Naslov
Usporedba metoda izolacije DNA u detekciji fitoplazmi ribosomskih skupina 16SrV i 16SrXII-A iz vinove loze (Vitis vinifera L.)
(Comparison of DNA isolation methods in detection of 16SrV and 16SrXII-A ribosomal group phytoplasmas from grapevine (Vitis vinifera L.))

Autori
Haluška, Ivana

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
09.07

Godina
2010

Stranica
57

Mentor
Šeruga Musić, Martina

Ključne riječi
fitoplazme; izolacija DNA; PCR; real-time PCR
(phytoplasmas; DNA isolation; PCR; real-time PCR)

Sažetak
Fitoplazme (Candidatus 'Phytoplasma') su bakterije bez stanične stijenke iz razreda Mollicutes čiji se životni ciklus sastoji od replikacije u biljkama i kukcima. Uzročnici su nekoliko stotina bolesti na različitim biljkama, uključujući važne poljoprivredne vrste. Budući da ih nije moguće uzgajati in vitro, njihova klasifikacija predstavlja problem, no razvojem molekularnih metoda, poput ugniježđene i real-time lančane reakcije polimerazom (PCR), omogućena je njihova detekcija i identifikacija. Ukupna genomska DNA biljke može se izolirati različitim metodama pa je cilj ovog rada bio usporediti osjetljivost detekcije fitoplazmi ugniježđenim i real-time PCR-om, ovisno o metodi izolacije DNA. Ukupne nukleinske kiseline 6 uzoraka fitoplazmama zaražene vinove loze (Vitis vinifera L.) izolirane su kratkom CTAB-metodom za izolaciju ukupne TNA i komercijalnim kitovima OmniPrep™ for Plant i DNeasy Plant Mini Kit. Prisutnost fitoplazmi dokazana je umnažanjem gena za 16S rRNA ugniježđenim PCR-om, te gena map metodom real-time PCR. Kako bi se ispitala osjetljivost detekcije, korištene su različite koncentracije kalupa izolirane DNA. Kod 5 analiziranih uzoraka dokazana je prisutnost fitoplazmi ribosomske skupine 16SrXII-A dok je kod jednog uzorka detektirana fitoplazma skupine 16SrV. Usporedba rezultata ukazala je da se izoliranjem ukupne DNA kratkom CTAB-metodom kod većine analiziranih uzoraka dobiva najveća osjetljivost detekcije fitoplazmi pomoću obje korištene metode.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija

POVEZANOST RADA