Naslov
ODREĐIVANJE KONFORMACIJE I EPITOPA VEZANJE DERIVATA MAKROLIDA U INTERAKCIJI SA 70S RIBOSOMOM E. COLI POMOĆU SPEKTROSKOPIJE NMR
(CONFORMATION AND BINDING EPITOPES DETERMINATION IN MACROLIDE DERIVATIVES INTERACTING WITH 70S E. COLI RIBOSOME BY NMR SPECTROSCOPY)

Autori
Čikoš, Ana

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, doktorska disertacija

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
31.01

Godina
2011

Stranica
97

Mentor
Novak, Predrag

Ključne riječi
interakcija; konformacija; makrolidi; mapiranje epitopa vezanja; ribosom; spektroskopija NMR; STD
(conformation; epitope mapping; interaction; macrolides; NMR spectroscopy; ribosome; STD)

Sažetak
NMR metoda prijenosa magnetizacije (STD NMR) prilagođena je za istraživanje interakcija makrolida i ribosoma. Dobiveni STD NMR podaci za azitromicin uspoređeni su s kristalnom strukturom kompleksa azitromicia i ribosoma. Na temelju tih rezeltata proveden je kompeticijski STD NMR eksperiment koji je po prvi puta pokazao da se ovom metodom može istraživati specifično vezanje makrolida u aktivno mjesto ribosoma. Slijedeći ove rezultate različite NMR tehnike (1H, trNOESY i STD NMR) upotrijebljene su za istraživanje vezanja nekoliko 6-O-metil-homoeritromicina na 70S ribosom E. coli. 1H NMR spektri navedenih molekula nakon dodatka 70S ribosoma E. coli nisu pokazali očekivano širenje linija vjerojatno zbog niske konstante ravnoteže disocijacije kompleksa makrolida i ribosoma. Nakon provedene konformacijske analize molekula u slobodnom stanju (pomoću ROESY NMR spektara) i usporedbe s trNOESY spektrima (konformacija molekule vezane na ribosom), zaključeno je da su konformacije u veznom i slobodnom stanju gotovo identične, time pokazujući da makrolidi prirodno poprimaju 3D oblik koji im omogućuje ulazak u aktivno mjesto ribosoma. Nastavak istraživanja uključivao je mapiranje epitopa vezanja 6-O-metil-homoeritromicina pomoću STD NMR tehnike. Određena su tri glavna područja koja su najbliža površini ribosoma: desosamin, kladinoza i metilna skupina na položaju 15 makrolaktonskog prstena. Nadalje, utvrđena je korelacija između STD pojačanja i biokemijskih podataka (in vitro inhibicija sinteze proteina). Uloga i važnost određenih epitopa vezanja pokazana je primjenom STD NMR metode na setu novoodabranih derivata azitromicina. Ovo istraživanje po prvi je puta pružilo dokaze da hidrofobne interakcije kladinoze i metilne skupine u položaju 15 makrolaktonskog prstena igraju esencijalnu ulogu u vezanju makrolida na ribosom.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Kemija

POVEZANOST RADA