Naslov
Procjena razine slučajne korelacije pri modeliranju strukturnih svojstava proteina
(Estimation of the level of random correlation in modeling of protein structural properties)

Autori
Lučić, Bono ; Batista, Jadranko ; Vikić-Topić Dražen ; Plavšić, Dejan

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Sažeci sa skupova, sažetak, znanstveni

Izvornik
Knjiga sažetaka 6. znanstvenog sastanka Hrvatskog fizikalnog društva / Buljan, Hrvoje ; Horvatić, Davor - Primošten : Hrvatsko fizikalno društvo, 2009, 174-174

ISBN
978-953-7178-12-3

Skup
Šesti znanstveni sastanak Hrvatskog fizikalnog društva

Mjesto i datum
Primošten, Hrvatska, 08.10.2009. - 11.10.2009

Vrsta sudjelovanja
Poster

Vrsta recenzije
Nije recenziran

Ključne riječi
protein structural properties; folding/unfolding; modeling; random correlation; model stability estimate
(strukturna svojstva proteina; svijanje/razmotavanje; modeliranje; slučajna korelacija; procjena stabilnosti modela)

Sažetak
Modeliranje strukturnih svojstava proteina na temelju njihove strukture veliki je izazov računalne strukturne biologije i molekularne biofizike. Osobito su zanimljiva nastojanja za što boljom procjenom konstanti svijanja i razmotavanja proteina na temelju informacije iz primarne strukture proteina, broja i fizikalno-kemijskih svojstava aminokiselinskih ostataka u proteinu te udjela pravilnih sekundarnih struktura u proteinima. Konstante svijanja i razmotavanja predstavljaju vrijeme (jedinica 1/s) koje je potrebno kako bi protein poprimio ravnotežnu svijenu strukturu, odnosno vrijeme potrebno za razmotavanje proteina. Na primjerima modela razvijenih za predviđanje konstanti svijanja [1] i razmotavanja [2] proteina (za koje su autori naveli visoke parametre kvalitete) utvrdili smo da modeli sadrže previše parametara koji nisu statistički značajni s obzirom na ukupan broj proteina korištenih za razvoj modela, i proveli provjeru stabilnosti modela s obzirom na preciznost i distribuciju vrijednosti ulaznih parametara. Koristeći iste eksperimentalne podatke razvili smo modele temeljene na slučajnim ulaznim parametrima (koji odgovaraju strukturnim svojstvima proteina), procijenili njihovu točnost i usporedili tako dobivene slučajne modele s modelima iz literature. Proizlazi da je objavljena visoka točnost modela u ref. [2] posljedica slučajne korelacije, a modeli su izrazito nestabilni. Za modele dobivene na malom broju proteina točnost razvijenih slučajnih modela vrlo je blizu (a ponekad i viša) od točnosti objavljenih modela, što je važna informacija u planiranju daljnjih istraživanja u tom području.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Fizika, Kemija

POVEZANOST RADA