanje očekivanog broja palindroma u kodirajućoj DNA. Ovaj program osniva se na uspoređivanju broja palindroma u zadanoj sekvenciji i u računalno generiranim sekvancijama koje se od zadane sekvencije razlikuju samo po položaju sinonimnih kodona. Rezultati ovog rada jasno ukazuju na zaključak da kodirajuća DNA kvasca S.cerevisiae sadrži manje palindroma nego što bi se to statistički očekivalo te da je zastupljenost palindroma u kodirajućoj DNA u negativnoj korelaciji s razinom ekspresije gena.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biotehnologija

POVEZANOST RADA